Molecular Properties Predictor
功能概述
该 skill 用于预测小分子多种物化性质。
当前版本通过 Bamboo-Mixer 单分子模型返回以下 11 个性质：
Tm：熔点（K）bp：沸点（K）nD：折射率（无单位）nD_liquid：液体折射率（无单位）dc：介电常数（无单位）ST：表面张力（mN/m）density：密度（g/cm^3）vis：黏度（cP）vapP：蒸气压（Pa）
适用场景
当用户有如下需求时适合调用：
- 查询一个分子的多种物化性质
- 一次性获取熔点、沸点、密度、黏度等多个性质
- 为下游分子筛选提供多指标输入
- 作为拆分单项物性 skill 之前的总入口
输入形式
单分子输入
smiles：必填name：可选temperature：可选，默认25.0
批量输入
支持 JSON 列表输入，每项至少包含：
smilesname（可选）
输出字段
每个结果条目通常包含：
namesmilescanonical_smilesstatustemperature_celsiusbackend_usedmodel_sourcepropertiesproperty_unitsraw_backend_output
⚠️ pKa 预测特别说明
本 skill 虽然输出 pka_a 和 pka_b 字段，但不推荐用于 pKa 预测。
推荐方案： 请使用专门的 pka-predictor skill 进行 pKa 预测。
原因：
| 对比项 | molecular-properties-predictor | pka-predictor |
|---|---|---|
| pKa 准确度 | 中等（误差 ~0.4 单位） | 高（误差 ~0.17 单位） |
| 后端 | Bamboo-Mixer 多任务模型 | Uni-pKa 专用模型 |
| 微观态处理 | 无 | 支持微观态枚举 + 自由能计算 |
| 输出详细度 | 仅返回数值 | 电荷态、去质子化方向、置信度等 |
示例：
# ❌ 不推荐：用本 skill 预测 pKa
python scripts/main_script.py --smiles "CC(=O)O" --name "乙酸"
# ✅ 推荐：用 pka-predictor 预测 pKa
cd ../pka-predictor && ./run_with_venv.sh --smiles "CC(=O)O" --name "乙酸" --backend unipka⚠️ 表面张力预测特别说明
本 skill 可预测表面张力 (ST)，但对于单一表面张力预测需求，推荐使用专门的 surface-tension-predictor skill。
推荐策略：
| 需求场景 | 推荐 Skill/后端 |
|---|---|
| 仅预测表面张力 | surface-tension-predictor |
| 表面张力 + 多种物性 | molecular-properties-predictor (Bamboo-Mixer) |
| 小分子 (<10 重原子) | surface-tension-predictor (baseline) |
| 大分子 (≥10 重原子) | surface-tension-predictor (public_joblib) |
原因：
| 对比项 | molecular-properties-predictor | surface-tension-predictor |
|---|---|---|
| 表面张力准确度 | 好（误差 ~5%） | 好（误差 ~5% baseline） |
| 后端 | Bamboo-Mixer 多任务模型 | baseline / public_joblib |
| 特征数 | 隐式描述符 | 8 个 (baseline) / 130 个 (public_joblib) |
| 灵活性 | 固定 11 个性质 | 可切换后端，针对表面张力优化 |
| 适用场景 | 多种物性一次性预测 | 单一表面张力预测 |
测试对比（苯甲酸）：
| Skill/后端 | 预测值 | 文献值 | 偏差 |
|---|---|---|---|
| surface-tension-predictor (baseline) | 41.63 mN/m | ~44 mN/m | -5.4% ✅ |
| molecular-properties-predictor (Bamboo) | 41.38 mN/m | ~44 mN/m | -5.9% ✅ |
| surface-tension-predictor (public_joblib) | 33.19 mN/m | ~44 mN/m | -24.6% ⚠️ |
示例：
# ✅ 推荐：仅预测表面张力，用 surface-tension-predictor
cd ../surface-tension-predictor
python scripts/main_script.py --smiles "O=C(O)c1ccccc1" --name "苯甲酸" --backend baseline
# ✅ 推荐：同时预测多种物性，用本 skill
cd ../molecular-properties-predictor
python scripts/main_script.py --smiles "O=C(O)c1ccccc1" --properties bp,ST,density后端说明
bamboo_mixer
定位
这是当前 skill 的真实模型后端，用于对接 Bamboo-Mixer 单分子物性模型。
当前已完成的真实接入链路
当前版本已完成以下流程：
- 准备单分子输入 JSON
- 调用 Bamboo-Mixer 的：
- scripts/prepare_data/prepare_data.py --data_type mono
- 调用 Bamboo-Mixer 的：
- scripts/test_results/mono.py
- 使用 mono checkpoint：
- hf_bamboo_mixer/ckpts/mono/optimal.pt
- 解析输出
output_mono.json - 返回 11 个物性结果
当前使用的环境变量
BAMBOO_MIXER_ADAPTER_PYBAMBOO_MIXER_REPOBAMBOO_MIXER_PYTHONBAMBOO_MIXER_MONO_CKPT
推荐写法：
export BAMBOO_MIXER_ADAPTER_PY=scripts/adapters/bamboo_mixer_properties_adapter.py
export BAMBOO_MIXER_REPO=assets/bamboo_mixer
export BAMBOO_MIXER_PYTHON=assets/bamboo_mixer/.venv/bin/python
export BAMBOO_MIXER_MONO_CKPT=assets/bamboo_mixer/hf_bamboo_mixer/ckpts/mono/optimal.pt