miEAA3_MCP
MCP（模型上下文协议）服务器，集成了 miEAA 3.x REST API 和 克劳德桌面版，将miEAA功能作为microRNA和前体富集分析的可调用工具。
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引言
miEAA3_MCP 提供了一个干净的集成层 克劳德桌面版 和那个 miEAA生物信息学平台.\ 服务器在中实现 TypeScript，捆绑成单个 Node.js ESM 通过MCP向Claude注册。
该项目侧重于：
- 正确的MCP协议集成
- 稳健的请求/响应规范化
- Claude Desktop内miEAA工具的可靠执行
没有生物逻辑被重新实现；所有分析均由官方的miEAA API执行。
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存储库结构
miEAA3_mcp/
├── README.md
├── manifest.json
├── package.json
├── package-lock.json
├── tsconfig.json
├── dist/
│ ├── server.js
│ └── handlers/
│ ├── mieaa_categories_handler.js
│ ├── mieaa_mirna_precursor_converter_handler.js
│ ├── mieaa_mirbase_converter_handler.js
│ └── over_representation_analysis_handler.js
├── src/
│ ├── server.ts
│ ├── handlers/
│ │ ├── mieaa_categories_handler.ts
│ │ ├── mieaa_mirna_precursor_converter_handler.ts
│ │ ├── mieaa_mirbase_converter_handler.ts
│ │ └── over_representation_analysis_handler.ts
│ └── utils/
│ └── mieaa.ts
├── test.mjs
└── miEAA3_mcp.dxt______________________________________________________________________
集成工具（Claude MCP）
以下 在Claude Desktop中集成、注册并可见四个miEAA工具:
1.过度表征分析（ORA）
工具： over_representation_analysis
- 为miRNA或前体输入运行miEAA ORA
- 处理作业提交、轮询和结果检索
- 支持基于类别的富集分析
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2.列出丰富类别
工具： list_enrichment_categories
- 从miEAA查询可用的富集类别
- 旨在指导ORA的类别选择
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3.miRNA↔ 前驱体转换器
工具： mirna_precursor_converter
- 在miRNA和前体标识符之间转换
- 处理miEAA费率限制
- 将纯文本API响应规范化为结构化输出
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4.miRBase版本转换器
工具： mirbase_version_converter
- 在miRBase版本之间转换miRNA标识符
- 明确报告已转换、未更改和不可映射的条目
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环境设置
先决条件
- Node.js≥18
- npm
安装依赖项：
npm install______________________________________________________________________
构建过程
MCP服务器必须捆绑到 单个ESM兼容文件 克劳德桌面。
npx esbuild src/server.ts --bundle --platform=node --format=esm --target=node18 --outfile=dist/server.js --log-level=debug为什么需要此构建步骤
- 将所有处理程序和实用程序捆绑到一个文件中
- 确保与Claude的Node运行时兼容
- 解决MCP SDK和模块解析问题
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Claude桌面集成
- Claude Desktop正确发现并启动了MCP服务器
- 扩展文件夹检测问题已解决
- MCP SDK解决方案问题由当前构建设置解决
- 这四个工具在Claude中都显示为可调用工具
使用Claude Desktop时不需要手动启动服务器。
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局部测试
node test.mjs所有工具都可以在本地Node.js环境中正确执行。
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MCP检查员
协议级检查和调试：
npm install @modelcontextprotocol/inspector --save-dev
npx @modelcontextprotocol/inspector在Claude中使用 .dxt
- 安装必备组件： Node.js≥18, npm，以及 克劳德桌面版
- 克隆或打开
miEAA3_mcp项目目录
- 安装依赖项：
npm install将MCP服务器构建为单个ESM文件：
npx esbuild src/server.ts \
--bundle \
--platform=node \
--format=esm \
--target=node18 \
--outfile=dist/server.jsnpx esbuild src/server.ts `
--bundle `
--platform=node `
--format=esm `
--target=node18 `
--outfile=dist/server.js创建Claude扩展包（.dxt）
（或使用存储库中现有的.dxt文件）：
zip -r miEAA3_mcp.dxt \
manifest.json \
package.json \
package-lock.json \
tsconfig.json \
dist \
-x "*.ts" "*.map" "*.log"- 打开克劳德桌面→ 设置→ 高级→ 安装扩展
- 选择miEAA3_mcp.dxt文件（从Windows或本地文件夹中）
- 打开一个新的Claude聊天，直接使用miEAA工具
- （无需手动启动服务器）
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当前问题
目前，我正在改进结果格式，这样输出就更有条理，更容易被用户使用，同时保持MCP兼容。miEAA服务器在测试期间暂时关闭，但我希望在今天再次访问后完成此操作。
我遇到的一个问题是，GSEA分析有API端点，但需要一种不同的输入格式，而miEAA网站上没有记录，这目前阻碍了成功执行。所有其他基于API的工具均按预期工作。
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