退款MCP服务器

MCP服务器为Boltz2折叠/亲和和BoltzGen设计工作流程提供严格的类型化Refua工具。

协议目标：MCP规范修订 2025-11-25.

安装

pip install refua[cuda] # remove [cuda] if you don't need gpu support
pip install refua-mcp

ADMET预测是可选的；安装 refua[admet] 使他们能够：

pip install refua[admet]

临床试验模拟是可选的；安装clinical extra：

pip install "refua-mcp[clinical]"

数据编目/查询/源验证工具是可选的；额外安装数据：

pip install "refua-mcp[data]"

临床前计划/日程安排/生物分析/CMC工具是可选的；安装临床前额外：

pip install "refua-mcp[preclinical]"

WetLab、基准测试、监管和部署工具是可选的：

pip install "refua-mcp[wetlab,bench,regulatory,deploy]"

使用以下工具安装完整的项目工具表面：

pip install "refua-mcp[ecosystem]"

OpenTetry跨度/指标是可选的：

pip install "refua-mcp[observability]"

Boltz2和BoltzGen需要模型/分子资产。如果你没有它们，refua可以自动为你下载：

python -c "from refua import download_assets; download_assets()"

Boltz2：用途 ~/.boltz 默认情况下。通过工具覆盖 boltz.cache_dir 如果需要的话。
BoltzGen：默认情况下使用捆绑的HF工件。通过工具覆盖 boltzgen.mol_dir 如果需要的话。

MCP客户端

克劳德代码

将服务器添加到您的Claude Code MCP配置中（macOS： ~/Library/Application Support/Claude/claude_code_config.json，Linux： ~/.config/claude/claude_code_config.json).这将使用默认资产(~/.boltz 用于Boltz2和捆绑的BoltzGen工件）。与任何现有的合并 mcpServers 条目：

{
  "mcpServers": {
    "refua-mcp": {
      "command": "python3",
      "args": ["-m", "refua_mcp.server"]
    }
  }
}

法典

在Codex CLI中注册服务器（使用默认资产位置）：

codex mcp add refua-mcp -- python3 -m refua_mcp.server

列出已配置的服务器，包括：

codex mcp list

如果服务器启动缓慢（例如在首次导入大量ML deps时），在Codex中提高启动超时时间 config.toml:

[mcp_servers.refua-mcp]
startup_timeout_sec = 30

运输和安全

默认传输方式为 stdio。您可以使用运行时环境变量运行HTTP传输：

REFUA_MCP_TRANSPORT=streamable-http python -m refua_mcp.server

支持的运输方式：

REFUA_MCP_TRANSPORT=stdio|sse|streamable-http
REFUA_MCP_HOST / REFUA_MCP_PORT
REFUA_MCP_MOUNT_PATH

安全/运行时控制：

REFUA_MCP_ENABLE_DNS_REBINDING_PROTECTION=true|false
REFUA_MCP_ALLOWED_HOSTS=host1,host2
REFUA_MCP_ALLOWED_ORIGINS=https://origin1,https://origin2
REFUA_MCP_AUTH_TOKENS=token1,token2 （HTTP传输的静态承载令牌）
REFUA_MCP_TASK_TIMEOUT_SECONDS
REFUA_MCP_QUEUE_TIMEOUT_SECONDS

工具

refua_validate_spec：在不运行折叠/关联的情况下验证和规范化请求。
refua_fold：使用键入的实体和约束运行折叠/设计工作流。
refua_affinity：只运行亲和性预测。
refua_antibody_design：聚焦抗体入口点(antibody +可选 context_entities).
refua_protein_properties：通过Refua计算基于序列的蛋白质特性 ProteinProperties API
refua_data_list （可选）：列出来自的数据集 refua-data 目录。
refua_data_fetch （可选）：将一个数据集提取到本地缓存中。
refua_data_materialize （可选）：将一个数据集具体化为拼花地板零件。
refua_data_query （可选）：从物化拼花地板数据中查询筛选行。
refua_data_validate_sources （可选）：验证目录源URLs/neneneba API终结点。
refua_job：检查后台作业的状态/结果。
refua_admet_profile （可选）：对SMILES字符串运行基于模型的ADMET预测（需要 refua[admet]).
refua_clinical_simulator （可选）：运行 refua-clinical 模拟器和可选检查（需要 refua-mcp[clinical]).
refua_preclinical_templates （可选）：获取默认研究+样本模板和精选参考文献（需要 refua-mcp[preclinical]).
refua_preclinical_plan （可选）：生成GLP毒性/药理学研究计划有效载荷。
refua_preclinical_schedule （可选）：生成体内操作计划。
refua_preclinical_bioanalysis （可选）：运行生物分析ETL/QC和简单的NCA总结。
refua_preclinical_workup （可选）：通过可选的生物分析生成综合临床前检查。
refua_preclinical_cmc_templates （可选）：获取CMC启动器模板和参考。
refua_preclinical_cmc_plan （可选）：生成配方/工艺/QbD/验证CMC计划输出。
refua_preclinical_batch_record （可选）：生成电子批记录模板。
refua_preclinical_stability_plan （可选）：生成稳定性研究计划。
refua_preclinical_stability_assess （可选）：根据标准评估稳定性结果。
refua_preclinical_release_assess （可选）：根据批次/稳定性证据评估放行决定。
refua_wetlab_providers （可选）：列出湿实验室自动化提供商。
refua_wetlab_validate_protocol （可选）：验证规范的湿实验室协议有效载荷。
refua_wetlab_compile_protocol （可选）：为提供者编译协议。
refua_wetlab_run_protocol （可选）：创建干运行或排队的湿实验室协议运行。
refua_wetlab_run_status （可选）：列出/获取/取消湿实验室运行并构建运行沿袭。
refua_wetlab_lms_get / refua_wetlab_lms_post （可选）：访问WetLab LMS资源API。
refua_bench_init, refua_bench_run, refua_bench_compare, refua_bench_gate, refua_bench_baseline （可选）：基准和回归门工作流。
refua_regulatory_bundle, refua_regulatory_verify, refua_regulatory_summary, refua_regulatory_checklist （可选）：监管证据捆绑操作。
refua_deploy_plan, refua_deploy_render （可选）：部署规划和工件渲染。

