rcsb MCP

RCSB PDB MCP 服务器

一个MCP（模型上下文协议）服务器，提供与RCSB蛋白质数据库API交互的工具。

概述

这台服务器提供了以下工具：

• 查询PDB条目信息
• 检索聚合物实体的详细信息
• 下载各种格式的结构文件
• 向RCSB数据API发出自定义API查询

安装

1. 使用 uv 安装依赖项：

uv sync

或者使用 pip：

pip install -e .

运行服务器

作为独立服务器

python server.py

使用Claude Desktop

在您的Claude Desktop配置文件中添加：

macOS（苹果电脑操作系统）： ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "rcsb-pdb": {
      "command": "uv",
      "args": [
        "--directory",
        "/Users/cnyambura/Documents/rcsb_api/api/rcsb-mcp",
        "run",
        "server.py"
      ]
    }
  }
}

添加配置后，重启Claude桌面版。

可用工具

1. get_pdb_entry

获取关于PDB条目的全面信息。

参数：

• pdb_id (字符串)：4位PDB标识符（例如，'1ABC'，'7BQY'）

返回值： 包含结构信息的JSON，包括标题、实验方法、分辨率、日期、作者和来源生物体。

示例：

get_pdb_entry("1ABC")

2. get_polymer_entity

获取PDB条目中关于聚合物实体（蛋白质、DNA、RNA）的信息。

参数：

• pdb_id (字符串)：4位PDB标识符
• entity_id (字符串，可选)：实体编号（默认：“1”）

返回值： 包含分子名称、序列、分子量、实体类型和来源生物体的JSON数据。

示例：

get_polymer_entity("1ABC", "1")

3. download_structure_file

从RCSB PDB下载结构文件。

参数：

• pdb_id (字符串)：4位PDB标识符
• file_format （字符串，可选）：下载格式（默认：“pdb”）

- pdbPDB格式 - cifmmCIF 格式 - xmlPDBML/XML 格式 - pdb.gz压缩PDB（Program Database，程序数据库） - cif.gz压缩的mmCIF（macromolecular Crystallographic Information File，大分子晶体学信息文件） - xml.gz压缩的XML

• output_dir (字符串，可选)：保存文件的目录
• filename （字符串，可选）：自定义文件名

返回值： 包含下载状态和文件路径的JSON。

示例：

download_structure_file("1ABC", "pdb", "/path/to/output")

4. query_rcsb_api

向RCSB数据API发出自定义查询。

参数：

• endpoint API终端路径（例如，'assembly/1ABC-1'，'uniprot/P12345'）
• params (字符串，可选)：查询参数的 JSON 字符串

常见的终点（或：常见结果指标）：

• entry/{pdb_id}入门级信息
• polymer_entity/{pdb_id}_{entity_id}聚合物实体信息
• assembly/{pdb_id}-{assembly_id}生物组装信息
• nonpolymer_entity/{pdb_id}_{entity_id}小分子/配体信息
• uniprot/{uniprot_id}UniProt交叉引用

返回值： 包含API响应的JSON。

示例：

query_rcsb_api("assembly/1ABC-1")

5. search_pdb_by_organism

获取如何按生物体搜索PDB条目的信息。

参数：

• organism (字符串)：生物体名称（例如，“Homo sapiens（智人）”，“E. coli（大肠杆菌）”）

返回值： 按生物体搜索的说明和示例查询。

与Claude一起使用的示例

一旦连接到Claude Desktop，您就可以提问：

• “获取PDB条目1ABC的信息”
• “下载7BQY结构文件，格式为mmCIF”
• “显示PDB 4HHB实体1的聚合物实体详细信息”
• “查询1ABC装配体1的装配信息”

项目结构

rcsb-mcp/
├── rcsb_api.py        # Core RCSB API functions
├── server.py          # FastMCP server implementation
├── pyproject.toml     # Project dependencies
└── README.md          # This file

API 文档

如需有关RCSB数据API的更多信息，请访问：

• https://data.rcsb.org/ 的中文翻译是：“蛋白质数据银行（RCSB）数据网站”
• https://www.rcsb.org/docs/programmatic-access/web-services-overview 翻译为中文是：https://www.rcsb.org/文档/程序化访问/网络服务概述

许可证

麻省理工学院（MIT）