系統性文獻回顧
適用：新研究專案 | Introduction 前調查 | 系統性回顧 | PICO 臨床問題 不適用：快速查一篇 → 直接 search_literature | 只需整理 → format_references
工具速查
pubmed-search MCP
| 類別 | 工具 | 說明 |
|---|
| 搜尋 | search_literature | 基本 PubMed 搜尋 |
| generate_search_queries | MeSH + 同義詞材料 |
| parse_pico | 解析 PICO 臨床問題 |
| merge_search_results | 合併去重 |
| 探索 | find_related_articles / find_citing_articles / get_article_references | 引用網路 |
| get_citation_metrics | iCite RCR 排序 |
| 全文 | get_fulltext(pmcid) | 取得 OA 全文 |
| analyze_fulltext_access(pmids) | 確認 OA 狀態 |
| Session | get_session_pmids / get_session_summary | 取回搜尋結果 |
| 匯出 | prepare_export | RIS/BibTeX |
asset-aware-mcp（全文解析）
| 類別 | 工具 | 說明 |
|---|
| 解析 | ingest_documents(file_paths) | PDF 結構化解析（雙引擎） |
| parse_pdf_structure(file_path) | Marker 高精度解析 |
| 狀態 | get_job_status(job_id) | 追蹤非同步處理進度 |
| 瀏覽 | inspect_document_manifest(doc_id) | 取得完整資產清單 |
| list_section_tree(doc_id) | 文件章節結構 |
| 提取 | get_section_content(doc_id, section_path) | 取得特定段落內容 |
| fetch_document_asset(doc_id, asset_type, asset_id) | 取得圖表等資產 |
| 知識圖 | consult_knowledge_graph(query) | 跨文獻 RAG 查詢 |
mdpaper 儲存文獻
| 方法 | 說明 |
|---|
save_reference_mcp(pmid) ✅ | 永遠優先 MCP-to-MCP 驗證 |
save_reference(article) ⚠️ | FALLBACK 僅 API 不可用 |
工作流
- 環境準備 —
project_action(action="current") + 讀 .memory/activeContext.md - 搜尋策略 — 一般主題：
generate_search_queries(topic) → PICO 問題：parse_pico() → 並行 generate_search_queries() 各元素 - 並行搜尋 — 多組
search_literature() 同時呼叫 → merge_search_results() - 評估擴展 — <20 篇
expand_search_queries() | 引用網路 find_citing/related/references | get_citation_metrics(sort_by="relative_citation_ratio") - 篩選儲存 — 呈現清單（標題/年份/期刊/RCR）→
save_reference_mcp(pmid) - 全文閱讀 ⭐ — 對每篇已儲存文獻： a.
analyze_fulltext_access(pmids) → 確認哪些有全文可取得 b. 有全文者：get_fulltext(pmcid) 或下載 PDF → asset-aware ingest_documents(file_paths) → get_job_status() → inspect_document_manifest() → get_section_content(doc_id, "Methods") / get_section_content(doc_id, "Results") c. 無全文者：在 metadata.json 記錄 fulltext_ingested: false + 原因 d. 產出 references/fulltext-ingestion-status.md 彙總表 e. 原則：未讀全文的文獻，後續寫作僅能引用 abstract 結論，不可引用具體方法或數據 - Subagent 分析 ⭐⭐ — 每篇論文由獨立 subagent 完成結構化分析（防止 context 汙染）： a.
get_reference_for_analysis(pmid) → 取得該文獻的結構化全文包（abstract + fulltext，≤30K char） b. runSubagent 啟動獨立 subagent，prompt 必須包含：
- 步驟 a 的完整全文內容 - 分析任務：撰寫結構化摘要、評估方法學品質、列出關鍵發現與限制、判斷可用於文章 Introduction/Methods/Results/Discussion 哪些段落 - 指示 subagent 最後呼叫 save_reference_analysis(pmid, summary, methodology, key_findings, limitations, usage_sections, relevance_score) c. Subagent 完成後：analysis.json 已寫入 reference 目錄，metadata 標記 analysis_completed: true d. 原則：主 Agent 後續寫作只使用 analysis_summary，不再重讀全文 e. Gate：所有引用的文獻必須通過分析（Pipeline Gate Phase 2.1 + Hook C10 強制檢查）
- 匯出 —
format_references() + prepare_export(format="ris") - 更新記憶 — 寫
.memory/activeContext.md（進度 + 關鍵文獻 + 全文閱讀狀態 + 分析狀態 + 觀察筆記）
決策點
| 時機 | 選擇 |
|---|
| 建立專案 or 探索？ | 先探索熟悉文獻 |
| 關鍵字 or PICO？ | 比較性問題用 PICO |
| 結果數量 | 50-300 繼續，<20 擴展，>500 限縮 |
| 篩選方式 | <30 逐篇，>30 用 RCR 排序 |
