非官方STRING MCP服务器
用于访问STRING蛋白质相互作用数据库的综合模型上下文协议（MCP）服务器。该服务器通过STRING API为蛋白质网络分析、功能丰富和比较基因组学提供强大的工具。
特性
工具（6个综合工具）
- 获取蛋白质交互：根据置信度得分和证据类型，为特定蛋白质寻找直接的互动伙伴
- get_interaction_network：构建和分析多种蛋白质的蛋白质相互作用网络
- get_functional_richment：使用GO术语、KEGG通路和其他注释进行功能富集分析
- 获取蛋白质注释：获取详细的蛋白质注释和功能信息
- 查找日志：查找不同物种的同源蛋白进行比较分析
- 搜索_蛋白质：在多个物种中按名称或标识符搜索蛋白质
资源（6个资源模板）
- string://network/{蛋白质类}：特定蛋白质的蛋白质相互作用网络数据
- string://enrichment/{蛋白质类}：蛋白质组的功能富集分析结果
- string://interactions/{protein_id}：特定蛋白质的直接相互作用伙伴
- string://homologs/{protein_id}：不同物种的同源蛋白
- string://annotations/{protein_id}：详细的蛋白质注释和功能信息
- string://species/{taxon_id}：物种特定数据和蛋白质计数
安装
npm install
npm run build用法
使用克劳德桌面
添加到您的 claude_desktop_config.json:
{
"mcpServers": {
"string-server": {
"command": "node",
"args": ["/path/to/string-server/build/index.js"]
}
}
}查询示例
- 寻找蛋白质相互作用:
Get interaction partners for insulin (INS) using get_protein_interactions- 构建蛋白质网络:
Build an interaction network for insulin signaling proteins: INS, INSR, IRS1, AKT1 using get_interaction_network- 功能富集分析:
Perform functional enrichment analysis on these diabetes-related proteins: INS, INSR, IRS1, GLUT4, AKT1- 查找蛋白质同源物:
Find homologs of human insulin (INS) in mouse and rat using find_homologs- 寻找蛋白质:
Search for insulin-related proteins using search_proteins with query "insulin"- 获取蛋白质注释:
Get detailed annotations for insulin receptor pathway proteins using get_protein_annotations- 直接访问资源:
Show me the resource string://network/INS,INSR,IRS1API集成
此服务器与 STRING数据库API (https://string-db.org/):
- 字符串REST API：用于蛋白质相互作用数据、注释和同源性信息
- 多物种支持：支持5000多种生物
- 证据类型：邻域、融合、共生、共表达、实验、数据库、文本挖掘
- 信心评分：交互信心得分在0-1000之间
主要特点
蛋白质相互作用分析
- 直接互动：寻找即时互动伙伴
- 网络建设：建立全面的互动网络
- 证据分类：7种交互证据
- 信心评分：定量交互信心
功能分析
- GO富集：基因本体术语丰富
- KEGG通路：代谢和信号通路分析
- 自定义背景：使用自定义蛋白质集作为背景
- 统计显著性：P值和FDR校正
比较基因组学
- 跨物种分析：在生物体内寻找同源物
- 进化关系：分析蛋白质进化
- 物种过滤：关注特定的分类群
- 矫形器识别：区分直系同源物和旁系同源物
网络属性
- 拓扑分析：网络密度、集群、连接性
- 集线器标识：寻找高度连接的蛋白质
- 模块检测：识别蛋白质复合物和模块
- 路径分析：找到蛋白质之间的最短路径
补充服务器
此STRING服务器与以下设备配合使用效果极佳：
- UniProt MCP服务器：用于蛋白质序列和详细的功能注释
- PDB MCP服务器：用于蛋白质结构和结构分析
- AlphaFold MCP服务器：用于预测蛋白质结构
这些共同提供了全面的蛋白质分析： 序列→ 结构→ 交互→ 函数
数据质量与验证
- 整理数据：STRING将精心策划的数据库与计算预测相结合
- 证据整合：使用概率框架组合多种证据类型
- 定期更新：数据库定期更新新的实验数据
- 质量分数：每个交互都有相关的置信度得分
错误处理
该服务器包括强大的错误处理功能，用于：
- 蛋白质标识符无效
- 网络连接问题
- API速率限制
- 物种验证
- 参数验证
- 请求格式错误
发展
# Install dependencies
npm install
# Build the server
npm run build
# Run in development mode
npm run dev归因
该项目由 增强自然 🌐 网站： 增强自然
关于STRING数据库STRING是一个已知和预测的蛋白质相互作用数据库。相互作用包括直接（物理）和间接（功能）关联；它们源于计算预测、生物体之间的知识转移以及从其他（主要）数据库聚合的相互作用。
引用
如果您在研究或出版物中使用此项目，请按如下方式引用：
author = {Moudather Chelbi},
title = {STRING DB MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/STRING-db-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}