SPOKEAgent
MCP（模型上下文协议）服务器，用于查询SPOKE生物医学知识图以进行快速生物医学知识推理。指向SPOKE的正式发布。
BioRouter扩展
拖动 .brxt 将文件导入BioRouter 扩展→ 添加扩展名 对话。BioRouter将自动安装虚拟环境，并提示输入所需的凭据。
| 变量 | 必填 | 默认 | 描述 |
|---|---|---|---|
SPOKEAGENT_PASSCODE | ✅ | — | SPOKEAgent凭据页面中的密码 |
特性
- 查询SPOKE知识图谱：在SPOKE生物医学知识图上执行Cypher查询
- 获取SPOKE架构：检索SPOKE知识图的完整模式，包括节点、关系和属性
替代安装（通过自定义扩展 uvx)
如果您不想使用 .brxt bundle，您可以将SPOKEAgent注册为自定义扩展命令：
- 在BioRouter中，转到 添加自定义扩展名
- 填写扩展名和描述
- 对于该命令，请使用以下命令：
uvx --from git+https://github.com/BaranziniLab/SPOKEAgent spokeagent- 添加环境变量：
a.变量名称= SPOKEAGENT_PASSCODE
b.价值= `` （从凭据页面）
c.点击 +添加 添加变量。
- 点击 添加扩展名 --你准备好了
可用工具
1. query_spoke
在SPOKE生物医学知识图上执行只读Cypher查询。
参数：
cypher_query（string，必填）：用于生物医学知识推理的Cypher查询
parameters（dict，可选）：传递给SPOKE查询的参数
例子：
MATCH (d:Disease)-[r:ASSOCIATES_DaG]->(g:Gene)
WHERE d.name = "Alzheimer's disease"
RETURN g.name, r.score
LIMIT 102. get_spoke_schema
在SPOKE生物医学知识图中列出所有节点、其属性及其关系。
退货： 完整的架构，包括节点类型、属性和关系。
安全
此服务器强制对SPOKE知识图进行只读访问。不允许执行写入操作（CREATE、MERGE、DELETE等）。
许可证
麻省理工学院
作者
- 顾万军(wanjun.gu@ucsf.edu)
- 詹马尔科·贝鲁奇(gianmarco.bellucci@ucsf.edu)
编辑
- 伊兰拉达鲍姆(ilan.ladabaum@ucsf.edu)
关于SPOKE
SPOKE（可扩展的面向精准医学的知识引擎）是一个大规模的生物医学知识图，它整合了来自多个来源的数据，以支持精准医学研究。