Reactome MCP Server

非官方Reactome MCP服务器🧬

用于访问反应体途径和系统生物学数据的模型上下文协议服务器。

由开发 增强自然 -推进人工智能科学发现

✅ 已验证功能

使用Reactome API实时数据的所有8个工具：

• 🔍 路径搜索 -按名称、过程、关键字搜索生物途径
• 📊 路径详细信息 -全面的路径信息和组件
• 🧬 基因到路径 -寻找含有特定基因/蛋白质的途径
• 🦠 疾病途径 -与疾病相关的生物学机制
• 🌲 路径层次结构 -亲子关系和路径结构
• 🧪 Pathway参与者 -所有参与通路的分子
• ⚗️ 生化反应 -详细反应信息
• 🔗 蛋白质相互作用 -通路内的分子相互作用

🚀 快速开始

# Install and build
npm install
npm run build

# Run the server
node build/index.js

📋 MCP客户端配置

克劳德桌面

{
  "mcpServers": {
    "reactome-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/reactome-server/build/index.js"]
    }
  }
}

其他MCP客户端

node /path/to/reactome-server/build/index.js

🛠️ 可用工具

🔍 search_pathways

按名称、描述或关键字搜索生物途径

{
  "name": "search_pathways",
  "arguments": {
    "query": "cell cycle", // Pathway name, process, or keywords
    "type": "pathway", // Optional: pathway, reaction, protein, complex, disease
    "size": 20 // Optional: 1-100 results (default: 20)
  }
}

示例结果：

• 细胞周期 （R-HSA-1640170）-细胞周期进展和调控
• 细胞周期检查点 （R-HSA-69620）-质量控制机制
• 有丝分裂G1-G1/S期 （R-HSA-453279）-G1期进展

📊 get_pathway_details

获取有关特定途径的全面信息

{
  "name": "get_pathway_details",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome pathway stable identifier
  }
}

🧬 find_pathways_by_gene

查找包含特定基因或蛋白质的所有途径

{
  "name": "find_pathways_by_gene",
  "arguments": {
    "gene": "BRCA1", // Gene symbol or UniProt ID
    "species": "Homo sapiens" // Optional: species (default: Homo sapiens)
  }
}

🦠 find_pathways_by_disease

寻找与疾病相关的途径和机制

{
  "name": "find_pathways_by_disease",
  "arguments": {
    "disease": "cancer", // Disease name or DOID identifier
    "size": 25 // Optional: 1-100 pathways (default: 25)
  }
}

🌲 get_pathway_hierarchy

获取层次结构和父/子关系

{
  "name": "get_pathway_hierarchy",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome pathway stable identifier
  }
}

🧪 get_pathway_participants

获取通路中的所有分子（蛋白质、基因、化合物）

{
  "name": "get_pathway_participants",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome pathway stable identifier
  }
}

⚗️ get_pathway_reactions

获取通路内的所有生化反应

{
  "name": "get_pathway_reactions",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome pathway stable identifier
  }
}

🔗 get_protein_interactions

获取途径中的蛋白质相互作用

{
  "name": "get_protein_interactions",
  "arguments": {
    "pathwayId": "R-HSA-1640170", // Reactome pathway stable identifier
    "interactionType": "all" // Optional: protein-protein, regulatory, catalysis, all
  }
}

📚 资源模板

通过标准化URI访问Reactome数据：

• reactome://pathway/{id} -完整的路径信息
• reactome://reaction/{id} -详细反应信息
• reactome://protein/{id} -蛋白质细节和关联
• reactome://disease/{id} -疾病相关途径
• reactome://search/{query} -搜索结果

🧪 真实世界的例子

系统生物学工作流程

# 1. Search for DNA repair pathways
{"name": "search_pathways", "arguments": {"query": "DNA repair", "size": 10}}

# 2. Get detailed pathway information
{"name": "get_pathway_details", "arguments": {"id": "R-HSA-5696394"}}

# 3. Find all pathways containing BRCA1
{"name": "find_pathways_by_gene", "arguments": {"gene": "BRCA1"}}

# 4. Get pathway participants
{"name": "get_pathway_participants", "arguments": {"id": "R-HSA-5696394"}}

疾病机制研究

# 1. Search for cancer-related pathways
{"name": "find_pathways_by_disease", "arguments": {"disease": "cancer", "size": 15}}

# 2. Get pathway hierarchy for oncogenic signaling
{"name": "get_pathway_hierarchy", "arguments": {"id": "R-HSA-5637815"}}

# 3. Analyze biochemical reactions
{"name": "get_pathway_reactions", "arguments": {"id": "R-HSA-5637815"}}

药物研发管道

# 1. Find pathways for drug target
{"name": "find_pathways_by_gene", "arguments": {"gene": "EGFR"}}

# 2. Get protein interactions in pathway
{"name": "get_protein_interactions", "arguments": {"pathwayId": "R-HSA-177929"}}

# 3. Analyze pathway participants
{"name": "get_pathway_participants", "arguments": {"id": "R-HSA-177929"}}

🔬 数据覆盖

Reactome为以下方面提供精心策划的数据：

• 25000+个反应 在所有主要的生物过程中
• 14000多种蛋白质 带有详细的功能注释
• 2500+条路径 涵盖细胞和分子过程
• 20+种 包括人类、小鼠、大鼠和模型生物
• 交叉引用 到UniProt、ChEMBL、Ensembl和其他数据库

关键生物学领域：

• 信号转导途径
• 代谢过程和网络
• 基因调控与表达
• 细胞周期与DNA修复
• 免疫系统反应
• 疾病机制和药物作用
• 发育生物学过程

🏗️ 建筑

• TypeScript 具有强大类型安全性的实施
• Reactome内容服务API 用于高效的数据检索
• MCP协议 兼容JSON-RPC通信
• 错误处理 经过全面验证
• 生产就绪 具有30秒超时和适当的日志记录

📊 api信息

• 基本URL: https://reactome.org/ContentService
• 版本：Reactome v79（最新）
• 速率限制：用于研究用途
• 认证：无需
• 格式：带有JSON响应的REST API

🤝 贡献

1. 分叉存储库
2. 进行更改
3. 提交拉取请求

引用

如果您在研究或出版物中使用此项目，请按如下方式引用：

author = {Moudather Chelbi},
title = {Reactome MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/Reactome-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}