MCP Fasta

MCP FASTA

一个模型上下文协议（MCP）服务器，用于使用Claude在VS Code中处理FASTA文件。该服务器提供用于解析、分析和操纵生物信息学中常用的FASTA序列文件的工具。

特性

• 加载FASTA文件 -解析FASTA文件并提取序列元数据
• 总结序列 -获取序列长度和计数的统计信息
• 获取特定序列 -按ID检索单个序列
• 按长度过滤 -查找指定长度范围内的序列
• 写入FASTA文件 -从序列数据创建新的FASTA文件
• 验证序列 -检查序列格式和组成
• 反向补码 -产生DNA序列的反向互补
• 翻译序列 -利用遗传密码将DNA转化为蛋白质
• 搜索模式 -查找主题、图案或子序列
• 计算GC含量 -分析核苷酸组成和GC含量
• 拆分FASTA文件 -将大文件分割成小块
• 合并FASTA文件 -通过重复处理合并多个文件
• 提取子序列 -按坐标提取区域
• 查找重复项 -通过ID或内容识别重复序列

安装

1. 克隆存储库：

git clone 
cd mcp-fasta

1. 安装依赖项：

npm install

1. 构建项目：

npm run build

用法

使用VS Code和Claude

服务器已使用Claude自动配置为VS Code。一旦构建完成，MCP服务器将在Claude中使用以下工具：

可用工具

1. load_fasta -加载FASTA文件并解析为序列记录

- 输入: path （string）-FASTA文件的路径 - 输出：具有ID、描述和长度的序列记录数组

1. summarize_fasta -总结FASTA文件中序列的数量和长度

- 输入: path （string）-FASTA文件的路径 - 输出：统计数据包括序列数、平均长度、最长和最短

1. get_sequence_by_id -按ID从FASTA文件中获取单个序列

- 输入: - path （string）-FASTA文件的路径 - id （string）-要获取的序列ID - 输出：完整的序列记录，包括ID、描述和序列

1. filter_fasta_by_length -返回文件中长度范围内的所有序列

- 输入: - path （string）-FASTA文件的路径 - minLength （数字）-最小序列长度 - maxLength （number）-最大序列长度 - 输出：具有元数据的匹配序列数组

1. write_fasta -将序列写入FASTA文件

- 输入: - path （string）-FASTA文件的输出路径 - sequences （array）-序列对象数组 id, sequence，可选 description - 输出：带有写入序列数的确认消息

1. validate_sequence -验证序列的核苷酸/氨基酸组成是否正确

- 输入: - path （string）-FASTA文件的路径 - sequenceType （enum）-要验证的类型：“dna”、“rna”、“蛋白质”或“auto” - 输出：验证结果包含无效字符和检测到的类型

1. reverse_complement -产生DNA序列的反向互补

- 输入: - path （string）-FASTA文件的路径 - outputPath （string，可选）-反向补码序列的输出文件 - sequenceIds （数组，可选）-要处理的特定序列ID - 输出：使用统计数据反转补码序列

1. translate_sequence -使用遗传密码将DNA序列翻译成蛋白质

- 输入: - path （string）-FASTA文件的路径 - readingFrame （数字）-读取帧（正向1-3，反向-1至-3） - geneticCode （字符串，可选）-遗传代码表（“标准”、“脊椎动物线粒体”、“细菌”） - outputPath （字符串，可选）-翻译序列的输出文件 - 输出：翻译的蛋白质序列与统计

1. search_sequence -搜索图案、图案或子序列

- 输入: - path （string）-FASTA文件的路径 - pattern （string）-搜索模式（支持IUPAC代码和正则表达式） - searchType （enum）-类型：“精确”、“正则表达式”或“iupac” - caseSensitive （布尔值，可选）-区分大小写 - includeReverseComplement （布尔值，可选）-搜索反向链 - 输出：匹配所有序列的位置和上下文

