PubChem MCP服务器
🧪 使AI助手能够通过简单的MCP界面搜索和访问化合物信息。
PubChem MCP服务器通过模型上下文协议（MCP）在AI助手和PubChem的化学数据库之间架起了一座桥梁。它允许人工智能模型以程序化的方式搜索化合物并访问其详细信息。
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✨ 核心功能
- 🔎 化合物搜索：按名称、SMILES或CID查询PubChem化合物✅
- 🧪 化学结构：访问分子结构和标识符✅
- 📊 属性数据：检索详细的化学和物理属性✅
- 🔬 高级搜索：结合多个参数进行精确查询✅
- 🧬 分子可视化：生成和显示分子结构📝
- 📈 性能分析：比较多种化合物的性能📝
- 🗃️ 本地存储：保存常用化合物，以便更快地访问📝
- 📝 化学提示：化学分析的专业提示📝
🚀 快速开始
通过Smithery安装
通过以下方式自动安装PubChem Server for Claude Desktop 史密瑟里:
克劳德
npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubchem-mcp-server --client claude --config "{}"光标
将以下内容粘贴到设置中→ 光标设置→ MCP → 添加新服务器：
- Mac/Linux
npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/pubchem-mcp-server --client cursor --config "{}" 帆板运动
npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubchem-mcp-server --client windsurf --config "{}"渐变群
npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubchem-mcp-server --client cline --config "{}"手动安装
使用紫外线进行安装：
uv tool install pubchem-mcp-server发展：
# Clone and set up development environment
git clone https://github.com/JackKuo666/PubChem-MCP-Server.git
cd PubChem-MCP-Server
# Create and activate virtual environment
uv venv
source .venv/bin/activate
uv pip install -r requirements.txt📊 用法
启动MCP服务器：
python pubchem_server.py服务器运行后，您可以在AI助手或应用程序中使用提供的MCP工具。以下是一些如何使用这些工具的示例：
示例1：按名称搜索化合物
result = await mcp.use_tool("search_pubchem_by_name", {
"name": "aspirin",
"max_results": 3
})
print(result)示例2：使用SMILES符号搜索化合物
result = await mcp.use_tool("search_pubchem_by_smiles", {
"smiles": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O", # Aspirin's SMILES
"max_results": 2
})
print(result)示例3：获取特定化合物的详细信息
result = await mcp.use_tool("get_pubchem_compound_by_cid", {
"cid": 2244 # Aspirin's CID
})
print(result)示例4：使用多个参数执行高级搜索
result = await mcp.use_tool("search_pubchem_advanced", {
"name": "caffeine",
"formula": "C8H10N4O2",
"max_results": 2
})
print(result)这些示例演示了如何使用PubChem MCP Server提供的四个主要工具。根据具体用例的需要调整参数。
🛠 MCP工具
PubChem MCP服务器提供以下工具：
search_pubchem_by_name
使用化合物名称在PubChem上搜索化合物。
参数：
name（str）：化合物名称max_results（int，可选）：返回的最大结果数（默认值：5）
退货： 包含复合信息的词典列表
search_pubchem_by_smiles
使用SMILES字符串在PubChem上搜索化合物。
参数：
smiles（str）：化合物的SMILES符号max_results（int，可选）：返回的最大结果数（默认值：5）
退货： 包含复合信息的词典列表
get_pubchem_compound_by_cid
使用PubChem CID获取化合物的详细信息。
参数：
cid（int）：PubChem化合物ID（CID）
退货： 包含复合信息的词典
search_pubchem_advanced
在PubChem上进行化合物的高级搜索。
参数：
name（str，可选）：化合物的名称smiles（str，可选）：化合物的SMILES表示法formula（str，可选）：分子式cid（int，可选）：PubChem化合物IDmax_results（int，可选）：返回的最大结果数（默认值：5）
退货： 包含复合信息的词典列表
使用Claude Desktop
将此配置添加到您的 claude_desktop_config.json:
（Mac OS）
{
"mcpServers": {
"pubchem": {
"command": "python",
"args": ["-m", "pubchem-mcp-server"]
}
}
}（Windows版本）：
{
"mcpServers": {
"pubchem": {
"command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
"args": [
"-m",
"pubchem-mcp-server"
]
}
}
}与Cline一起使用
{
"mcpServers": {
"pubchem": {
"command": "bash",
"args": [
"-c",
"source /home/YOUR/PATH/mcp-hub/PubChem-MCP-Server/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/mcp-hub/PubChem-MCP-Server/pubchem_server.py"
],
"env": {},
"disabled": false,
"autoApprove": []
}
}
}重新启动Claude Desktop后，将提供以下功能：
搜索化合物
你可以让克劳德使用以下查询来搜索化合物：
Can you search PubChem for information about aspirin?搜索将返回有关匹配化合物的基本信息，包括：
•化合物名称
•CID（PubChem化合物ID）
•分子式
•分子量
获取化合物详细信息
一旦您获得CID，您可以询问更多详细信息：
Can you show me the details for compound with CID 2244?这将返回：
•IUPAC名称
•分子式
•分子量
•微笑符号
•InChI和InChIKey
•物理和化学性质
•同义词
📝 全部
可视化磅
生成并显示化合物的2D或3D可视化。
比较化合物
比较多种化合物的性质和结构。
save_复合
将化合物保存在本地，以便更快地访问。
列表_保存_化合物
列出所有已保存的化合物。
📝 化学提示
服务器将提供专门的提示来帮助分析化合物：
复合分析提示
分析化合物的综合工作流程，只需要化合物ID：
result = await call_prompt("deep-compound-analysis", {
"compound_id": "2244"
})该提示将包括：
- 使用可用工具的详细说明
- 化合物分析的系统工作流程
- 综合分析结构包括：
- 化学结构和性质 - 药理性质 - 生物活性 - 应用和用途 - 安全性和毒性信息 - 相关化合物
📁 项目结构
pubchem_server.py：使用FastMCP的主MCP服务器实现pubchem_search.py：包含用于搜索PubChem的示例代码
🔧 依赖项
- Python 3.10+
- FastMCP
- 异步IO
- 日志记录
- pubchempy（用于PubChem API访问）
- pandas（用于数据处理）
您可以使用以下方式安装所需的依赖关系：
pip install mcp pubchempy pandas🤝 贡献
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📄 许可证
该项目根据MIT许可证获得许可。
⚠️ 免责声明
此工具仅用于研究目的。请尊重PubChem的服务条款，并负责任地使用此工具。