Toppgene MCP Server

🧬 ToppGene MCP服务器

  

模型上下文协议（MCP）服务器，允许AI助手直接访问 ToppGene套房 用于功能富集分析。提供一个基因列表，并接收统计排名的通路、疾病、表型和其他注释，以及一个包含完整结果的TSV文件，用于下游分析。

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🚀 快速开始

🎥 演示

▶️ 观看ToppGene MCP演练

1. 克隆并进入项目

   git clone https://github.com//toppgene-mcp-server.git
   cd toppgene-mcp-server

1. （可选）创建虚拟环境

   python -m venv .venv
   source .venv/bin/activate  # Windows: .venv\Scripts\activate

1. 安装依赖项

   pip install -e .
   # or: pip install -r requirements.txt

1. 运行服务器

   python toppgene_mcp.py
   # or, after installing in editable mode:
   toppgene-mcp

服务器通过stdio（默认MCP传输）运行。让它在MCP客户端连接时运行。

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🧩 从流行的MCP客户端连接

克劳德桌面

编辑配置文件：

• macOS： ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
• 窗户： %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
• Linux： ~/.config/Claude/claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "toppgene": {
      "command": "python3",
      "args": ["/absolute/path/to/toppgene_mcp.py"]
    }
  }
}

重新启动克劳德桌面；这🔌 MCP指示器应显示 toppgene 如可用。

光标/继续/自定义客户端

任何兼容MCP的客户端都可以使用上面显示的相同命令/args对启动服务器。

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🔍 工具和功能

• toppgene_enrichment_analysis：核心工具。接受1-1000个基因（HGNC、Ensembl、Entrez、UniProt、RefSeq），并返回19个注释类别的丰富术语。
• 自动基因符号→ 通过ToppGene查找API进行的Entrez ID转换。
• 可配置的p值阈值、多次测试校正、结果限制和响应详细程度(concise 或 detailed).
• 支持Markdown或JSON响应，因此代理可以叙述发现或后处理原始数据。

每个请求还会在下面写入一个带时间戳的TSV文件 outputs/ 包含完整的富集结果表（类别、术语ID、术语名称、p值、重叠等）。这允许代理运行后续代码执行，如绘图或过滤。

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🧪 可选LangChain代理

LangChain代理示例(toppgene_agent.py)演示了如何使用OpenAI的GPT模型编排MCP工具。要尝试：

pip install -e .[agent]
cp .env.example .env  # then add your OPENAI_API_KEY
python test_agent.py

代理脚本连接到本地MCP服务器，加载可用工具，并回答有关所提供基因的自然语言问题。

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📁 项目布局

toppgene-mcp-server/
├── README.md
├── LICENSE
├── pyproject.toml
├── requirements.txt
├── toppgene_mcp.py          # MCP server entry point
├── toppgene_agent.py        # Optional LangChain agent
├── test_agent.py            # Smoke test for the agent
├── setup_claude.sh          # Helper script for Claude Desktop config
├── outputs/                 # Timestamped TSV results (gitignored)
├── docs/
│   ├── INSTALL.md           # Legacy installation notes
│   ├── CLAUDE_SETUP.md      # Detailed Claude Desktop walkthrough
│   └── TSV_FEATURE.md       # TSV output behaviour
└── toppgene_mcp.mov         # Demo walkthrough

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📚 其他文件

• docs/INSTALL.md –快速安装步骤。
• docs/CLAUDE_SETUP.md –完整的克劳德桌面指南和故障排除提示。
• docs/TSV_FEATURE.md –深入了解TSV输出工作流程。

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🛡️ 许可证

根据 MIT许可证。欢迎拉取请求和发布报告！