研究检索需要联网clawhub未标认证来源可访问clear审计通过

gromacs-skills（格罗马克技能）

Agent Skill

gromacs-skills 用于查找、检索和筛选相关信息，适合在 OpenClaw 中需要根据关键词、任务场景或来源线索快速定位候选结果时使用。可结合来源仓库、安装命令和原始 README 继续核验具体用法。安装前建议确认权限范围、维护状态，以及是否会触发联网、命令执行或文件读写。

总安装

6,612

周安装

284

GitHub Stars

下载量

2,317

OpenClaw

安装说明

本站只整理中文说明和来源信息，不托管安装包，也不代用户安装。

GitHub

来源数

许可证

MIT-0

最后核验

2026-05-01

来源状态

来源可访问

安装方式

通过对话安装

复制提示词发给支持本地命令或 Skills 的 AI 助手，先确认命令和权限，再让它执行。

请帮我安装这个 Agent Skill：gromacs-skills（格罗马克技能）
来源仓库：https://github.com/charleshahn/gromacs-skills
安装命令：
openclaw skills install gromacs-skills
安装前请先检查当前环境是否支持对应 CLI，并向我确认将要执行的命令、安装目录、联网范围和文件读写权限；确认后再执行。

命令行安装

复制命令到本机终端执行。该命令会通过 OpenClaw 从第三方来源获取 Skill；本站只展示命令，不托管安装包，也不自动执行。

ClawHubOpenClaw

openclaw skills install gromacs-skills

简介

汇总 GROMACS 分子动力学软件常用命令与参数说明，覆盖拓扑处理至轨迹分析。

适合在 OpenClaw 中需要执行 MD 模拟但记不清语法或选项时使用。
通过 clawhub 安装，安装命令为 openclaw skills install gromacs-skills，按功能模块分类组织。
使用前应核对软件版本差异，部分参数在不同版本中可能存在变动。
建议先在测试系统验证命令有效性，再应用于正式计算任务。

SKILL.md

name: gromacs-skills
description: GROMACS 分子动力学模拟软件命令参考。当 Agent 需要执行 GROMACS 命令但不清楚用法时调用。功能覆盖：(1) 拓扑与结构处理 - pdb2gmx、editconf、solvate、insert-molecules、genrestr；(2) 模拟设置与运行 - grompp、mdrun；(3) 轨迹处理 - trjconv（PBC修正、格式转换）、trjcat（轨迹拼接）；(4) 能量分析 - energy、eneconv、bar；(5) 轨迹分析 - rms、rmsf、gyrate、hbond、distance、angle、dihedral、sasa、cluster、mindist；(6) 结构分析 - covar、anaeig（PCA）、mdmat、sham（FEL）；(7) 索引与选择 - make_ndx、select、genion；(8) 工具 - xpm2ps、check、wham。强调优先使用 gmx <command> -h 查看本地帮助。

GROMACS

重要：始终先查看本地帮助 GROMACS 版本差异可能导致参数不同。务必先运行 gmx <command> -h 获取该命令最准确的参数信息。

GROMACS 是分子动力学模拟软件包，可模拟从几百到数百万粒子的系统。本技能提供 GROMACS 命令参考和工作流指南。

快速入门

检查版本

gmx --version

记录版本号以便查阅对应文档。

获取帮助

优先级 1：本地帮助（最快、版本匹配）

gmx <command> -h

优先级 2：在线文档（详细、官方）

# 带版本号搜索
web_search: "site:manual.gromacs.org gmx <command> <version>"
# 示例: "site:manual.gromacs.org gmx rms 2024.3"

命令分类

分类	主要命令	说明
拓扑与结构	`pdb2gmx`, `editconf`, `solvate`, `insert-molecules`, `genrestr`	生成拓扑、定义盒子、添加溶剂
模拟设置	`grompp`, `mdrun`	生成运行文件、执行模拟
能量分析	`energy`, `eneconv`, `bar`	提取能量、自由能计算
轨迹分析	`rms`, `rmsf`, `gyrate`, `hbond`, `distance`, `angle`, `dihedral`, `cluster`, `mindist`, `sasa`, `principal`, `do_dssp`	RMSD/RMSF、氢键、距离、二级结构等
结构分析	`covar`, `anaeig`, `mdmat`, `sham`, `order`, `rotacf`, `dielectric`	PCA、距离矩阵、自由能景观
轨迹处理	`trjconv`, `trjcat`, `trjorder`, `dump`	格式转换、PBC 修正、轨迹拼接
索引与选择	`make_ndx`, `select`, `genion`	创建索引组、选择原子、添加离子
工具	`xpm2ps`, `x2top`, `check`, `wham`, `tune_pme`	格式转换、检查文件、WHAM 分析

完整命令说明请参阅 command-categories.md。

常用参数

输入输出

参数	说明
`-f INPUT`	输入轨迹/结构文件
`-s TOPOLOGY`	输入拓扑文件（.tpr）
`-n INDEX`	输入索引文件（.ndx）
`-o OUTPUT`	输出文件
`-deffnm BASENAME`	默认文件名前缀

时间选择

参数	说明
`-b TIME`	起始时间（ps）
`-e TIME`	结束时间（ps）
`-dt TIME`	时间步长（ps）

轨迹处理

参数	说明
`-pbc TYPE`	PBC 处理（none, mol, atom, com, nojump）
`-center`	居中坐标
`-fit TYPE`	拟合轨迹（none, rot+trans 等）

