MCP基因实验室服务器
基于美国国家航空航天局数据的基因实验室知识图谱 GeneLab数据存储库，美国国家航空航天局的一部分 开放科学数据库（OSDR），可以与生物医学知识相结合 辐条 （可扩展的精准医学开放知识引擎）知识图。这种整合将航天实验结果与全面的生物学背景联系起来，包括基因、蛋白质、解剖结构、通路和疾病。
SPOKE基因实验室知识的构建与查询
视频
演示
特性
- 自然语言查询：用简单的英语提问-无需编写复杂的图形查询
- 美国国家航空航天局基因实验室查询：在美国国家航空航天局基因实验室知识图谱中询问有关航天实验的问题
- 差异基因表达分析：与地面对照组相比，寻找在太空飞行条件下上调或下调的基因
- DNA甲基化数据：访问航天实验中观察到的表观遗传变化
- 多组织支持：查询多种模型生物的数据，包括小鼠、大鼠和其他用于太空研究的物种
- 组织特异性分析：按特定器官、组织或细胞类型过滤结果
- 生物医学背景整合：将航天基因表达变化与SPOKE的途径、疾病和其他生物学知识联系起来
- 联合查询：将GeneLab的数据与其他Neo4j知识图相结合，进行全面的生物医学分析
- 多种访问方法：通过Claude Desktop、GitHub Copilot的VS Code或通过MCP协议以编程方式使用
- 预配置端点：可随时访问包含GeneLab知识图的本地和远程Neo4j数据库
先决条件
安装MCP服务器之前，请确保：
- 操作系统：macOS、Linux或Windows
- 客户端应用程序：以下之一：
- 带Pro或Max订阅的Claude Desktop - 订阅GitHub Copilot的VS代码内部人员
- Neo4j知识图谱:
- 有关GeneLab KG的本地安装，请参阅 设置 - 用于远程访问GeneLab和SPOKE KG 请求 凭证
安装
Claude Desktop和VS Code Insider的安装说明
快速开始
配置后，您可以通过Claude Desktop或VS Code聊天界面中的自然语言提示开始查询知识图。
选择和配置MCP工具（Claude Desktop）
从顶部菜单栏：
1. Select: Claude->Settings->Connectors
2. Click: Configure for the MCP endpoints you want to use
3. Select Tool permissions: Always allow在提示对话框中，单击 + 按钮：
1. Turn off Web search
2. Toggle MCP services on/off as needed使用@kg_name在聊天中引用特定的知识图（例如@speak genelab）。
要创建聊天记录（见下面的示例），请使用以下提示： Create a chat transcript. 然后可以下载.md或.pdf格式的成绩单。
查询示例
知识图谱概述和类图
下面的每个链接都指向一个聊天记录，该记录演示了如何为给定的Neo4j知识图生成知识图概述和类图。
节点和关系元数据示例
SPOKE基因实验室KG库存
使用MCP工具进行微分表达式分析
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发展
构建和发布（仅限维护人员）
api参考
故障排除
常见问题
MCP服务器未出现在Claude Desktop中：
- 确保您已完全退出并重新启动Claude Desktop（而不仅仅是关闭窗口）
- 检查JSON配置是否有效（将配置文件附加到聊天中，并要求它修复任何错误）
- 验证
uvx已安装并可在PATH中访问
连接错误：
- 验证Neo4j端点URL是否正确且可访问
- 某些端点可能有速率限制或临时停机时间
性能问题：
- 复杂的Cypher查询可能需要时间来执行
- 考虑将复杂的查询分解为更小的部分
- 检查端点的文档以了解查询最佳实践
许可证
此项目根据BSD 3条款许可证获得许可。请参阅 许可证 文件以获取详细信息。
引用
如果您在研究中使用MCP GeneLab，请引用以下作品：
@software{rose2025mcp-genelab,
title={MCP GeneLab Server},
author={Rose, P.W. and Saravia-Butler, A.M. and Nelson, C.A. and Shi, Y. and Baranzini, S.E.},
year={2025},
url={https://github.com/sbl-sdsc/mcp-proto-okn}
}
@software{rose2025spoke-genelab,
title={NASA SPOKE-GeneLab Knowledge Graph},
author={Rose, P.W. and Nelson, C.A. and Saravia-Butler, A.M. and Gebre, S.G. and Soman, K. and Grigorev, K.A. and Sanders, L.M. and Costes, S.V. and Baranzini, S.E.},
year={2025},
url={https://github.com/BaranziniLab/spoke_genelab}
}相关出版物
- Nelson，C.A.，Rose，P.W.，Soman，K.，Sanders，L.M.，Gebre，S.G.，Costes，S.V.，Baranzini，S.E.（2025）。“美国宇航局基因实验室知识图谱结构能够对多组学数据集进行深入的生物医学分析。” *美国国家航空航天局技术报告*, 20250000723. 链接
- Sanders，L.，Costes，S.，Soman，K.，Rose，P.，Nelson，C.，Sawyer，A.，Gebre，S.，Baranzini，S.（2024）。“空间生物学知识获取的生物医学知识图谱能力。” *第45届空间研委会科学大会*2024年7月13日至21日。 链接
致谢
资金
这项工作部分得到了以下方面的支持：
- 国家科学基金会 奖项 #2333819“Proto OKN主题1：通过SPOKE知识图谱连接地球和太空的生物医学信息”
相关项目
- Proto OKN项目 -原型开放知识网络倡议
- 美国国家航空航天局开放科学数据库（OSDR） -多模态空间生命科学数据库
- 美国国家航空航天局基因实验室数据库 -用于创建GeneLab KG的GeneLab数据存储库
- 好吧，基因实验室kg -用于创建GeneLab KG的Git仓库
- 模型上下文协议 -AI助手集成标准
- 原始Neo4j Cypher MCP服务器 -基础实施参考
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*如有疑问、问题或意见，请访问我们的 .*