Rosetta MCP Server

Rosetta MCP服务器

作者：Ariel J.Ben Sasson

一个模型上下文协议（MCP）服务器，允许Cursor（或任何MCP客户端）与Rosetta、PyRosetta和Biosite一起工作：运行RosettaScripts、验证XML协议、在Rosetta和biosite之间进行翻译、评分结构和查询文档——所有这些都可以从您的AI编码助手中完成。

v1.3.0的新功能（与npm上的v1.1.8相比）

新增：Biotite集成

• rosetta_to_biotite --使用示例代码查找任何Rosetta函数的Biosite等价物（21个映射，涵盖结构I/O、SASA、RMSD、叠加、二级结构、接触、氢键、B因子、角度等）
• biotite_to_rosetta --反向查找：找到与Biosite函数等效的Rosetta
• translate_rosetta_script_to_biotite --将整个RosettaScripts XML或PyRosetta代码翻译成Biosite Python。设计/优化操作仅标记为Rosetta。
• 带有关键字别名的模糊搜索（“联系人”、“结合能”、“表面积”、“对齐”等）

改进：XML到PyRosetta转换器

• 37种元素类型 支持（6个）：11个移动器、9个过滤器、10个选择器、7个任务操作
• 全属性处理: repeats, disable_design, cartesian, tolerance, threshold, distance，以及更多
• 儿童元素支持: MoveMap （与 Span), Reweight, ScoreFunction
• 报告未识别的元素，以便您知道需要手动操作的内容

改进：帮助和文档

• get_rosetta_help 现在接受任何主题：按名称（“FastRelax”）、概念（“约束”、“对接”）或分数函数（“ref2015”）移动者——自动从rosettacommons.org获取实时文档
• search_rosetta_web_docs 后备方案：当DuckDuckGo受到速率限制时，会直接探测Rosetta文档URL
• get_cached_docs 自动缓存：不需要打电话 cache_cli_docs 第一
• 扩展了score_functions、movers、过滤器、xml和参数的静态帮助

改进：评分

• pyrosetta_score新 per_residue 每次剩余能量分解的期权回报
• scorefxn 参数 现在有效（在v1.1.8中被忽略）
• 丢失文件的正确错误消息，而不是沉默 {}

改进：验证

• validate_xml新 validate_against_schema 该选项根据Rosetta XSD模式检查元素名称（捕获拼写错误，如 FastRleax)

MCP规范合规性修复

• tools/call 现在使用正确的答案 { content: [{ type: "text", text }] } 格式
• 刀具错误返回 isError: true （非JSON-RPC错误）
• 标准JSON-RPC错误代码（-32601、-32700、-32603）
• 已删除false resources 能力广告

安全修补程序

• 用户输入不再插入Python代码中（使用env-vars/stdin）
• 写入临时文件 os.tmpdir() （不是模块目录）

清理

• 删除了3个冗余工具： list_functions （合并成 get_rosetta_info), search_pyrosetta_wheels, cache_cli_docs （自动缓存在 get_cached_docs)
• 删除了硬编码的个人路径
• 修复了阴影变量、异步反模式、死代码
• 18工具 （21岁），所有人都有改进的面向代理的描述

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示例：问一个幼稚的问题

这就是MCP服务器的强大之处——AI代理可以通过自动调用正确的工具来回答域问题：

用户在游标中询问： *“我如何放松我的蛋白质，Biotite的等效物是什么？”*

代理在幕后调用两个MCP工具：

1. get_rosetta_help("FastRelax") 返回6000多个字符的实时文档：

FastRelax使用FastRelax协议执行所有原子弛豫。参数包括 scorefxn, repeats, cartesian, disable_design, MoveMap 配置。..

2. rosetta_to_biotite("FastRelax") 返回：

{
  "found": true,
  "results": [{
    "rosetta": { "name": "FastRelax", "example": ["relax = FastRelax()", "relax.set_scorefxn(get_score_function('ref2015'))", "relax.apply(pose)"] },
    "biotite": null,
    "equivalence": "none_from_biotite",
    "notes": "Biotite does NOT perform structure optimization. These are Rosetta-specific capabilities."
  }]
}

该试剂合成： *“FastRelax是Rosetta的全原子弛豫协议。以下是如何使用它……注意：Biosite仅用于分析，没有等效物——你需要PyRosetta进行结构优化。”*