性能参数

参数	说明
`-nt NUMBER`	线程数
`-ntomp NUMBER`	OpenMP 线程数
`-nb TYPE`	邻居搜索（cpu, gpu）

完整参数说明请参阅 common-parameters.md。

如何使用 GROMACS 命令

核心原则：始终先查看本地帮助

# 查看命令帮助
gmx <command> -h

# 示例
gmx rms -h
gmx trjconv -h
gmx energy -h

本地帮助提供：

完整参数列表
默认值说明
输入/输出文件要求
使用示例

在线文档查询（本地帮助不够时）：

# 带版本号搜索官方文档
web_search: "site:manual.gromacs.org gmx <command> <version>"
# 示例: "site:manual.gromacs.org gmx rms 2024.3"

文件格式

输入格式

格式	说明
`.pdb`	Protein Data Bank 格式
`.gro`	GROMACS 坐标格式
`.tpr`	GROMACS 运行输入文件（拓扑+参数）
`.xtc`	压缩轨迹（有损，适合长模拟）
`.trr`	全精度轨迹
`.ndx`	索引文件（原子组）
`.mdp`	分子动力学参数文件
`.top`	拓扑文件

输出格式

格式	说明
`.xvg`	Grace/XVG 图表格式（时间序列数据）
`.xpm`	像素图格式（矩阵、热图）
`.edr`	能量文件（二进制）
`.log`	日志文件
`.cpt`	检查点文件（用于续算）

版本兼容性

不同 GROMACS 版本可能有参数差异：

.tpr 文件不兼容不同主版本
升级版本后需重新生成 .tpr 文件
始终检查 .mdp 参数是否有效
版本差异请查询官方文档：site:manual.gromacs.org <version>

与 DuIvyTools 配合

GROMACS 输出文件可使用 DuIvyTools 可视化：

.xvg 文件：RMSD、RMSF、能量、氢键等时间序列数据
.xpm 文件：DCCM、FEL、DSSP 等矩阵数据

使用 duivytools-skills 技能进行可视化：

# 可视化 RMSD
dit xvg_show -f rmsd.xvg -x "Time (ns)" -y "RMSD (nm)"

# 可视化 DCCM
dit xpm_show -f dccm.xpm -cmap coolwarm -zmin -1 -zmax 1

# 可视化自由能景观
dit xpm_show -f fel.xpm -m 3d -eg plotly

性能优化

并行执行

# OpenMP（多线程）
gmx mdrun -nt 4 -s topol.tpr -deffnm md

# MPI（多节点）
mpirun -np 4 gmx_mpi mdrun -s topol.tpr -deffnm md

# 混合 MPI+OpenMP
mpirun -np 2 gmx_mpi mdrun -ntomp 2 -s topol.tpr -deffnm md

GPU 加速

# GPU 用于非键相互作用
gmx mdrun -ntomp 4 -nb gpu -s topol.tpr -deffnm md

# GPU 用于更新
gmx mdrun -ntomp 4 -nb gpu -update gpu -s topol.tpr -deffnm md

常见问题

"Fatal error: No such group"：索引组未找到

解决方案：使用 make_ndx 创建正确的索引文件

"Fatal error: Domain decomposition error"：并行设置问题

解决方案：调整 MPI 进程数或域分解参数

"Fatal error: Number of coordinates does not match topology"：文件不匹配

解决方案：重新生成拓扑或坐标文件

最佳实践

使用前检查版本
优先使用本地帮助获取准确参数
大模拟前先在小系统测试
生产运行时监控能量守恒
修改前备份文件
记录所有参数以便复现
使用 DuIvyTools 进行可视化分析

重要安全提示

Production Run（生产运行） Agent 不应主动执行 mdrun 生产运行。正确的做法是： - 生成运行脚本（如 run.sh）供用户执行 - 脚本应包含完整的运行命令和参数 - 让用户在合适的计算环境中自行运行示例脚本： ``bash #!/bin/bash # run_md.sh - 生产运行脚本 gmx mdrun -s md.tpr -deffnm md -ntomp 4 -nb gpu `` Agent 可以执行的操作： - ✅ 能量最小化（短时间） - ✅ NVT/NPT 平衡（短时间） - ✅ 分析命令（rms, rmsf, hbond 等） - ✅ 轨迹处理（trjconv） - ❌ 长时间生产运行（应由用户执行）

参考文档

command-categories.md - 完整命令列表和说明
common-parameters.md - 常用参数详解

适合场景

OpenClaw 用户查找和安装 Skill 时

用户想查找某类 Agent Skill 时

需要根据任务场景推荐可安装能力包时

需要对比不同来源的安装命令和来源信息时

能力概览

能力 1

按任务关键词查找相关 Skills

能力 2

展示可复制的安装命令

能力 3

保留来源站点、仓库和原始说明，方便继续核验

能力 4

补充不同宿主或平台的使用分布数据

能力 5

展示第三方安全扫描或审计结果

安装后应在对应宿主中按原始 README 的触发条件使用；具体调用方式请以来源页面和 README 为准。

平台分布

OpenClaw

88.95%

按下载量换算2,061

安全审计

VirusTotal

通过

ClawScan

通过

Static analysis

通过

权限和风险

需要联网

该 Skill 可能需要联网访问来源站点、仓库或外部 API；具体网络访问范围需要结合源码和 README 复核。

安装前确认

本站仅展示第三方公开信息，不托管安装包，不提供自动安装或运行环境。安装前应自行审查源码、依赖和命令行为。当前只有一个来源，正式发布前建议补源仓库或其他目录站核验。

来源信息

GitHub 仓库

github.com

/charleshahn/gromacs-skills

SKILL.md 来源

clawhub.ai