所有主要工具都公开严格的JSON模式，包括通过以下方式区分的实体联合 type 并键入输出模式。

输出格式说明：

structure_output_format：规范值为 cif 或 bcif; mmcif 被接受为的兼容性别名 cif.
feature_output_format：使用 torch 或 npz 在写入特征文件时。如果 json 提供了一个文件输出请求，服务器将其规范化为 npz 并报告警告。
如果 feature_output_path 以...结束 .json，服务器将其标准化为 .npz 用于特征文件导出。
折叠/设计响应包括 warnings 列出应用兼容性规范化的时间。

输入兼容性说明：

为了与一些MCP客户端兼容， entities, constraints, antibody，以及 context_entities 也接受JSON编码的字符串，并将在服务器端进行规范化。

执行政策说明：

refua_fold 和 refua_antibody_design 默认情况下阻止探索性名称（例如 sanity_*, *_probe, schema_*, smoke_*)以避免昂贵的飞行前运行。
如果有意需要进行探索性跑步，请设置 allow_exploratory_run=true.
异步折叠/亲和/设计工具接受 queue_timeout_seconds （可选）。

错误合同注释：

工具错误返回结构化有效负载 error.code, error.message，可选 error.hint，以及 error.retryable.

资源和模板

refua://capabilities （资源）：运行时特征标志、协议修订、传输/安全配置摘要。
refua://recipes/index （资源）：列出规范配方名称。
refua://recipes/{recipe_name} （资源模板）：返回具体的tool/args示例。
refua://protein-properties/index （资源）：列出可用的蛋白质属性名称/组。
refua://protein-properties/group/{group_name} （资源模板）：列出组中的属性名称。
refua://protein-properties/property/{property_name} （资源模板）：属性元数据。

竣工支持：

refua://recipes/{recipe_name} 配方名称的填写。
refua://protein-properties/group/{group_name} 组名的填写。
refua://protein-properties/property/{property_name} 物业名称的填写。

配方名称：

fold_protein_ligand
affinity_only
antibody_design
protein_properties
clinical_simulation （可选；在以下情况下可用 refua-clinical 已安装）
preclinical_plan （可选；在以下情况下可用 refua-preclinical 已安装）
preclinical_workup （可选；在以下情况下可用 refua-preclinical 已安装）
preclinical_cmc_plan （可选；在以下情况下可用 refua-preclinical 已安装）
preclinical_cmc_release （可选；在以下情况下可用 refua-preclinical 已安装）
data_validate_sources （可选；在以下情况下可用 refua-data 已安装）
wetlab_protocol_run （可选；在以下情况下可用 refua-wetlab 已安装）
bench_init （可选；在以下情况下可用 refua-bench 已安装）
regulatory_verify （可选；在以下情况下可用 refua-regulatory 已安装）
deploy_plan （可选；在以下情况下可用 refua-deploy 已安装）

工作流程

建议的呼叫顺序：

阅读 refua://recipes/index 以及可选的配方模板。
阅读 refua://capabilities 用于运行时支持和限制。
对于仅序列属性分析，请调用 refua_protein_properties.
呼叫 refua_validate_spec 在代价高昂的运行之前捕捉模式/逻辑问题(deep_validate=true 用于资产支持的建筑检查）。
执行 refua_fold, refua_affinity, refua_antibody_design, refua_clinical_simulator （可选）， refua_wetlab_* （可选），或 refua_preclinical_* 工具（可选）。
对于长跑，设置 async_mode=true 和投票 refua_job.