1. calculate_gc_content -计算GC含量和核苷酸统计

- 输入: - path （string）-FASTA文件的路径 - windowSize （数量，可选）-滑动窗口分析的窗口大小 - 输出：GC含量、核苷酸计数和可选滑动窗口数据

1. split_fasta -将FASTA文件拆分为多个文件

- 输入: - path （string）-FASTA文件的路径 - splitBy （enum）-拆分方法：“计数”、“大小”或“单个” - value （数字，可选）-每个文件的序列或最大大小（MB） - outputDir （string）-输出目录 - prefix （字符串，可选）-文件名前缀 - 输出：有关创建的文件的信息

1. merge_fasta -合并多个FASTA文件

- 输入: - inputPaths （array）-输入文件路径数组 - outputPath （string）-输出合并文件路径 - removeDuplicates （boolean，可选）-删除重复序列 - addFilePrefix （布尔值，可选）-将文件名添加到序列ID中 - 输出：合并统计信息和序列信息

1. extract_subsequence -按坐标提取子序列

- 输入: - path （string）-FASTA文件的路径 - coordinates （array）-包含sequenceId、start、end的提取坐标数组 - outputPath （字符串，可选）-提取序列的输出文件 - 输出：提取具有坐标信息的子序列

1. find_duplicates -查找重复序列

- 输入: - path （string）-FASTA文件的路径 - duplicateType （enum）-类型：“id”、“sequence”或“both” - caseSensitive （布尔值，可选）-序列比较的区分大小写 - outputDuplicates （字符串，可选）-重复输出文件 - outputUnique （字符串，可选）-唯一序列的输出文件 - 输出：重复的分析和分组信息

命令行Claude用法

要使用命令行Claude，只需从项目目录运行启动脚本：

./start-claude.sh

此脚本会自动执行以下操作：

• 更改到正确的目录
• 使用正确的MCP配置启动Claude
• 自动加载所有FASTA工具

或者，您可以手动运行Claude：

cd "/path/to/mcp-fasta"
claude --mcp-config mcp-config-portable.json

手动服务器使用

您还可以手动运行MCP服务器进行调试：

npm start

服务器使用stdio传输并通过JSON-RPC进行通信。

发展

脚本

• npm run build -将TypeScript编译为JavaScript
• npm start -启动MCP服务器
• npm run dev -在一个命令中构建和启动

项目结构

src/
├── server.ts              # Main MCP server
├── tools/                 # Tool implementations
│   ├── loadFasta.ts      # Load and parse FASTA files
│   ├── summarizeFasta.ts # Generate sequence statistics
│   ├── getSequence.ts    # Fetch sequences by ID
│   ├── filterFasta.ts    # Filter sequences by length
│   ├── writeFasta.ts     # Write sequences to FASTA files
│   ├── validateSequence.ts # Validate sequence composition
│   ├── reverseComplement.ts # Generate reverse complement
│   ├── translateSequence.ts # Translate DNA to protein
│   ├── searchSequence.ts    # Search patterns and motifs
│   ├── calculateGC.ts       # Calculate GC content
│   ├── splitFasta.ts        # Split FASTA files
│   ├── mergeFasta.ts        # Merge multiple FASTA files
│   ├── extractSubsequence.ts # Extract by coordinates
│   └── findDuplicates.ts     # Find duplicate sequences
└── utils/
    └── fastaParser.ts    # FASTA file parsing utilities

FASTA格式支持

此服务器支持标准FASTA格式文件：

>sequence_id_1 Description of sequence 1
ATCGATCGATCGATCG
ATCGATCGATCGATCG
>sequence_id_2 Description of sequence 2
GCTAGCTAGCTAGCTA
GCTAGCTAGCTAGCTA

需求

• Node.js 18+
• TypeScript 5.1+
• 带Claude扩展的VS代码（用于集成使用）

许可证

有关详细信息，请参阅LICENSE文件。