Cytoscape Desktop MCP

Cytoscape MCP服务器

嵌入式 模型上下文协议（MCP） 服务器 Cytoscape桌面，打包为Cytoscape应用程序。Claude Desktop等AI客户端通过HTTP连接到Cytoscape，并调用直接控制桌面应用程序的工具——加载网络、设置活动视图等。

注： 这个应用程序是实验性的。界面和可用工具可能会发生变化。

建筑

运作原理

安装后，该应用程序在Cytoscape现有的CyREST HTTP服务器内发布一个MCP端点——AI客户端通过Streamable HTTP传输连接到MCP端点，并调用驱动Cytoscape桌面显示活动的MCP工具。

该应用程序还为Cytoscape桌面UI添加了两个视觉指示器：

MCP工具栏按钮

大胆的 主控程序 左下角状态栏中的按钮。当MCP服务器正在运行时，标签为绿色，当它没有运行时，则为红色。单击它将打开“代理配置”对话框，其中显示所有受支持代理的完整MCP url和连接说明。

任务历史记录条目

每次MCP工具调用都记录在Cytoscape的任务历史面板中(查看>显示任务历史记录)，因此您可以确切地看到代理调用了哪些工具以及何时调用。

AI Agent──► HTTP──► http://localhost:{rest.port}/mcp ──► Cytoscape Desktop
                                                               └── load network from NDEx or file
                                                               └── get loaded network views
                                                               └── set current network view
                                                               └── create network view

需求

• 细胞景观 3.10或以上
• 互联网连接（用于从以下位置加载网络 NDEx)
• 一个兼容MCP的AI客户端，也支持流式HTTP传输（不是SSE，SSE是 自2025年2月起已弃用)（例如克劳德桌面）

试试看！

获取mcp应用程序jar：

• 下载最新 cytoscape-mcp-.jar 从 发布 页面。
• 或 构建 罐子

Cytoscape桌面安装

1. 打开Cytoscape桌面。
2. 导航至 应用程序>应用程序管理器>从文件安装.
3. 选择MCP App JAR的文件路径，并在出现提示时重新启动Cytoscape。

启动后，可以通过查看MCP状态 MCP按钮 在状态栏中。

将代理连接到Cytoscape桌面MCP

看 docs/AgentConfiguration.md 有关Claude Desktop、Claude Code、GitHub Copilot（VS Code）、GitHub Copiot CLI和OpenAI Codex CLI的分步设置说明。

Cytoscape桌面MCP诊断

• 大多数代理商都会有 /mcp 命令或UI设置面板将显示与MCP服务器的连接状态以及此服务器当前发布的工具列表，请检查它是否表示为“已连接”。
• 检查MCP运行状况端点

  curl http://localhost:{rest.port}/mcp/health

替换 {rest.port} 使用Cytoscape的CyREST端口（如代理配置对话框所示）。你应该看看 {"status":"ok","transport":"mcp-streamable-http"}“连接被拒绝”错误表示Cytoscape未运行或端口错误。

• 对运行在以下位置的桌面MCP服务器使用外部MCP自检工具 http://localhost:{rest.port}/mcp 验证或查看当前工具目录- 模型上下文协议/检查器

从源头构建

如果你想直接从源代码构建应用程序jar，而不是使用发布jar。

要求：

• Java 17使用JDK
• Git
• 制造

git clone https://github.com/idekerlab/cytoscape-mcp
cd cytoscape-mcp
make install

JAR是在 build/libs/cytoscape-mcp-.jar.

有关构建目标的完整列表：

make help

Cytoscape桌面MCP工具目录

MCP服务器为服务器上注册的每个工具提供了一个人类可读的目录，格式为Markdown，并为每个工具的输入和输出提供了完整的MCP协议JSON模式定义。您可以通过多个选项获取目录：

• 当应用程序加载到Desktop中时，MCP服务器在运行时会公开 /mcp/manifest 可以通过浏览器或命令行检索的端点

curl http://localhost:{rest.port}/mcp/manifest

• 在任何本地构建之后， make build 将根据当前代码将MCP清单生成到静态文件中 build/generated/manifest/MCPManifest.md 同一审查。
• 目录的静态副本也存储在repo中 MCPManifest.md

从代理提示激活Cytoscape桌面MCP工具：

调用这些工具需要一些及时的工程来提供关键字或短语，这些关键字或短语将激活LLM来选择工具的使用。结账 MCPManifest.md 其中包含每个工具描述中的3到4个提示片段示例，作为如何触发LLM激活的参考。

• 一个简单提示的示例，它将引导LLM对可用工具进行整体推理，并将它们作为构建块按顺序使用，以达到请求的最终结果：

   > open a network using cytoscape desktop

Cytoscape桌面MCP配置属性

属性在运行时可通过以下方式编辑 编辑>首选项>属性>细胞间隙蛋白:

文档

完整文档见 docs/ 目录：

• 代理配置 --连接Claude Desktop、Claude Code、GitHub Copilot、Codex CLI等
• 用户手册 --配置参考和可用工具
• 教程 --端到端演练：安装、连接、加载网络
• 常见问题解答 --常见问题和故障排除

版权和许可

点击此处

致谢

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