msa MCP

MSA生成MCP服务器

此MCP服务器提供使用ColabFold/MMseqs2 API服务器生成多序列比对（MSA）的工具。

特性

• generate_msa：使用ColabFold/MMseqs2服务器生成蛋白质序列的MSA

- 搜索UniRef30和环境数据库 - 返回A3M格式对齐文件 - 自动作业提交、轮询和结果检索

安装

快速设置（推荐）

运行自动安装脚本：

cd msa_mcp
bash quick_setup.sh

该脚本将创建conda环境，安装所有依赖项，并显示Claude Code配置。看 quick_setup.sh --help 对于以下选项 --skip-env.

作为独立的FastMCP服务运行

您可以将其作为独立的FastMCP服务器运行：

cd src
python msa_mcp.py

这将启动可由Claude Code或其他MCP客户端连接的MCP服务器。

与Claude Code或Gemini cli集成

fastmcp install claude-code  too-mcps/msa_server_mcp/src/msa_mcp.py
fastmcp install gemini-cli  too-mcps/msa_server_mcp/src/msa_mcp.py

Claude Code中的示例用法：

Can you generate an MSA for this protein sequence: MQYKLILNGKTLKGETTTEAVDAATAEKVFKQYANDNGVDGEWTYDDATKTFTVTE

输出

MSA文件保存到 msa_server_mcp/tmp/outputs/ 默认情况下。您可以通过设置 MSA_GENERATION_OUTPUT_DIR 环境变量。

 Perfect! I've successfully generated the MSA for your protein sequence. Here are the results:

  MSA Generation Summary:
  - Status: Success ✓
  - Sequence Length: 56 amino acids
  - MSA Depth: 144 sequences (found 144 homologous sequences)
  - Output File: protein_msa_query.a3m
  - Location: /home/xux/Desktop/ProteinMCP/ProteinMCP/tool-mcps/msa_server_mcp/tmp/outputs/protein_msa_query.a3m

  The MSA was generated using ColabFold/MMseqs2 by searching against UniRef30 and environmental databases. The resulting
   A3M format file contains the alignment of 144 related protein sequences, which can be used for downstream
  applications like structure prediction, evolutionary analysis, or protein design.

可用工具

generate_msa

为蛋白质序列生成多序列比对。

参数：

• sequence （必填）：蛋白质序列（单字母氨基酸编码）
• job_name （可选）：用于跟踪的作业名称（默认：自动生成时间戳）
• output_filename （可选）：以A3M格式输出MSA的文件名（默认：｛job_name｝.A3M）
• max_wait_time （可选）：最长等待时间（秒）（默认值：600）

退货：

• status：“成功”或“错误”
• ticket_id：服务器票证ID
• output_file：生成的MSA文件的绝对路径
• msa_depth：MSA中的序列数
• msa_length：对齐长度
• message：状态消息

运作原理

1. 提交：将您的蛋白质序列提交给ColabFold/MMseqs2 API
2. 投票：监控作业状态，直到完成（通常为2-10分钟）
3. 下载：检索并提取A3M对齐文件

备注

• MSA生成通常需要2-10分钟，具体取决于序列长度和服务器负载
• 服务器搜索UniRef30和ColabFold环境数据库
• 结果以A3M格式返回，与AlphaFold、ColabFold和其他结构预测工具兼容