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biociao-literature-daily-report（Biociao 文献日报）

Agent Skill

biociao-literature-daily-report 用于查找、检索和筛选相关信息，适合在 OpenClaw 中需要根据关键词、任务场景或来源线索快速定位候选结果时使用。可结合来源仓库、安装命令和原始 README 继续核验具体用法。安装前建议确认权限范围、维护状态，以及是否会触发联网、命令执行或文件读写。

总安装

2,521

周安装

102

GitHub Stars

公开资料未说明

下载量

792

OpenClaw

安装说明

本站只整理中文说明和来源信息，不托管安装包，也不代用户安装。

GitHub

来源数

许可证

MIT-0

最后核验

2026-05-01

来源状态

来源可访问

安装方式

通过对话安装

复制提示词发给支持本地命令或 Skills 的 AI 助手，先确认命令和权限，再让它执行。

请帮我安装这个 Agent Skill：biociao-literature-daily-report（Biociao 文献日报）
来源仓库：https://github.com/biociao/biociao-literature-daily-report
安装命令：
openclaw skills install biociao-literature-daily-report
安装前请先检查当前环境是否支持对应 CLI，并向我确认将要执行的命令、安装目录、联网范围和文件读写权限；确认后再执行。

命令行安装

复制命令到本机终端执行。该命令会通过 OpenClaw 从第三方来源获取 Skill；本站只展示命令，不托管安装包，也不自动执行。

ClawHubOpenClaw

openclaw skills install biociao-literature-daily-report

简介

biociao-literature-daily-report自动生成科研文献日报。

适用于需要跟踪最新研究进展的学术研究人员。
支持PubMed、bioRxiv、arXiv等多平台文献抓取。
使用前需确认研究领域和文献筛选标准。biociao-literature-daily-report 属于研究检索类 Skill，可作为该场景下的辅助能力补充。
建议了解具体的定时任务和报告生成配置方法。

SKILL.md

name: literature-daily-report
description: |

每日科研文献日报

🎯 核心功能

自动化生成 生命科学×AI 交叉领域 的每日科研文献日报，包含：

📊 文献整理 - 实时抓取 PubMed, bioRxiv, arXiv 当天最新发表
🔍 智能筛选 - 语义检索 AI/生信/病原/真菌等关注领域
🤖 LLM 总结 - 自动生成 100-250 字核心摘要（中英文混排）
📰 编辑排版 - 前言 + 重点推荐 + 完整列表 + 趋势总结

🚀 快速开始

生成今日日报

# 方式 1：直接使用脚本
~/.openclaw/skills/literature-daily-report/scripts/literature_collector.py

# 方式 2：通过项目目录运行
cd ~/.openclaw/workspace/projects/literature-collector && ./run.sh

自定义配置

编辑配置文件 config.yaml：

output_dir: ~/.openclaw/workspace/literature
search_queries:  # 搜索关键词组合
  - "metagenomics AND machine learning"
  - "fungal pathogen AND bioinformatics"
  - "single-cell AND deep learning"
high_impact_journals:
  - Nature
  - Cell
  - Science
  - Bioinformatics

🔧 工作流程

Step 1: 文献整理 (`fetch_articles_with_abstracts`)

从三大数据库获取最新文献及摘要：

来源	API	查询范围	特点
PubMed	EUtils	最近 1 天	已发表论文，有 PMID
bioRxiv	REST API	最近 1 天	预印本，DOI 格式
arXiv	Export API	最近 1 天	CS/Q-Bio 类别

执行逻辑：

for query in SEARCH_QUERIES:
    articles = fetch_pubmed(query)      # PubMed
    biorxiv = fetch_biorxiv()           # bioRxiv  
    arxiv = fetch_arxiv()               # arXiv
    all_articles.extend(...)

Step 2: 语义筛选 (`categorize_article`)

根据关键词匹配筛选目标领域：

CATEGORY_KEYWORDS = {
    "单细胞组学": ["single-cell", "scRNA-seq", "spatial transcriptomics"],
    "宏基因组学": ["metagenomics", "microbiome", "16S"],
    "病原真菌": ["fungal", "pathogen", "Candida", "Aspergillus"],
    "生信方法": ["bioinformatics", "algorithm", "pipeline", "tool"],
    "AI/ML": ["machine learning", "deep learning", "transformer"],
    "基因组学": ["genomics", "genome", "pan-genome"],
}

优先级评分：

高影响力期刊（Nature/Cell/Science）+10 分
方法开发类文章 +5 分
热门话题（单细胞/AI）+3 分

Step 3: LLM 总结 (`generate_summary`)

基于摘要生成结构化中文总结：

【研究目的】
【样本与方法】
【研究结果】
【创新性】

优化要点：

识别英文摘要 → 添加 【】 标签包裹各部分
长度控制在 5000 字以内
提取关键句子而非简单截断

Step 4: 编辑排版 (`generate_mark_report_v2`)

生成完整的 Markdown 日报结构：

# 📚 每日文献速递 - YYYY-MM-DD

## 📰 编辑前言
- 日期统计
- 来源分布
- 热点领域概览

## ⭐ 重点推荐 (8 篇)
- 带标签分类
- 结构化摘要
- DOI 链接

## 📖 完整文献列表
- 按来源分组
- 详细元数据

## 📝 编辑总结
- 今日趋势分析
- 编者点评
- 关注建议

📂 文件组织

literature-daily-report/
├── SKILL.md                    # 本说明文档
├── scripts/
│   └── literature_collector.py # 主收集脚本
└── references/
    ├── categories.md           # 领域分类标准
    ├── workflows.md            # 工作流指南
    └── api_docs.md             # API 参考文档

