草稿撰寫技能
觸發：寫草稿、draft、section、引用、citation、字數、patch、寫作順序
前置條件
project_action(action="current")確認專案- concept.md 存在且 🔒 區塊非空（寫 concept.md 本身除外）
MCP Tools
撰寫
| 工具 | 說明 |
|---|---|
write_draft | 建立/覆寫草稿（filename, content, project） |
draft_section | 根據 notes 產出 section（topic, notes） |
read_draft | 讀取草稿 |
list_drafts | 列出所有草稿 |
check_writing_order | ⭐ 檢查寫作順序與進度（advisory, 不阻止） |
引用（⚠️ 修改引用必須用 patch_draft，禁止 replace_string_in_file）
| 工具 | 說明 |
|---|---|
get_available_citations | ⚠️ 編輯前必呼叫！列出可用 [[citation_key]] |
patch_draft | 部分編輯草稿，自動驗證 wikilinks |
insert_citation | 定點插入引用（filename, target_text, pmid） |
sync_references | 掃描 [[wikilinks]] 生成 References |
count_words | 計算字數 |
patch_draft vs replace_string_in_file：patch_draft 驗證引用、自動修復格式、拒絕不存在的引用。
自動快照（CONSTITUTION §22 Auditable）
所有草稿寫入路徑（write_draft、patch_draft、insert_citation、create_draft）在覆寫前自動建立快照，儲存於 drafts/.snapshots/。
- 最多保留 20 個快照/檔案，自動清理
- 不依賴 git 或 agent 合作，純粹在寫入路徑中觸發
- 使用
DraftSnapshotManager（infrastructure/persistence/）
寫作順序（Advisory）
| Paper Type | 順序 |
|---|---|
| original-research | Methods → Results → Introduction → Discussion → Conclusion → Abstract |
| systematic-review | Methods → Results → Discussion → Introduction → Conclusion → Abstract |
| case-report | Case Presentation → Discussion → Introduction → Conclusion → Abstract |
| review-article | Introduction → Body → Conclusion → Abstract |
前置：Results 需 Methods、Discussion 需 Results+Intro、Conclusion 需 Discussion、Abstract 需全部。 check_writing_order() 產生警告，不阻止。警告出現時詢問用戶是否繼續。
Flow A: 撰寫新 Section
check_writing_order()→ 確認前置validate_for_section(section)→ ✅/❌read_draft("concept.md")→ 提取 🔒 NOVELTY + 🔒 SELLING POINTS- 參考下方 Section 指南撰寫
count_words()pipeline_action(action="approve_section", section=section, decision="approve|revise")→ 用戶審閱 approve/revise（Phase 5 時 MANDATORY）
Flow B: Citation-Aware 編輯
get_available_citations()→ 取得可用 citation keyspatch_draft(filename, old_text, new_text)→ 自動驗證 wikilinkssync_references(filename)→ 生成 References
🔒 受保護內容
- Introduction 開頭/結尾必須呼應 🔒 NOVELTY
- Discussion 必須逐條強調 🔒 SELLING POINTS
- 不可刪除或弱化 🔒 區塊。修改前必須詢問用戶
Section 寫作指南
以下每條指南都有對應的 Code-Enforced Hook（B9-B16），run_quality_checks(action="writing_hooks") 會自動檢查。Introduction (400-600 words)
結構（Funnel Model — Hook B12 自動偵測）：
- Broad Context (1-2 段)：臨床問題的重要性與盛行率，用具體數字（發生率、死亡率）
- Evidence Base (1-2 段)：目前文獻的發現，必須有
[[wikilinks]]引用 - Knowledge Gap (1 段)：先前研究的不足之處→ 對應 🔒 NOVELTY
- Study Objective (最後一段)：「This study aimed to...」或「We sought to...」
時態（Hook B9）：
- 已確立的事實 → 現在式（「Diabetes is characterized by...」）
- 先前研究的結果 → 過去式（「Smith et al. reported that...」）
禁止事項：
- 🚫 "In recent years..." / "With the rapid development of..."