如果没有MCP，代理将根据训练数据进行猜测，并可能得到错误的参数名称或API签名。

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你得到了什么（18个工具）

发现与帮助

文档

执行与评分

翻译

验证和模式

环境

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快速启动

1.从npm安装

npm install -g rosetta-mcp-server

2.设置Python环境

# Create a venv with PyRosetta and Biotite
uv venv ~/.venvs/rosetta-mcp
~/.venvs/rosetta-mcp/bin/pip install pyrosetta-installer biotite
~/.venvs/rosetta-mcp/bin/python -c "import pyrosetta_installer as I; I.install_pyrosetta()"

或者跳过这一步——PyRosetta在首次使用时自动安装（需要10-30分钟）。

3.配置您的MCP客户端

光标 (~/.cursor/mcp.json):

{
  "mcpServers": {
    "rosetta": {
      "command": "rosetta-mcp-server",
      "args": [],
      "env": {
        "ROSETTA_BIN": "/path/to/rosetta_scripts.default.macosclangrelease",
        "PYTHON_BIN": "/path/to/.venvs/rosetta-mcp/bin/python"
      }
    }
  }
}

克劳德桌面 (~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json):

{
  "mcpServers": {
    "rosetta": {
      "command": "rosetta-mcp-server",
      "env": {
        "ROSETTA_BIN": "/path/to/rosetta_scripts.default.macosclangrelease",
        "PYTHON_BIN": "/path/to/.venvs/rosetta-mcp/bin/python"
      }
    }
  }
}

环境变量：

4.重新启动编辑器

打开设置->MCP。“rosetta”服务器应显示为绿色，带有18个工具。

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XML到PyRosetta的翻译示例

输入XML：

生成的PyRosetta代码：

import pyrosetta
from pyrosetta import pose_from_pdb
from pyrosetta.rosetta.core.scoring import get_score_function
from pyrosetta.rosetta.core.select.residue_selector import *
from pyrosetta.rosetta.protocols.relax import *

pyrosetta.init("-mute all")

pose = pose_from_pdb("your_protein.pdb")

# Residue Selectors
chainSelector = ChainSelector()
chainSelector.set_chain_strings("A")

# Movers
fastRelax = FastRelax()
fastRelax.set_scorefxn(get_score_function("ref"))
fastRelax.set_default_repeats(5)
fastRelax.cartesian(True)

sfxn = get_score_function("ref2015")

# Apply movers
fastRelax.apply(pose)

pose.dump_pdb("output.pdb")
score = pose.energies().total_energy()
print(f"Final score: {score}")

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罗塞塔\生物群测绘覆盖率

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故障排除

• 服务器在光标中显示红色：重新启动游标。在配置中使用绝对路径（例如。， /opt/homebrew/bin/rosetta-mcp-server).确保Node 14+和Python 3.8+。
• run_rosetta_scripts 失败：验证 ROSETTA_BIN 指向一个有效的二进制文件。尝试 "$ROSETTA_BIN" -help.
• PyRosetta工具显示“不可用”：通过安装 pip install pyrosetta-installer 然后运行安装程序，或者让MCP服务器在首次使用时自动安装。
• Biosite工具未返回任何结果：在同一Python环境中安装Biosite： pip install biotite
• get_rosetta_help return“无详细帮助”：尝试精确的Rosetta类名（例如，“FastRelax”而不是“relax”）。该工具可以解析常见别名，但可能会遗漏不寻常的名称。

从命令行验证

# Check version
echo '{"jsonrpc":"2.0","id":1,"method":"initialize","params":{"protocolVersion":"2024-11-05"}}' | rosetta-mcp-server 2>/dev/null | python3 -c "import sys,json; print(json.loads(sys.stdin.readline())['result']['serverInfo'])"

# List all tools
echo '{"jsonrpc":"2.0","id":1,"method":"tools/list","params":{}}' | rosetta-mcp-server 2>/dev/null | python3 -c "import sys,json; [print(t['name']) for t in json.loads(sys.stdin.readline())['result']['tools']]"

发展

rosetta-mcp-server/
├── rosetta_mcp_wrapper.js   # Node MCP server (protocol + all 18 tools)
├── rosetta_mcp_server.py    # Python helper (static Rosetta data)
├── install_pyrosetta.js     # Standalone PyRosetta installer
├── package.json             # npm package config
└── README.md

许可和归属

• MIT用于此存储库
• Rosetta/PyRosetta：请参阅RosettaCommons许可证；商业使用需要适当的许可证
• Biotite:BSD 3条款许可