# 输出目录
~/.openclaw/workspace/literature/
├── literature-YYYY-MM-DD.md   # 当日报告
└── latest.md                   # 最新报告索引

# ClawLib 同步目录
~/.openclaw/workspace/ClawLib/科研日报/
├── literature-YYYY-MM-DD.md   # 当日报告（自动同步）
└── latest.md                   # 最新报告（自动同步）

🔄 自动同步（v3.3 全套链路）

生成日报后会自动同步到多个目标，一气呵成：

📝 本地报告 → ~/.openclaw/workspace/literature/literature-{date}.md
📚 ClawLib → ~/.openclaw/workspace/ClawLib/科研日报/
🔍 Zotero → BioCiaoLab Group Library（按分类收藏夹）
🧠 知识图谱 → research/literature-{date} 实体

📚 Zotero 集成 (v3.3)

文献收集完成后会自动录入 BioCiaoLab Group Library：

功能特点：

PubMed 文献：通过 PMID 自动添加
bioRxiv/arXiv 预印本：通过 DOI 自动添加
自动去重（已存在的文献会跳过）
添加标签：literature-daily + 日期 + 分类（如 单细胞组学, 宏基因组学）
按文献归属类别添加到对应的收藏夹（单细胞组学/宏基因组学/病原真菌/AI+ML/生信方法/基因组学等）

环境变量配置（写入 ~/.zshrc）：

export ZOTERO_API_KEY="your-api-key"
export ZOTERO_USER_ID="your-user-id"       # Zotero 用户 ID
export ZOTERO_GROUP_ID="your-group-id"     # BioCiaoLab Group ID (默认 6489333)

⚠️ 脚本会自动从 ~/.zshrc 加载环境变量，无需手动 export。

获取方式：

API Key: https://www.zotero.org/settings/keys/new
User ID: https://www.zotero.org/settings
Group ID: 访问 BioCiaoLab 小组页面，URL 中的数字部分即为 Group ID

🧠 知识图谱同步 (v3.3)

文献收集完成后会自动同步到 OpenClaw 知识图谱：

功能特点：

每篇文献作为一条 fact 写入 research/literature-YYYY-MM-DD 实体
fact 包含：分类标签、标题、作者、期刊、来源、PMID/URL
调用 kg.py add 逐条写入知识图谱

写入位置：

entity: research/literature-<日期>
category: 文献主分类（单细胞组学/宏基因组学/病原真菌/AI+ML/生信方法/基因组学等）
source: literature-daily-report

🌟 高级用法

自定义搜索领域

在 SEARCH_QUERIES 中添加新主题：

SEARCH_QUERIES = [
    '(epigenetics[Title/Abstract]) AND ((deep learning[Title/Abstract]))',
    '(CAR-T[Title/Abstract]) AND ((single-cell[Title/Abstract]))',
]

调整输出格式

修改 generate_mark_report_v2() 中的标题层级和标签风格。

定时任务

添加 crontab 自动发送日报：

# 每天早上 9 点生成并发送到飞书
0 1 * * * cd ~/.openclaw/workspace/projects/literature-collector && ./run.sh

🔄 迭代历史

v1.0: 基础整理（标题 + 来源）
v2.0: 增加摘要获取 + 智能总结
v3.0: 中文格式优化 + 编辑结构化排版
v3.1: 自动同步到 ClawLib 科研日报目录
v3.2: 新增 Zotero 自动录入功能（PMID/DOI 自动添加）
v3.3: 新增知识图谱同步；Zotero 环境变量自动从 ~/.zshrc 加载

📞 技术支持

遇到问题？检查：

API 限流 → 增加 time.sleep() 延时
无结果 → 扩展搜索关键词范围
格式异常 → 查看 literature/abstract_cache.json 缓存状态

适合场景

OpenClaw 用户查找和安装 Skill 时

用户想查找某类 Agent Skill 时

需要根据任务场景推荐可安装能力包时

需要对比不同来源的安装命令和来源信息时

能力概览

能力 1

按任务关键词查找相关 Skills

能力 2

展示可复制的安装命令

能力 3

保留来源站点、仓库和原始说明，方便继续核验

能力 4

补充不同宿主或平台的使用分布数据

能力 5

展示第三方安全扫描或审计结果

安装后应在对应宿主中按原始 README 的触发条件使用；具体调用方式请以来源页面和 README 为准。

平台分布

OpenClaw

70.81%

按下载量换算561

安全审计

VirusTotal

可疑

ClawScan

可疑

Static analysis

通过

权限和风险

敏感数据

该 Skill 可能接触密钥、Token、环境变量或敏感配置，应进入高风险复核队列，默认不自动发布。

安装前确认

本站仅展示第三方公开信息，不托管安装包，不提供自动安装或运行环境。安装前应自行审查源码、依赖和命令行为。来源安全扫描存在 warning/failed 结果，不能写成本站确认安全。当前只有一个来源，正式发布前建议补源仓库或其他目录站核验。

来源信息

GitHub 仓库

github.com

/biociao/biociao-literature-daily-report

SKILL.md 来源

clawhub.ai