ProtVar MCP服务器
A. 模型上下文协议（MCP） 该服务器将ProtVar蛋白变体数据作为AI可访问的工具公开，使用Spring Boot和Spring AI构建。
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建筑
Claude Code / Claude.ai
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│ HTTP (Streamable HTTP transport)
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ProtVar MCP Server (this app)
│
│ REST
▼
ProtVar API (wwwdev / wwwint / prod)MCP服务器充当一个桥梁-它将ProtVar REST API调用封装为MCP工具，AI客户端可以直接调用。
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先决条件
- Java 21
- Maven 3.9+
- 克劳德代码CLI （用于本地测试）
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本地运行
来自IntelliJ
- 打开
ProtvarMcpApplication.java - 点击绿色▶ 旁边的按钮
main() - 通过以下方式设置活动配置文件 Run → 编辑配置→ 活动配置文件:
dev或int
或通过设置 虚拟机选项:
-Dspring.profiles.active=dev从终端
# Using Maven
mvn spring-boot:run -Dspring-boot.run.profiles=dev
# Or build and run the JAR
mvn clean package -DskipTests
java -jar target/protvar-mcp-0.0.1-SNAPSHOT.jar --spring.profiles.active=dev档案
| 简介 | ProtVar API目标 |
|---|---|
dev （默认） | https://wwwdev.ebi.ac.uk/ProtVar/api |
int | https://wwwint.ebi.ac.uk/ProtVar/api |
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验证服务器是否正在运行
该应用程序通过Spring Actuator公开了一个健康端点：
http://localhost:8081/ProtVar/actuator/health预期响应： {"status":"UP"}
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连接克劳德代码（本地）
服务器运行后，用Claude Code注册它：
claude mcp add protvar-mcp --transport http http://localhost:8081/ProtVar/mcp验证连接：
claude mcp list预期产量：
protvar-mcp: http://localhost:8081/ProtVar/mcp (HTTP) - ✓ Connected在Claude Code会话中，运行 /mcp 列出连接的服务器和可用工具。
要删除或重新配置：
claude mcp remove protvar-mcp______________________________________________________________________
连接克劳德代码（已部署）
# int environment
claude mcp add protvar-mcp-int --transport http https://wwwint.ebi.ac.uk/ProtVar/mcp
# dev environment
claude mcp add protvar-mcp-dev --transport http https://wwwdev.ebi.ac.uk/ProtVar/mcp对于 Claude.ai （网络产品），通过以下方式将其添加为远程连接器 设置→ 集成→ 远程MCP 使用相同的HTTPS URL。
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传输：为什么是HTTP？
| 运输 | 用例 |
|---|---|
stdio | 仅限本地——Claude Code将应用程序作为子流程启动 |
http （流式HTTP） | 本地或远程--通过HTTP/S连接到正在运行的服务器 |
此项目使用 流式HTTP 因此，在开发过程中，可以在本地使用同一台服务器，并将其部署到Kubernetes进行生产使用，而无需对服务器本身进行配置更改。
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关键依赖关系
| 依赖性 | 目的 |
|---|---|
spring-ai-starter-mcp-server-webmvc | 通过流式HTTP公开MCP工具 |
spring-boot-starter-web | 嵌入式Tomcat/Spring MVC |
spring-boot-starter-actuator | 健康终点位于 /actuator/health |
spring-boot-devtools | 本地开发期间的热重载 |
注：spring-ai-starter-mcp-server（无-webmvc)仅支持STDIO传输，不会公开HTTP端点。
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部署（Kubernetes/Helm）
该应用程序通过GitLab CI和Helm charts部署。
| 分支 | 环境 | Helm值 |
|---|---|---|
dev | 测试版/开发版 | values-dev.yaml |
int | 内部 | values-int.yaml |
main | 生产 | _尚未配置_ |
CI管道运行： test → build → build_docker_image → deploy
Kubernetes Ingress在 /ProtVar 在环境主机名上。Ingress配置了扩展代理超时(proxy-read-timeout: 3600)以支持长期流式HTTP连接。
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项目结构
src/
└── main/
└── java/uk/ac/ebi/protvar/mcp/
├── ProtvarMcpApplication.java # Entry point, registers MCP tools
├── config/
│ └── RestClientConfig.java # RestClient bean pointing to ProtVar API
└── tools/
└── FoldxTool.java # @Tool: FoldX predictions
resources/
├── application.properties # Base config (port, MCP path, context path)
├── application-dev.properties # dev API URL
└── application-int.properties # int API URL______________________________________________________________________
添加新工具
- 创建新
@Component类在tools/ - 用注释方法
@Tool(description = "...") - 在中注册bean
ProtvarMcpApplication:
@Bean
public ToolCallbackProvider protvarTools(FoldxTool foldxTool, MyNewTool myNewTool) {
return MethodToolCallbackProvider.builder()
.toolObjects(foldxTool, myNewTool)
.build();
}未来改进（非常有用）
您可以创建一个共享库，而不是通过HTTP调用API：
protvar-common然后，这两个应用程序共享逻辑。
protvar-api
protvar-mcp
↓
protvar-common这避免了HTTP开销。