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bio-structure-annotation（生物结构注释）

Agent Skill

bio-structure-annotation 用于查找、检索和筛选相关信息，适合在 Codex、Claude、Cursor、Gemini CLI 中需要根据关键词、任务场景或来源线索快速定位候选结果时使用。可结合来源仓库、安装命令和原始 README 继续核验具体用法。安装前建议确认权限范围、维护状态，以及是否会触发联网、命令执行或文件读写。

总安装

349

周安装

15

GitHub Stars

1

下载量

122
CodexClaudeCursorGemini CLI

安装说明

本站只整理中文说明和来源信息，不托管安装包，也不代用户安装。

GitHub

来源数

2

许可证

unknown

最后核验

2026-05-01

来源状态

来源可访问

安装方式

通过对话安装

复制提示词发给支持本地命令或 Skills 的 AI 助手，先确认命令和权限，再让它执行。

请帮我安装这个 Agent Skill：bio-structure-annotation（生物结构注释）
来源仓库：https://github.com/fmschulz/omics-skills
仓库路径：skills/bio-structure-annotation
安装命令：
npx skills add https://github.com/fmschulz/omics-skills --skill bio-structure-annotation
安装前请先检查当前环境是否支持对应 CLI，并向我确认将要执行的命令、安装目录、联网范围和文件读写权限；确认后再执行。

命令行安装

复制命令到本机终端执行。该命令会通过 npx skills 从第三方来源获取 Skill；本站只展示命令，不托管安装包，也不自动执行。

skills.shnpx skills
npx skills add https://github.com/fmschulz/omics-skills --skill bio-structure-annotation

简介

用于结构预测和基于结构的注释分析，支持快速嵌入筛选与 Foldseek 搜索。

  • 适合在新蛋白结构预测、模板搜索和功能注释等研究场景中使用。
  • 通过 tm-vec 进行快速嵌入筛选，按需调用 boltz 或 colabfold 预测结构。
  • 安装需确认权限范围和维护状态，可能涉及联网、命令执行或文件读写操作。
  • bio-structure-annotation 属于研究检索类 Skill，可作为该场景下的辅助能力补充。

SKILL.md

Bio Structure Annotation

Structure prediction and structure-based annotation.

Instructions

  1. Run fast embedding screen (tm-vec).
  2. Predict structures (boltz or colabfold) as needed.
  3. Search structures with Foldseek and annotate hits.

Quick Reference

TaskAction
Run workflowFollow the steps in this skill and capture outputs.
Validate inputsConfirm required inputs and reference data exist.
Review outputsInspect reports and QC gates before proceeding.
Tool docsSee docs/README.md.
References- See../bio-skills-references.md

Input Requirements

Prerequisites:

  • Tools available in the active environment (Pixi/conda/system). See docs/README.md for expected tools.
  • Reference DB root: set BIO_DB_ROOT (default /media/shared-expansion/db/ on WSU).
  • Protein FASTA inputs are available. Inputs:
  • proteins.faa (FASTA protein sequences)

Output

  • results/bio-structure-annotation/structures/
  • results/bio-structure-annotation/structure_hits.tsv
  • results/bio-structure-annotation/structure_report.md
  • results/bio-structure-annotation/logs/

Quality Gates

  • Prediction success rate meets project thresholds.
  • Search hit thresholds meet project thresholds.
  • On failure: retry with alternative parameters; if still failing, record in report and exit non-zero.
  • Verify proteins.faa is non-empty and amino acid encoded.
  • Verify Foldseek databases exist under the reference root.

Examples

Example 1: Expected input layout

proteins.faa (FASTA protein sequences)

Troubleshooting

Issue: Missing inputs or reference databases Solution: Verify paths and permissions before running the workflow.

Issue: Low-quality results or failed QC gates Solution: Review reports, adjust parameters, and re-run the affected step.

适合场景

01

用户想查找某类 Agent Skill 时

02

需要根据任务场景推荐可安装能力包时

03

需要对比不同来源的安装命令和来源信息时

能力概览

能力 1

按任务关键词查找相关 Skills

能力 2

展示可复制的安装命令

能力 3

保留来源站点、仓库和原始说明，方便继续核验

能力 4

展示第三方安全扫描或审计结果

安装后应在对应宿主中按原始 README 的触发条件使用；具体调用方式请以来源页面和 README 为准。

平台分布

Codex

35.46%
按下载量换算43

Claude

28.79%
按下载量换算35

Cursor

20.74%
按下载量换算25

Gemini CLI

9.11%
按下载量换算11

安全审计

Gen Agent Trust Hub

通过

Socket

通过

Snyk

可疑

权限和风险

只读

该 Skill 主要提供规则、说明或参考内容，本身偏只读；真正读写文件、联网或执行命令仍取决于宿主 Agent 的任务。

安装前确认

本站仅展示第三方公开信息，不托管安装包，不提供自动安装或运行环境。安装前应自行审查源码、依赖和命令行为。来源安全扫描存在 warning/failed 结果，不能写成本站确认安全。当前只有一个来源，正式发布前建议补源仓库或其他目录站核验。

来源信息

GitHub 仓库

github.com

/fmschulz/omics-skills

SKILL.md 来源

github.com

/fmschulz/omics-skills/tree/main/skills/bio-structure-annotation

skills-sh

skills.sh

/fmschulz/omics-skills/bio-structure-annotation

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