Isabl Skills

🧬🤖 Isall MCP服务器

_谈谈你的基因组学数据。MCP服务器+知识库 伊莎贝尔。 平台。_

\[！提示\] 👋 Isabl新手？Isabl是 免费使用 研究和学院。 🔐 [在此处请求访问]() 📖 查看文档

安装

克劳德代码

/plugin marketplace add juanesarango/isabl-mcp
/plugin install isabl

安装MCP服务器（11个工具）+8个指导技能 /isabl-* 斜线命令（类型 /isabl 查看全部）。凭据是从以下位置自动发现的 ~/.isabl/settings.json仅适用于MCP（无技能）： claude mcp add isabl -- uvx isabl-mcp.

光标

单击上面的徽章，或添加到 .cursor/mcp.json:

{
  "mcpServers": {
    "isabl": {
      "command": "uvx",
      "args": ["isabl-mcp"],
      "env": {
        "ISABL_API_URL": "https://your-isabl-instance.com/api/v1/",
        "ISABL_API_TOKEN": "your-token"
      }
    }
  }
}

法典

添加 ~/.codex/config.toml:

[mcp_servers.isabl]
command = "uvx"
args = ["isabl-mcp"]
env = { "ISABL_API_URL" = "https://your-isabl-instance.com/api/v1/", "ISABL_API_TOKEN" = "your-token" }

其他MCP客户端

uvx isabl-mcp        # run directly, no install needed
pip install isabl-mcp # or install globally

适用于任何兼容MCP的客户端（Windsurf、Zed、Claude Desktop等）。

\[！提示\] 您可以直接通过以下方式使用Isabl MCP 背景7

包含什么

凭证

服务器自动从中查找您的API URL和令牌 ~/.isabl/settings.json （由创建 isabl_cli login).如果您已经登录，则不需要env变量。

您还可以显式设置它们：

export ISABL_API_URL="https://your-isabl-instance.com/api/v1/"
export ISABL_API_TOKEN="your-token"

环境变量始终优先于设置文件。

我能问什么？

“显示项目102中所有失败的分析”

“我们对患者ISB_H000001进行了多少次WGS实验？”

“分析12345失败。显示错误日志并帮助我找出问题所在”

“从项目102中所有成功的MUTECT分析中获取VCF文件路径”

“如何编写新的配对肿瘤正常应用程序？”

“给我一个项目102的总结”

工具（11）

技能（8）——仅限克劳德代码

技能由多步骤工作流程指导，可用 /isabl-* 斜线命令。插件安装时自动包含。

运作原理

You (plain English) → AI Assistant → MCP Server → Isabl API → Your data
                                  |
                                  └→ Knowledge Base → Platform docs & code

AI助手使用MCP工具实时查询您的Isabl实例，并使用内置知识库了解Isabl概念、API模式和最佳实践。

知识树

该知识库由从Isabl的源代码、文档和API规范中提取的347个文档构建而成。浏览交互式可视化：

探索知识树→

配置

示例用法

查询示例

1. 具有所需输出格式的常见查询：

1. 多步骤查询：

1. 帮助编写Isabl应用程序：

示例命令

浏览可用命令： /isabl

/isabl:isabl-monitor-analyses check the status of RNA apps in project 455

发展

cd mcp-server
uv sync --dev
uv run pytest
uv run ruff check isabl_mcp/  # lint
uv run mcp dev isabl_mcp/server.py  # test with MCP Inspector
uv run isabl-mcp           # start server locally

贡献

1. 在中添加工具 mcp-server/isabl_mcp/tools/，注册 server.py，添加测试
2. 添加技能 skills/isabl-*.md （YAML frontmatter+工作流程步骤）
3. 使用 ruff 对于linting，键入Python提示
4. 提交PR

相关

• Isabl文档
• L cli --Python SDK
• ISAIL论文。

许可证

麻省理工学院