示例

用可选的亲和力折叠蛋白质+配体：

{
  "tool": "refua_fold",
  "args": {
    "name": "protein_ligand",
    "entities": [
      {"type": "protein", "id": "A", "sequence": "MKTAYIAKQRQISFVKSHFSRQLEERLGLIEVQ"},
      {"type": "ligand", "id": "lig", "smiles": "CCO"}
    ],
    "constraints": [
      {"type": "pocket", "binder": "lig", "contacts": [["A", 5], ["A", 8]]}
    ],
    "affinity": {"binder": "lig"},
    "admet": true
  }
}

仅限亲和力：

{
  "tool": "refua_affinity",
  "args": {
    "name": "protein_ligand_affinity",
    "entities": [
      {"type": "protein", "id": "A", "sequence": "MKTAYIAKQRQISFVKSHFSRQLEERLGLIEVQ"},
      {"type": "ligand", "id": "lig", "smiles": "CCO"}
    ],
    "binder": "lig"
  }
}

以抗体为中心的设计：

{
  "tool": "refua_antibody_design",
  "args": {
    "name": "ab_design",
    "antibody": {
      "type": "antibody",
      "ids": ["H", "L"],
      "heavy_cdr_lengths": [12, 10, 14],
      "light_cdr_lengths": [10, 9, 9]
    },
    "context_entities": [
      {"type": "protein", "id": "A", "sequence": "MKTAYIAKQRQISFVKSHFSRQLEERLGLIEVQ"}
    ]
  }
}

仅验证（不运行）：

{
  "tool": "refua_validate_spec",
  "args": {
    "action": "fold",
    "entities": [
      {"type": "protein", "id": "A", "sequence": "MKTAYIAKQRQISFVKSHFSRQLEERLGLIEVQ"},
      {"type": "ligand", "id": "lig", "smiles": "CCO"}
    ]
  }
}

ADMET预测：

{
  "tool": "refua_admet_profile",
  "args": {
    "smiles": "CCO",
    "include_scoring": true
  }
}

蛋白质特性：

{
  "tool": "refua_protein_properties",
  "args": {
    "sequence": "MKTAYIAKQRQISFVKSHFSRQLEERLGLIEVQ",
    "groups": ["basic"],
    "include_catalog": true
  }
}

临床模拟（可选）：

{
  "tool": "refua_clinical_simulator",
  "args": {
    "trial_id": "small_molecule_phase2",
    "replicates": 80,
    "include_workup": true,
    "include_replicates": false
  }
}

临床前检查（可选）：

{
  "tool": "refua_preclinical_workup",
  "args": {
    "seed": 7,
    "lloq_ng_ml": 1.0,
    "use_template_rows_when_missing": true,
    "include_references": true
  }
}

临床前CMC释放评估（可选）：

{
  "tool": "refua_preclinical_release_assess",
  "args": {
    "batch_results": {
      "assay_percent": 99.0,
      "content_uniformity_av": 9.8,
      "dissolution_q30_percent": 92.0,
      "total_impurities_percent": 0.7,
      "water_content_percent": 1.5,
      "appearance_score": 5.0
    },
    "include_references": true
  }
}

注：DNA/RNA实体仅支持Boltz2折叠（BoltzGen不接受DNA/RNA主体）。

长期工作

对于超过工具调用超时的运行，设置 async_mode=true 并谨慎投票（例如每30-120秒）或遵循 recommended_poll_seconds 从 refua_job.

{
  "tool": "refua_fold",
  "args": {
    "async_mode": true,
    "entities": [...]
  }
}

然后投票：

{
  "tool": "refua_job",
  "args": {
    "job_id": "..."
  }
}

对于排队/正在运行的作业，响应包括 recommended_poll_seconds 加队列并估计元数据(queue_position, queue_depth, average_runtime_seconds, estimated_start_seconds, estimated_remaining_seconds). 集 include_result=true 一旦完成，即可获取结果。集 cancel=true 在 refua_job 取消排队/正在运行的作业。

长期民意调查支持：

{
  "tool": "refua_job",
  "args": {
    "job_id": "...",
    "wait_for_terminal_seconds": 300,
    "cancel": false,
    "include_result": true
  }
}

MCP实验任务

此服务器支持MCP实验任务(tasks/get, tasks/result, tasks/list, tasks/cancel)并宣传任务执行支持 refua_validate_spec, refua_fold, refua_affinity, refua_antibody_design, 和 refua_admet_profile. refua_clinical_simulator 和 refua_preclinical_templates / refua_preclinical_plan / refua_preclinical_schedule / refua_preclinical_bioanalysis / refua_preclinical_workup / refua_preclinical_cmc_templates / refua_preclinical_cmc_plan / refua_preclinical_batch_record / refua_preclinical_stability_plan / refua_preclinical_stability_assess / refua_preclinical_release_assess 安装时也启用了任务。

如果您的客户端支持任务增强工具调用，则更喜欢长时间运行的任务操作。任务取消(tasks/cancel)已连接到后台作业取消。否则，请继续 async_mode=true + refua_job.

Refua MCP

快速接入

详细介绍

退款MCP服务器

安装

MCP客户端

克劳德代码

法典

运输和安全

工具

资源和模板

工作流程

示例

长期工作

MCP实验任务

目录标签

接入字段

权限和风险

来源信息

继续浏览同类 MCP