待分类只读github未标认证来源可访问许可证需确认审计异常

bio-workflow-methods-docwriter（生物工作流程方法文档编写者）

Agent Skill

bio-workflow-methods-docwriter 用于处理 GitHub 仓库、Issue、Pull Request 和代码协作信息，适合在 Codex、Claude、Cursor、Gemini CLI 中需要围绕仓库状态、代码变更或协作事项进行整理时使用。可结合来源仓库、安装命令和原始 README 继续核验具体用法。安装前建议确认权限范围、维护状态，以及是否会触发联网、命令执行或文件读写。

总安装

360

周安装

GitHub Stars

下载量

120

CodexClaudeCursorGemini CLI

安装说明

本站只整理中文说明和来源信息，不托管安装包，也不代用户安装。

GitHub

来源数

许可证

unknown

最后核验

2026-05-01

来源状态

来源可访问

安装方式

通过对话安装

复制提示词发给支持本地命令或 Skills 的 AI 助手，先确认命令和权限，再让它执行。

请帮我安装这个 Agent Skill：bio-workflow-methods-docwriter（生物工作流程方法文档编写者）
来源仓库：https://github.com/fmschulz/omics-skills
仓库路径：skills/bio-workflow-methods-docwriter
安装命令：
npx skills add https://github.com/fmschulz/omics-skills --skill bio-workflow-methods-docwriter
安装前请先检查当前环境是否支持对应 CLI，并向我确认将要执行的命令、安装目录、联网范围和文件读写权限；确认后再执行。

命令行安装

复制命令到本机终端执行。该命令会通过 npx skills 从第三方来源获取 Skill；本站只展示命令，不托管安装包，也不自动执行。

skills.shnpx skills

npx skills add https://github.com/fmschulz/omics-skills --skill bio-workflow-methods-docwriter

简介

用于从真实工作流产物自动生成发表级 Methods 文档和运行说明。

适合在需要基于实际运行证据生成可复现方法描述的科研场景中使用。
通过收集日志、配置和版本文件，构建 run_manifest.yaml 并生成 METHODS.md。
安装需确认权限范围和维护状态，可能涉及联网、命令执行或文件读写操作。
bio-workflow-methods-docwriter 属于待分类类 Skill，可作为该场景下的辅助能力补充。

SKILL.md

Bio Workflow Methods Docwriter

Create publication-ready Methods and run documentation from real workflow artifacts.

Instructions

Collect the workflow evidence package (logs, configs, version files).
Build run_manifest.yaml strictly from evidence.
Validate the manifest against the schema.
Draft METHODS.md with a concise workflow summary at the top.
Verify QC gates and reproducibility details are captured.

Quick Reference

Task	Action
Evidence checklist	See `reference/evidence-checklist.md`
Manifest schema	`schemas/run-manifest.schema.json`
Validate manifest	`python scripts/validate_run_manifest.py run_manifest.yaml`
Examples	See `examples/`

Input Requirements

Workflow artifacts (Nextflow/Snakemake/CWL logs and configs)
Tool version records or container digests
QC reports and output manifests

Output

METHODS.md (workflow summary + detailed steps)
run_manifest.yaml (machine-readable run manifest)

Quality Gates

No invented commands, versions, or parameters
Every step has inputs, outputs, and versions captured
Workflow summary appears at top of METHODS.md

Examples

Example 1: Validate a manifest

python scripts/validate_run_manifest.py run_manifest.yaml

Troubleshooting

Issue: Missing tool versions in logs Solution: Mark as NOT CAPTURED and add a note on how to capture next time.

适合场景

用户想查找某类 Agent Skill 时

需要根据任务场景推荐可安装能力包时

需要对比不同来源的安装命令和来源信息时

能力概览

能力 1

按任务关键词查找相关 Skills

能力 2

展示可复制的安装命令

能力 3

保留来源站点、仓库和原始说明，方便继续核验

能力 4

展示第三方安全扫描或审计结果

安装后应在对应宿主中按原始 README 的触发条件使用；具体调用方式请以来源页面和 README 为准。

平台分布

Codex

35.14%

按下载量换算42

Claude

30.65%

按下载量换算37

Cursor

18.11%

按下载量换算22

Gemini CLI

9.83%

按下载量换算12

安全审计

Gen Agent Trust Hub

通过

Socket

通过

Snyk

未通过

权限和风险

只读

该 Skill 主要提供规则、说明或参考内容，本身偏只读；真正读写文件、联网或执行命令仍取决于宿主 Agent 的任务。

安装前确认

本站仅展示第三方公开信息，不托管安装包，不提供自动安装或运行环境。安装前应自行审查源码、依赖和命令行为。来源安全扫描存在 warning/failed 结果，不能写成本站确认安全。当前只有一个来源，正式发布前建议补源仓库或其他目录站核验。

来源信息

GitHub 仓库

github.com

/fmschulz/omics-skills

SKILL.md 来源

github.com

/fmschulz/omics-skills/tree/main/skills/bio-workflow-methods-docwriter

skills-sh

skills.sh

/fmschulz/omics-skills/bio-workflow-methods-docwriter

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