- 🚫 每段開頭用 "Furthermore" / "Moreover" / "Additionally"
- 🚫 在 Introduction 透露自己的 Results（Hook B12 CRITICAL）
- 🚫 過多 hedging：「may potentially suggest...」（Hook B15）
Checklist（Agent 自行確認）：
- 第一段有具體流行病學數字
- 有 ≥3 個引用支持 Evidence Base
- Knowledge Gap 用轉折語（however, nevertheless, yet）
- 最後一段明確陳述研究目的
Methods (800-1200 words)
結構：
- Study Design & Setting：研究類型、單/多中心、時間範圍
- Participants：納入/排除標準、年齡、母群體
- Intervention / Exposure：介入描述或暴露定義
- Outcomes：Primary + Secondary endpoints，明確定義
- Statistical Analysis：分析方法、軟體版本、顯著性標準
時態（Hook B9 CRITICAL）：
- 所有描述必須用過去式（「We enrolled...」「Data were collected...」）
- 🚫 禁止用現在式描述已完成的方法步驟
倫理聲明（Hook B14 CRITICAL）：
- ✅ 必須包含 IRB / Ethics committee approval + 核准編號
- ✅ 必須包含 Informed consent statement（或 waiver 說明）
- ✅ 如為介入研究：必須包含 Trial registration number (e.g., NCT12345678)
統計報告規範（Hook B8 / B16）：
- 必須在 Methods 中預先列出 Results 中所有用到的統計方法
- Events 應能對應到 Methods 中的 Outcomes 定義
Checklist：
- 研究設計一開始就聲明
- 納入排除標準明確列出
- 統計方法對應所有結果變量
- 倫理聲明 + Informed consent 存在
- 如 RCT：有 randomization 和 allocation concealment 描述
Results (600-1000 words)
結構：
- Participant Flow：篩選→納入→分析的人數（搭配 CONSORT 流程圖）
- Baseline Characteristics：Table 1 描述，組間比較
- Primary Outcome：主要結果 + 效果量 + 95% CI + p-value
- Secondary Outcomes：次要結果分組報告
- Adverse Events / Safety：如適用
時態（Hook B9 CRITICAL）：
- 所有結果描述必須用過去式（「was observed」「were significantly higher」）
客觀性（Hook B11 CRITICAL — 最常見 Reviewer 意見）：
- ✅ Results 只報告觀察到的資料和統計結果
- 🚫 禁止解讀性語言：「suggesting that」「indicating」「demonstrating that」
- 🚫 禁止主觀形容：「interestingly」「surprisingly」「remarkably」
- 🚫 禁止推測：「may be due to」「possibly reflects」「we believe」
- → 解讀屬於 Discussion
統計報告（Hook B16）：
- ✅ 報告精確 p-value（p = 0.032），不只用 p < 0.05
- 🚫 禁止 「p = 0.000」→ 應寫 p < 0.001
- ✅ 效果量（OR, HR, RR, MD, Cohen's d）必須伴隨 p-value
- ✅ 所有效果量應附帶 95% CI
Checklist：
- 有明確的參與者篩選數字
- Primary outcome 有 effect size + 95% CI + p-value
- 無解讀性語言（B11 PASS）
- 全部用過去式
- 圖表有正文敘述對應
Discussion (1000-1500 words)
結構（Hook B13 自動偵測）：
- Main Findings (第 1 段)：重述主要發現（含 🔒 SELLING POINTS）
- Literature Comparison (2-3 段)：與先前研究比較，有
[[wikilinks]]≥3 個 - Mechanism / Explanation (1 段)：可能機制或臨床解釋
- Clinical Implications (1 段)：臨床實踐意義或未來方向
- Limitations (1 段，Hook B13 CRITICAL)：誠實承認研究局限
- Conclusion (最後 1-2 句)：簡潔重述核心發現
Limitations 段落（必要 — Hook B13 觸發 CRITICAL）：
- ✅ 必須包含 "limitation" / "weakness" / "shortcoming"
- ✅ 至少提 2-3 個具體限制：研究設計、樣本量、追蹤時間、選擇偏差等
- ✅ 對每個限制解釋為什麼不影響主要結論（或承認可能影響方向）
Hedging 控制（Hook B15）：
- Discussion 可以適度使用 hedging（may, might, could）
- 但密度超過 6/1000 字 → CRITICAL（文稿顯得不確定）
- 目標：3/1000 字以下
禁止事項：
- 🚫 重複引用 Introduction 已提過的背景知識
- 🚫 在 Discussion 引入新數據（屬於 Results）
- 🚫 過度擴大結論到研究設計無法支持的範圍
Checklist：
- 第一段重述 main findings
- 有 ≥3 個與先前文獻的比較引用
- Limitations 段落存在且具體
- 有 clinical implications 或 future directions
- 結論簡潔、不超出數據支持範圍
Abstract (250-350 words)
結構（Structured）：
- Background (2-3 句)：問題 + gap + 目的
- Methods (3-4 句)：設計、受試者、主要測量
- Results (3-5 句)：主要結果 + 關鍵數字 + p-values
- Conclusions (1-2 句)：核心發現 + 意義
規則：
- ✅ Abstract 是獨立的微型論文，不依賴正文即可理解
- ✅ Abstract 中的數字必須與 Results 完全一致
- 🚫 不在 Abstract 中引用文獻
- 🚫 不使用未定義的縮寫（Abstract 中的縮寫要重新定義）
Code-Enforced Writing Hooks 對照表
| Hook | 名稱 | 觸發時機 | 嚴重度 | 檢查重點 |
|---|---|---|---|---|
| B9 | Section Tense | POST-WRITE | CRITICAL/WARN | Methods/Results 過去式 |
| B10 | Paragraph Quality | POST-WRITE | WARN/INFO | 段落長度、單句段落 |
| B11 | Results Objectivity | POST-SECTION | CRITICAL | Results 禁止解讀性語言 |
| B12 | Intro Funnel | POST-SECTION | CRITICAL/WARN | Introduction 漏斗結構 + 禁止透露結果 |
| B13 | Discussion Structure | POST-SECTION | CRITICAL | Limitations 必須存在 |
| B14 | Ethical Statements | POST-SECTION | CRITICAL | IRB + Consent + Trial Reg |
| B15 | Hedging Density | POST-WRITE | CRITICAL/WARN | may/might/could 密度 |
| B16 | Effect Size | POST-SECTION | CRITICAL/WARN | p-value 格式 + 效果量 + CI |
使用方式：run_quality_checks(action="writing_hooks", hooks="B9,B11,B13") 或 run_quality_checks(action="writing_hooks", hooks="post-section")
Wikilink 格式
✅ [[author2024_12345678]] → 自動修復 [[12345678]] → [[author2024_12345678]]