Juicebox MCP服务器
MCP（模型上下文协议）服务器，使Claude能够通过自然语言控制Juicebox Hi-C联系人地图可视化。通过与Claude的对话，搜索Hi-C数据集、加载图谱、导航基因组位点、配置可视化和探索染色质结构。
这是什么？
Juicebox MCP服务器源于Juicebox的JavaScript版本，并将其转换为 人工智能驱动的研究助理 用于探索Hi-C接触图。您可以：
- 搜索 使用自然语言获取Hi-C数据集（“显示人类K562细胞图谱”）
- 负载 带有智能推荐的地图和轨迹
- 导航 按基因名称或坐标到基因组区域
- 配置 通过对话实现可视化
- 发现 自动补充数据集
- 分享 通过可共享URL进行可视化
该服务器将Claude Desktop连接到基于浏览器的Juicebox前端，通过自然语言实现对Hi-C可视化的无缝控制。
安装
先决条件
- 克劳德桌面 已安装(点击此处下载)
安装MCP服务器
- 下载MCP服务器包
- 下载 .mcpb 直接文件： 榨汁机-mcp-20251219-164324.mcpb - 或者自己建造（见 从源头构建 在......下面
- 在Claude桌面中安装
- 打开克劳德桌面 - 首选 设置 （macOS： Cmd + , |视窗： Ctrl + ,) - 引导到 开发者 → 添加MCP服务器 - 点击 从文件安装 - 选择 .mcpb 您下载的文件 - Claude Desktop将自动提取和配置服务器
- 验证安装
- 该服务器应出现在您的MCP服务器列表中 - 如果需要，请重新启动Claude Desktop
就是这样！MCP服务器现已安装并准备就绪。
入门指南
步骤1：打开浏览器前端
在Claude Desktop中，让Claude打开Juicebox：
You: "Open Juicebox" or "Get the Juicebox URL"Claude将提供一个URL——在您的网络浏览器中打开它。浏览器将自动连接到在Claude Desktop中运行的MCP服务器。
第二步：开始探索
打开浏览器后，您可以开始通过自然语言探索Hi-C数据：
You: "Find Hi-C maps for human K562 cells"
Claude: [Searches available data sources]
"I found 8 K562 cell line maps. Here are the top results:
- Map #1: ENCODE K562 Hi-C (hg38, high resolution)
- Map #2: 4DN K562 Hi-C (hg38, recent data)
...
Which would you like to load?"
You: "Load the first one"
Claude: [Loads the map and displays it in your browser]使用示例
搜索和加载Hi-C地图
You: "Find Hi-C maps for human K562 cells"
Claude: [Searches available data sources]
"I found 8 K562 cell line maps. Here are the top results..."
You: "Load the first one"
Claude: [Loads the map and displays it in your browser]导航到基因组区域
You: "Go to the BRCA1 gene"
Claude: [Looks up BRCA1 coordinates]
[Navigates to chr17:43,044,295-43,125,482]
"I've navigated to the BRCA1 gene region. Would you like to
zoom in or add any annotation tracks?"加载补充数据
You: "Add CTCF binding sites for this cell type"
Claude: [Discovers available CTCF tracks for the loaded biosample]
"I found CTCF ChIP-seq data for K562 cells. Would you like
the fold change track or the peak calls?"
You: "Both"
Claude: [Loads both tracks]
"I've added CTCF fold change and peak tracks. The peaks are
shown as 2D annotations on the contact map."配置可视化
You: "Change the color scale to blue"
Claude: [Updates the foreground color]
"I've changed the color scale to blue. The contact map now
uses a blue gradient to show interaction strength."创建可共享链接
You: "Create a shareable link for this visualization"
Claude: [Generates a compressed session URL]
"Here's a shareable link: https://t.3dg.io/abc123
Anyone can open this link to see your current visualization
with all maps, tracks, and settings."你能做什么
🧠 AI增强功能
Claude为Hi-C探索提供智能辅助：
- 语义搜索：了解生物学概念（“心脏组织”发现相关样本）
- 上下文感知发现：根据您加载的内容建议补充数据集
- 领域知识：建议适当的标准化、分辨率和注释
- 工作流程编排：自动处理多步骤流程
- 意图推断：在允许完全自定义的同时，设置合理的默认值
🔍 数据源集成
跨多个Hi-C数据源搜索：
- 4DN（4D核小体）：专业4D核小体项目
- 编码：具有标准化数据的广泛蜂窝类型覆盖
Claude了解元数据关系，可以帮助您为研究找到合适的数据集。
🎨 完全可视化控制
控制可视化的各个方面：
- 加载主图和控制图进行比较
- 按基因名称、坐标或自然语言导航
- 放大/缩小并平移整个基因组
- 配置色阶和归一化方法
- 添加1D轨迹（bigWig、bedGraph）和2D注释（循环、域）
- 保存和恢复会话
- 创建可共享的URL
故障排除
浏览器无法连接
- 确保Claude Desktop正在运行
- 验证MCP服务器是否已安装并在Claude Desktop设置中启用
- 试着问克劳德：“获取Juicebox URL”以获取新的连接URL
- 检查您的浏览器是否允许WebSocket连接
localhost
地图无法加载
- 验证您是否有活动的互联网连接（地图是从远程URL加载的）
- 检查URL是否可访问（尝试直接在浏览器中打开）
- 询问Claude：“获取服务器状态”以检查连接
克劳德无法识别命令
- 确保在Claude Desktop设置中启用了MCP服务器
- 安装服务器后重新启动Claude Desktop
- 检查服务器是否出现在MCP服务器列表中
从源头构建
如果您想自己构建MCP服务器或为开发做出贡献，请参阅 MCPB构建指南 详细说明。
快速构建步骤：
git clone https://github.com/aidenlab/juicebox-mcp.git
cd juicebox-mcp
npm install
npm run build:mcpb这创建了一个 .mcpb 项目根目录中的包，可以安装在Claude Desktop中。
文档
更多详细信息：
许可证
MIT许可证-请参阅 许可证 文件以获取详细信息。
支持
- 问题：报告错误或请求功能
- 文档：参见
docs/详细指南文件夹
致谢
Juicebox MCP服务器源于JavaScript版本 Juicebox.js，它提供了核心的Hi-C可视化功能。