UCSFOMOP代理
MCP（模型上下文协议）服务器，用于查询UCSF OMOP电子健康记录数据库，以快速检索临床数据。
BioRouter扩展
拖动 .brxt 将文件导入BioRouter 扩展→ 添加扩展名 对话。BioRouter将自动安装虚拟环境，并提示输入所需的凭据。
| 变量 | 必填 | 默认 | 描述 |
|---|---|---|---|
CLINICAL_RECORDS_USERNAME | ✅ | — | UCSF网络用户名 |
CLINICAL_RECORDS_PASSWORD | ✅ | — | UCSF网络密码 |
OMOP_LOG_LEVEL | 可选 | INFO | 日志记录级别 |
特性
- 查询UCSF OMOP数据库：在UCSF OMOP去标识临床数据库上执行SQL查询
- 列出可用表格：发现所有可用的临床数据表
- 预配置服务器：服务器和数据库端点已预先配置，只需提供您的凭据！
安装
来自GitHub（使用uvx）
uvx --from git+https://github.com/BaranziniLab/UCSFOMOPAgent ucsfomopagent本地安装
cd UCSFOMOPAgent
pip install -e .用法
作为MCP服务器
添加到您的MCP客户端配置中（例如，Claude Desktop）：
{
"mcpServers": {
"ucsfomopagent": {
"command": "uvx",
"args": ["--from", "git+https://github.com/BaranziniLab/UCSFOMOPAgent", "ucsfomopagent"],
"env": {
"CLINICAL_RECORDS_USERNAME": "CAMPUS\\YourUsername",
"CLINICAL_RECORDS_PASSWORD": "YourPassword"
}
}
}
}直接命令行
设置环境变量并运行：
export CLINICAL_RECORDS_USERNAME="CAMPUS\\YourUsername"
export CLINICAL_RECORDS_PASSWORD="YourPassword"
ucsfomopagent配置
预配置的服务器设置：
- 服务器：QCDIDDWDB001.ucsfmedicalcenter.org
- 数据库名称： OMOP_DEID
必需的环境变量（必须提供）：
CLINICAL_RECORDS_USERNAME：您的UCSF数据库用户名（例如“校园\\用户名”）CLINICAL_RECORDS_PASSWORD：您的UCSF数据库密码
可选环境变量：
OMOP_LOG_LEVEL：设置日志记录级别（调试、信息、警告、错误）-默认为信息
可用工具
1. query_ucsf_omop
在加州大学旧金山分校OMOP电子健康记录数据库上执行只读SQL查询。
参数：
sql_query（字符串，必填）：用于快速检索临床记录的SQL SELECT查询
例子：
SELECT TOP 10 person_id, gender_concept_id, year_of_birth
FROM dbo.person
WHERE year_of_birth > 19802. list_ucsf_omop_tables
列出加州大学旧金山分校OMOP电子健康记录数据库中的所有可用临床数据表。
退货： 包含模式、名称、类型和全名的JSON表列表。
安全
此服务器强制对UCSF OMOP数据库进行只读访问。不允许执行写入操作（INSERT、UPDATE、DELETE等）。
重要提示：
- 只允许SELECT查询
- 数据库包含已去标识的患者数据
- 遵守所有UCSF数据使用政策和HIPAA规定
OMOP通用数据模型
加州大学旧金山分校OMOP数据库遵循OMOP通用数据模型（CDM）标准，其中包括标准化表，如：
person：患者人口统计condition_occurrence：诊断和状况drug_exposure：用药记录procedure_occurrence：医疗程序measurement：实验室结果和生命体征observation：临床观察visit_occurrence：医疗访问
许可证
麻省理工学院
作者
- 顾万军(wanjun.gu@ucsf.edu)
- 詹马尔科·贝鲁奇(gianmarco.bellucci@ucsf.edu)
关于OMOP
观察性医疗结果伙伴关系（OMOP）通用数据模型（CDM）旨在标准化观察性数据的结构和内容，以便对不同的数据集进行高效分析。