Bio MCP Amber

bio-mcp琥珀色

用于PDB弛豫的AMBER分子动力学套件的MCP（模型上下文协议）服务器。

概述

此MCP服务器提供对AMBER功能的访问，允许AI助手执行分子动力学模拟和PDB结构松弛。

特性

• PDB结构弛豫和能量最小化
• 蛋白质结构的分子动力学模拟
• 文件大小限制和超时保护
• 临时文件管理
• 异步执行，并进行适当的错误处理

安装

使用pip

pip install bio-mcp-amber

来源

git clone https://github.com/bio-mcp/bio-mcp-amber
cd bio-mcp-amber
pip install -e .

配置

通过在配置中添加以下内容来配置您的MCP客户端（例如Claude Desktop）：

{
  "mcp-servers": {
    "bio-amber": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "bio_mcp_amber"]
    }
  }
}

环境变量

• BIO_MCP_MAX_FILE_SIZE：最大输入文件大小（默认值：100MB）
• BIO_MCP_TIMEOUT：命令超时（秒）（默认值：300）
• BIO_MCP_AMBER_PATH：琥珀色可执行文件的路径
• BIO_MCP_PMEMD_PATH：pmemd可执行文件的路径（GPU加速版本）

用法

配置后，AI助手可以使用以下工具：

amber_relax_pdb

使用AMBER对PDB结构进行能量最小化和弛豫。

参数：

• input_file （必填）：输入PDB文件的路径
• force_field （可选）：要使用的强制字段（默认值：ff19SB）
• steps （可选）：最小化步骤数（默认值：10000）
• restraints （可选）：对骨架原子施加位置约束

例子：

Relax structure.pdb using AMBER with ff19SB force field and 10000 minimization steps

发展

运行测试

pytest tests/

构建Docker镜像

docker build -t bio-mcp-amber .

许可证

MIT许可证