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Agent Skill · 待分类

bio-workflow-methods-docwriter（生物工作流程方法文档编写者）

bio-workflow-methods-docwriter 用于处理 GitHub 仓库、Issue、Pull Request 和代码协作信息，适合在 Codex、Claude、Cursor、Gemini CLI 中需要围绕仓库状态、代码变更或协作事项进行整理时使用。可结合来源仓库、安装命令和原始 README 继续核验具体用法。安装前建议确认权限范围、维护状态，以及是否会触发联网、命令执行或文件读写。

bio-workflow-methods-docwriter 是待分类类 Agent Skill，可用宿主为 Codex、Claude、Cursor、Gemini CLI，通过GitHub 仓库获取，权限为只读；许可证信息还不明确，第三方扫描有未通过项，按安装量在待分类类的 11,209 个 Skill 里排第 7,510。

总安装 360周安装 15GitHub Stars 1下载 120核验 2026-05-01
待分类只读GitHub 仓库未标认证来源可访问许可证需确认审计异常CodexClaudeCursorGemini CLI

安装说明

本站只整理中文说明，不托管安装包，也不代用户安装。
GitHub
许可证
unknown

安装方式

通过对话安装

复制提示词发给支持本地命令或 Skills 的 AI 助手，先确认命令和权限，再让它执行。

请帮我安装这个 Agent Skill：bio-workflow-methods-docwriter（生物工作流程方法文档编写者）
来源仓库：https://github.com/fmschulz/omics-skills
仓库路径：skills/bio-workflow-methods-docwriter
安装命令：
npx skills add https://github.com/fmschulz/omics-skills --skill bio-workflow-methods-docwriter
安装前请先检查当前环境是否支持对应 CLI，并向我确认将要执行的命令、安装目录、联网范围和文件读写权限；确认后再执行。

命令行安装

复制命令到本机终端执行。该命令会通过 npx skills 从第三方来源获取 Skill；本站只展示命令，不托管安装包，也不自动执行。

skills.shnpx skills
npx skills add https://github.com/fmschulz/omics-skills --skill bio-workflow-methods-docwriter

这个 Skill 是做什么的

这个 Skill 的分类还没最终确定，用法以来源仓库的说明为准。

用于从真实工作流产物自动生成发表级 Methods 文档和运行说明。适合在需要基于实际运行证据生成可复现方法描述的科研场景中使用。通过收集日志、配置和版本文件，构建 run_manifest.yaml 并生成 METHODS.md。安装需确认权限范围和维护状态，可能涉及联网、命令执行或文件读写操作。

bio-workflow-methods-docwriter 属于待分类类 Skill，可作为该场景下的辅助能力补充。

来源仓库内路径：skills/bio-workflow-methods-docwriter

上手步骤

4 步
  1. 1

    确认自己的宿主工具

    公开资料标注支持 Codex、Claude、Cursor、Gemini CLI；先确认自己用的是其中之一，再按对应工具的 Skills 目录放置。

  2. 2

    拿到安装命令

    可以直接复制的命令是 npx skills add https://github.com/fmschulz/omics-skills --skill bio-workflow-met…；命令里的占位符换成自己的路径或密钥再执行。

  3. 3

    安装后重启宿主

    命令执行完要完全退出宿主工具再打开，让新装的 Skill 被重新扫描到，否则列表里可能看不到。

  4. 4

    按最小权限试用

    它标注为只读，先用只读任务试一次，确认行为符合预期再扩大使用范围。

常见问题

6 条

bio-workflow-methods-docwriter 怎么安装？

在终端执行 npx skills add https://github.com/fmschulz/omics-skills --skill bio-workflow-methods-docwr…。装完完全退出宿主工具再打开，让它重新扫描本地 Skill。

bio-workflow-methods-docwriter 支持哪些 AI 工具？

公开资料标注支持 Codex、Claude、Cursor、Gemini CLI。其他工具只要能读取本地 Skill 目录，一般也能手动放进去，但要自己确认触发方式是否一致。

