PDB MCP服务器
一种模型上下文协议（MCP）服务器，提供对蛋白质数据库（PDB）的访问，PDB是关于蛋白质、核酸和复杂组件的3D结构的全球信息库。
特性
工具
- 搜索结构：按关键字、蛋白质名称或PDB ID搜索PDB数据库中的蛋白质结构
- get_structure_info：获取特定PDB结构的详细信息
- download_structure：下载各种格式的结构坐标（PDB、mmCIF、mmTF、XML）
- 搜索_by_unibrot：查找与UniProt登录相关的PDB结构
- get_structure_quality：获取结构质量指标和验证数据
资源
- pdb://structure/{pdb_id}：PDB ID的完整结构信息
- pdb://coordinates/{pdb_id}：PDB格式的结构坐标
- pdb://mmcif/{pdb_id}：mmCIF格式的结构数据
- pdb://validation/{pdb_id}：结构验证数据和质量指标
- pdb://ligands/{pdb_id}：配体和结合位点信息
- pdb://search/{查询}：与查询匹配的结构的搜索结果
安装
npm install
npm run build用法
使用克劳德桌面
添加到您的 claude_desktop_config.json:
{
"mcpServers": {
"pdb-server": {
"command": "node",
"args": ["/path/to/pdb-server/build/index.js"]
}
}
}查询示例
- 搜索胰岛素结构:
Use the search_structures tool to find insulin protein structures- 获取特定结构的信息:
Get detailed information about PDB structure 1ABC using get_structure_info- 下载结构坐标:
Download the PDB file for structure 1ABC using download_structure- 寻找UniProt蛋白的结构:
Find PDB structures for UniProt accession P01308 using search_by_uniprot- 检查结构质量:
Get validation metrics for PDB structure 1ABC using get_structure_quality- 直接访问资源:
Show me the resource pdb://structure/1abcAPI集成
此服务器与以下设备集成：
- RCSB PDB REST API (https://data.rcsb.org/)：用于结构元数据和信息
- RCSB PDB搜索API (https://search.rcsb.org/)：用于高级搜索功能
- RCSB PDB文件下载 (https://files.rcsb.org/)：用于结构文件下载
结构数据格式
- 文件：原始蛋白质数据库格式
- 毫米CIF：大分子晶体学信息文件（新标准）
- mmTF：大分子传输格式（二进制，压缩）
- 可扩展置标语言：可扩展标记语言格式
质量指标
服务器提供各种结构质量指标：
- 分辨率（用于X射线晶体学）
- R-功和R-自由值
- Ramachandran图统计
- 冲突得分
- 轮状体异常值
- 模型验证得分
补充服务器
此PDB服务器适用于：
- UniProt MCP服务器：蛋白质序列和功能信息
- AlphaFold MCP服务器：用于预测蛋白质结构
这些共同提供了对蛋白质结构和功能数据的全面访问。
错误处理
该服务器包括强大的错误处理功能，用于：
- PDB ID无效
- 网络连接问题
- API速率限制
- 缺少结构文件
- 请求格式错误
发展
# Install dependencies
npm install
# Build the server
npm run build
# Run in development mode
npm run dev归因
该项目由 增强自然 🌐 网站： 增强自然
引用
如果您在研究或出版物中使用此项目，请按如下方式引用：
author = {Moudather Chelbi},
title = {Protein Data Bank (PDB) MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/PDB-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}