bioinfo-daily-skill（生物信息日常技能）

Bioinfo Daily - 生物信息学日报

概述

本技能使用 PubMed E-utilities API 自动搜索并汇总前一天的生物信息学和肿瘤学研究进展，聚焦 CNS（Cell/Nature/Science）及子刊、Nature Index 等高影响力期刊，每天推荐 10 篇左右重要文献，并生成中文亮点介绍。

功能特点

• 🔍 自动搜索: 使用 PubMed API 搜索前一天新增文献（限定 cancer 相关）
• 📊 高影响力筛选: 仅筛选 CNS 及 Nature Index 期刊
• 🎯 精准分类: 生物信息学、肿瘤免疫、单细胞测序、空间转录组、临床进展
• 💡 中文亮点: 每篇文献 30 字左右中文亮点介绍
• 📝 智能摘要: 日报抬头自动生成精选文章 summary
• 🔥 智能优选: 文章多时会自动优选创新性强、方向有区分的文章（最多10篇）
• 📰 日报格式: 结构化日报，便于阅读和分享

使用方法

1. 手动生成日报

python3 ~/.openclaw/workspace/skills/bioinfo-daily/scripts/pubmed_search.py

2. 查看定时任务

openclaw cron list

3. 测试搜索（特定主题）

# 编辑脚本中的 SEARCH_TOPICS 添加自定义主题

数据源

PubMed API: https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils

搜索范围:

• 🧬 生物信息学算法与工具
• 🦠 肿瘤免疫学最新研究
• 🔬 单细胞测序技术
• 🧪 空间转录组技术
• 💊 癌症免疫治疗临床进展

期刊筛选:

• Nature, Science, Cell 主刊及子刊
• Nature Index 期刊
• 其他高影响力期刊（Lancet、JAMA、PNAS 等）

输出格式

日报包含：

1. 📅 日期和文献总数
2. 📚 每篇文献：标题、期刊、作者、亮点、链接
3. 📊 数据来源说明

配置

API 配置（使用环境变量）:

• NCBI_EMAIL: 你的邮箱地址
• NCBI_API_KEY: 你的 PubMed API Key

获取 API Key: https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2017/11/02/new-api-keys-for-the-e-utilities/

配置方式（任选其一）:

方式 1 - OpenClaw 配置文件 ~/.openclaw/openclaw.json:

{
  "env": {
    "NCBI_EMAIL": "your@email.com",
    "NCBI_API_KEY": "your_api_key"
  }
}

方式 2 - 环境变量:

export NCBI_EMAIL="your@email.com"
export NCBI_API_KEY="your_api_key"

定时任务:

• 执行时间：每天早上 8:00（北京时间）
• 搜索范围：前一天新增文献

脚本

• scripts/pubmed_search.py - PubMed API 搜索和日报生成

⚠️ 安全注意事项

1. API Key 配置

• 必须配置 NCBI_API_KEY 才能使用 PubMed API
• 脚本会在缺少 API Key 时显示警告
• 获取 API Key: https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2017/11/02/new-api-keys-for-the-e-utilities/

2. .env 文件安全

• 如果使用 .env 文件，只放置 NCBI 相关凭证
• 不要在同一文件放其他不相关的 secrets
• .env 文件已加入 .gitignore，不会提交到 Git

3. 网络活动说明

• pubmed_search.py: 直接调用 PubMed API（ncbi.nlm.nih.gov）
• search_bioinfo.py: 调用 OpenClaw 的 web_search 工具（会发送到配置的搜索提供商）
• 如需限制网络访问，可在隔离环境中运行

4. 飞书上传（如需自动发布）

• generate_daily.sh 引用飞书文档创建步骤
• 需要配置飞书 API 凭证才能自动上传
• 如未配置凭证，脚本会生成文件供手动上传

依赖

• Python 3.6+
• requests 库

使用示例

# 生成今日日报
cd ~/.openclaw/workspace/skills/bioinfo-daily
python3 scripts/pubmed_search.py

# 输出保存至 /tmp/bioinfo_daily_YYYYMMDD.txt