bio-workflow-methods-docwriter 需要什么权限？

权限级别是只读。该 Skill 主要提供规则、说明或参考内容，本身偏只读；真正读写文件、联网或执行命令仍取决于宿主 Agent 的任务。

bio-workflow-methods-docwriter 是免费的吗？

公开资料没有标注明确许可证，收费和商用限制都无法确认。正式使用前请到来源仓库核对授权说明。

bio-workflow-methods-docwriter 用的人多吗？

公开数据是累计安装 360 次，近一周安装 15 次，下载 120 次，GitHub 1 星。这些数字来自第三方目录统计，只能当作热度参考，不代表质量或安全性。

bio-workflow-methods-docwriter 安全吗？

第三方扫描有未通过项，风险较高。除非你确认过源码，否则不建议直接安装到常用环境。

值得选的地方和要先想清楚的地方

值得选的地方

  • 同时适配 4 种工具，换客户端不用重新找替代品。
  • 标注为只读权限，试用阶段不容易误改本地文件。

先想清楚的地方

  • 许可证没有明确标注，能不能商用、能不能再分发都不确定。
  • 第三方扫描存在提醒项或未通过项，需要人工逐条确认。
  • 第三方目录整理，版本更新和行为细节以来源仓库为准。

适不适合你

更适合

  • 已经在用 Codex，想直接扩展它能力的人。
  • 需要处理待分类类任务、又不想每次都手写提示词的人。
  • 只想先试试效果、不希望它改动本地文件的人。

不太适合

  • 需要明确授权才能用到公司项目里的场景。
  • 需要厂商级技术支持和 SLA 的生产系统。

待分类类 Skill 对比

6 个同类
Skill总安装GitHub 星权限许可证扫描
infsh-cli

infsh CLI · Codex、Claude

4,374,576382权限未标注未明确未收录
ai-video-generation

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4,313,376382调用外部服务未明确有提醒
lark-openapi-explorer

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2,064,1209,011需要联网未明确有提醒
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2,041,6328,978需要联网未明确通过
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1,848,49140操作浏览器未明确未通过
bio-workflow-methods-docwriter

生物工作流程方法文档编写者 · 本页

3601只读未明确未通过

按安装量取同分类前几名；数字来自第三方目录统计，只作热度参考，不代表质量结论。

SKILL.md 原文

Bio Workflow Methods Docwriter

Create publication-ready Methods and run documentation from real workflow artifacts.

Instructions

  1. Collect the workflow evidence package (logs, configs, version files).
  2. Build run_manifest.yaml strictly from evidence.
  3. Validate the manifest against the schema.
  4. Draft METHODS.md with a concise workflow summary at the top.
  5. Verify QC gates and reproducibility details are captured.

Quick Reference

TaskAction
Evidence checklistSee reference/evidence-checklist.md
Manifest schemaschemas/run-manifest.schema.json
Validate manifestpython scripts/validate_run_manifest.py run_manifest.yaml
ExamplesSee examples/

Input Requirements

  • Workflow artifacts (Nextflow/Snakemake/CWL logs and configs)
  • Tool version records or container digests
  • QC reports and output manifests

Output

  • METHODS.md (workflow summary + detailed steps)
  • run_manifest.yaml (machine-readable run manifest)

Quality Gates

  • No invented commands, versions, or parameters
  • Every step has inputs, outputs, and versions captured
  • Workflow summary appears at top of METHODS.md

Examples

Example 1: Validate a manifest

python scripts/validate_run_manifest.py run_manifest.yaml

Troubleshooting

Issue: Missing tool versions in logs Solution: Mark as NOT CAPTURED and add a note on how to capture next time.

平台分布

Codex

35.14%
按下载量换算42

Claude

30.65%
按下载量换算37

Cursor

18.11%
按下载量换算22

Gemini CLI

9.83%
按下载量换算12

安全审计

Gen Agent Trust Hub

通过

Socket

通过

Snyk

未通过

权限和风险

只读

该 Skill 主要提供规则、说明或参考内容，本身偏只读；真正读写文件、联网或执行命令仍取决于宿主 Agent 的任务。

安装前确认

本站仅展示第三方公开信息，不托管安装包，不提供自动安装或运行环境。安装前应自行审查源码、依赖和命令行为。来源安全扫描存在提醒或未通过项，安装前请自行复核。目前只有一个公开来源，建议同时核对源仓库。

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