Model Seed Vault MCP

模型种子库的MCP服务器

用于ModelSEEDVault SBML管理的初始Python/FastAPI MCP服务器支架。

快速入门

.venv/ 被git故意忽略。每个开发人员都应该在该目录中创建自己的本地虚拟环境。使用Python 3.11实现一致性：

uv venv --python 3.11 .venv
source .venv/bin/activate

将项目安装到该环境中：

uv pip install -e .

使用您本地的virtualenv Python运行服务器：

SBML_API_BASE_URL='http://192.168.1.202:8080/' \
uv run --python .venv/bin/python uvicorn mcp_curation.main:app --host 127.0.0.1 --port 8000 --reload

如果在您的环境中启用了auth，请同时包含API密钥：

MCP_API_KEY='change-me' \
SBML_API_BASE_URL='http://192.168.1.202:8080/' \
uv run --python .venv/bin/python uvicorn mcp_curation.main:app --host 127.0.0.1 --port 8000 --reload

安装

pip install -e .

运行组合服务器（FastAPI+FastMCP）

export MCP_API_KEY="change-me"
uvicorn mcp_curation.main:app --host 127.0.0.1 --port 8000 --reload

配置SBML后端端点

默认后端URL:

• http://localhost:8080

用以下内容覆盖它：

export SBML_API_BASE_URL="http://localhost:8080"
export MCP_API_KEY="change-me"
uvicorn mcp_curation.main:app --host 127.0.0.1 --port 8000 --reload

为前端开发配置CORS

默认允许的前端来源：

• http://192.168.1.164:62699

用逗号分隔的列表覆盖它：

export CORS_ALLOW_ORIGINS="http://192.168.1.164:62699,http://localhost:3000"

服务器允许：

• 方法： GET, POST, OPTIONS
• 标题： Authorization, Content-Type, X-API-Key

未认证 OPTIONS 允许飞行前请求，因此浏览器CORS检查在经过身份验证的API调用之前成功。

FastMCP安装到FastAPI中的位置：

• /mcp

MCP认证：

• 必需的环境变量： MCP_API_KEY （如果未设置，则在启动时自动生成）
• 发送：

- Authorization: Bearer - X-API-Key:

• 适用于所有非公共路线，包括 /mcp/* 和 /sbml-curation/*.
• 公共路由（不需要API密钥）：

- /health - /docs - /redoc - /openapi.json

例子：

curl -H "Authorization: Bearer $MCP_API_KEY" \
  http://127.0.0.1:8000/sbml-curation/models

Swagger测试 /docs:

• 点击 Authorize.
• 您可以使用以下任一方式：

- HTTPBearer：仅输入API密钥值。 - APIKeyHeader：输入的API密钥值 X-API-Key.

• 运行任何 /sbml-curation/* 从文档UI中选择端点。

第一条路线

• GET /health
• GET /sbml-curation/config
• GET /sbml-curation/models
• GET /sbml-curation/models/{model_id}/compartments
• GET /sbml-curation/models/{model_id}/species
• GET /sbml-curation/models/{model_id}/reactions
• GET /sbml-curation/models/{model_id}/genes
• POST /sbml-curation/annotation
• GET /sbml-curation/models/{model_id}/compartment/{compartment_id}/annotation
• GET /sbml-curation/models/{model_id}/species/{species_id}/annotation
• GET /sbml-curation/models/{model_id}/reaction/{reaction_id}/annotation
• GET /sbml-curation/models/{model_id}/gene/{gene_id}/annotation

文档

• Swagger用户界面： http://127.0.0.1:8000/docs

FastMCP工具

• sbml_curation_config
• list_models
• list_model_compartments
• list_model_species
• list_model_reactions
• list_model_genes

SBML客户端助手

• mcp_curation.client.sbml_client.add_curation_event(subject_eid, object, agent_id)

发布到 /graph/edge/{src}/{dst}/has_annotation_event?agent=...

• mcp_curation.client.sbml_client.list_curation_events(subject_eid)

获取 /graph/node/{subject_eid}/child?edgeType=has_annotation_event