无需安装MCP服务器即可与Galaxy生物信息学平台交互的Markdown技能文件。
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pip install bioblend
无需安装MCP服务器即可与Galaxy生物信息学平台交互的Markdown技能文件。
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pip install bioblend
提供HGNC基因命名数据的访问、解析和验证工具,包括MCP服务器集成AI助手功能。
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docker run --rm -i \
一个将IGVF数据门户API暴露为AI编码代理工具的MCP服务器,支持在代理会话中直接搜索、过滤、下载文件和生成报告。
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uv run server.py
提供NCBI E-utilities和BLAST工具访问的模型上下文协议服务器,支持智能搜索、获取和分析NCBI数据库中的生物数据。
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pip install -e .
一个用于搜索和访问欧洲核苷酸档案库(ENA)中RNA测序数据集的模型上下文协议(MCP)服务器,支持批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据集的查找与下载。
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uvx nucleotide_archive_mcp
atomica-mcp是一个基于ATOMICA模型的服务器,为AI助手提供标准化的蛋白质结构分析和交互评分访问,特别适用于长寿相关蛋白质的序列到功能分析。
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uvx atomica-mcp
一个轻量级、开源的模型上下文协议前端,用于结构化的植物基因组学研究,提供基因查询、标识符规范化、多源注释检索和文献搜索等功能。
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pip install uv
一个MCP(模型上下文协议)服务器,允许AI代理通过自然语言驱动RELION 5.x进行冷冻电镜结构解析。
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pip install mcp pydantic
SmartAPI MCP Server 是一个为SmartAPI注册表中的API创建MCP(模型上下文协议)服务器的工具,专注于生物信息学和生命科学API的集成与交互。
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pip install smartapi-mcp
基于Docker的AmberTools25/Amber24分子动力学模拟和分析服务,提供蛋白质PDB结构的全MD模拟功能。
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docker run --rm --gpus all nvidia/cuda:12.0-base nvidia-smi
一个专业的生物信息学质量控制分析服务器,提供自动化的QC流程执行、HTML报告分析和高级数据可视化功能。
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python3 -m venv venv
一个MCP服务器,为AI代理提供结构化、可追溯的EMBL-EBI BioSamples数据库访问功能,支持搜索、获取和提交生物样本元数据。
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pip install -r requirements-ui.txt

bach-biotools-server
Biotools MCP Server是一个全面的生物信息学研究服务器,提供对PubMed、UniProt、NCBI GenBank、KEGG、PDB等主要生物数据库和分析工具的访问,支持从文献检索到序列分析、结构预测和系统发育分析的全流程研究。
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npx bach-biotools-server
BV-BRC数据MCP服务器是一个基于Flask的模型上下文协议服务器,通过bvbrc-solr-python-api模块提供对BV-BRC(细菌和病毒生物信息学资源中心)数据的访问,包括基因组和基因组特征数据的查询功能。
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python3 -m venv .venv
CellTypist MCP Server是一个用于单细胞RNA测序分析中自动细胞类型注释的工具,支持预训练模型、自定义模型训练和可视化功能。
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pip install -e .
CyclicChamp MCP Tools 是一款专为环肽计算分析设计的工具套件,提供稳定性评估、序列分析和参数生成等功能,适用于7至24个残基的环肽设计。
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python scripts/pnear_analysis.py \
提供环肽结构预测、性质计算、序列分析和数据预处理的综合计算工具,支持药物发现工作流。
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pip install fastmcp==2.14.1 ipython==9.8.0 --force-reinstall
FOREST2020是一个用于RNA二级结构分析和探针设计的综合工具包,支持RNA终端基序提取、分子探针设计以及高通量工作流处理。
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pip install fastmcp loguru --ignore-installed
GEMORNA MCP是一款基于AI的mRNA序列设计与优化工具,专注于治疗性mRNA的编码序列(CDS)、非翻译区(UTR)生成及功能属性预测。
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pip install fastmcp loguru --ignore-installed
GTEx-MCP-Server是一个提供基因表达分析、组织特异性基因发现和eQTL分析的模型上下文协议(MCP)服务器,适用于生物医学研究和基因组数据分析。
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pip install fastmcp loguru --ignore-installed