一个提供程序化访问SNP数据的MCP服务器,支持通过标准化接口查询经过整理的基因组学信息。
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一个提供程序化访问SNP数据的MCP服务器,支持通过标准化接口查询经过整理的基因组学信息。
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GTEx-MCP-Server是一个提供基因表达分析、组织特异性基因发现和eQTL分析的模型上下文协议(MCP)服务器,适用于生物医学研究和基因组数据分析。
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pip install fastmcp loguru --ignore-installed
面向生产的GWAS目录REST API资源服务器,支持stdio和HTTP两种传输方式。
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python -m gwas_mcp.server --transport stdio
GWAS-MCP是一个强大的模型上下文协议(MCP)服务器,用于GWAS和生物信息学研究,可与Claude Desktop和其他MCP客户端无缝集成,提供对主要生物数据库的AI访问。
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pip install gwas-mcp
一个受管理的、可重复的生物信息学计算与数据库工具网关,支持Docker和Slurm后端执行,提供运行记录和审计功能。
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Hox Bio MCP Server 是一个为机器学习生物研究人员设计的服务器,用于发现、整理、批准和加载公共测序数据到Hox仓库中。
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python3 -m venv .venv && source .venv/bin/activate
一个提供LLM友好访问IGVF Catalog基因组知识图谱的MCP服务器,支持智能实体查找、基因组区域搜索、关系发现等功能。
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pip install -e ".[dev]"
bio-mcp-interpro MCP服务器通过Model Context Protocol提供InterProScan蛋白质域和功能分析能力,支持同步和异步蛋白质序列分析,适用于大规模生物信息学工作流。
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pip install loguru click pandas numpy tqdm
InterPro MCP Server通过Model Context Protocol (MCP)与Claude AI集成,提供蛋白质域、结构和分类数据的API访问。
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python test_interpro_api.py
Isabl MCP Server是一个基因组数据分析平台,提供API查询、分析监控、知识库搜索等功能,适用于生物信息学研究。
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uvx isabl-mcp # run directly, no install needed
Juicebox MCP Server是一款AI驱动的Hi-C交互地图控制服务,通过自然语言实现基因组数据可视化探索,适用于生物信息学研究场景。
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为激酶库提供磷酸化蛋白质组学分析工具,通过标准化的自然语言接口进行服务。
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uv run python -m kinase_library_mcp.server
一个用于在VS Code中处理FASTA文件的模型上下文协议服务器,提供解析、分析和操作生物信息学中常用的FASTA序列文件的功能。
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MCP-Frogs是一个基于Model Context Protocol (MCP)的服务,用于协调和异步管理FROGS元基因组分析管道,通过LLM(如Claude)进行对话式交互。
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pip install -r mcp_server/requirements.txt
一个用于构建生物工程自动化工具的框架,通过MCP协议连接AI助手与Python代码,支持快速开发和测试生物信息学工具。
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python client_gemini.py
一个基于NCBI BLAST服务的DNA序列相似性搜索工具,提供Web界面和API访问,用于识别DNA序列的匹配生物体和基因。
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pip install -r requirements.txt

esbuild
miEAA3_MCP是一个集成miEAA 3.x REST API与Claude Desktop的模型上下文协议服务器,提供微RNA和前体富集分析功能。
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npx esbuild src/server.ts --bundle --platform=node --format=esm --target=node18 --outfile=di...
MMseqs2 MCP是一个基于Docker的蛋白质序列搜索和多序列比对生成工具,支持GPU加速和大规模数据库查询。
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一个基于Python/FastAPI的SBML模型管理服务,用于ModelSEEDVault的SBML数据整理和API交互。
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uv run --python .venv/bin/python uvicorn mcp_curation.main:app --host 127.0.0.1 --port 8000 ...
该服务通过ColabFold/MMseqs2 API服务器生成蛋白质序列的多序列比对(MSA),适用于蛋白质结构预测和进化分析。
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python msa_mcp.py