Pubtator MCP Server

PubTator MCP服务器

](https://smithery.ai/server/@JackKuo666/pubtator-mcp-server)

🔍 基于PubTator3的生物医学文献注释和关系挖掘服务器，通过MCP接口提供便捷的访问。

PubTator MCP Server通过模型上下文协议（MCP）为AI助手提供对PubTator3生物医学文献注释系统的访问。它允许人工智能模型以编程方式搜索科学文献，获取注释信息，并分析实体关系。

🤝 贡献•📝 报告问题

✨ 核心功能

• 🔎 文献注释导出：支持以多种格式导出PubTator注释结果✅
• 🚀 实体ID查找：通过自由文本查询生物概念的标准标识符✅
• 📊 关系挖掘：发现实体之间的生物医学关系✅
• 📄 文献检索：支持按关键字和实体ID检索文献✅
• 🧠 批处理：支持从搜索结果中批量导出注释信息✅

🚀 快速开始

需求

• Python 3.10+
• FastMCP库

安装

通过史密瑟里

使用 史密瑟里 要自动安装PubTator服务器：

克劳德

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client claude --config "{}"

光标

粘贴设置→ 光标设置→ MCP → 添加新服务器：

• Mac/Linux

npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client cursor --config "{}" 

帆板运动

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client windsurf --config "{}"

渐变群

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client cline --config "{}"

手动安装

1. 克隆存储库：

   git clone https://github.com/JackKuo666/PubTator-MCP-Server.git
   cd PubTator-MCP-Server

1. 安装依赖项：

   pip install -r requirements.txt

📊 用法

直接运行服务器

启动MCP服务器：

python pubtator_server.py

服务器现在支持stdio和TCP传输。默认情况下，它使用TCP传输。您可以配置以下环境变量：

• MCP_TRANSPORT：设置为tcp传输的“tcp”或stdio传输的“stdio”（默认为“tcp”）
• MCP_HOST：要绑定的主机（默认为“0.0.0.0”）
• MCP_PORT：要监听的端口（默认为8080）

使用自定义设置启动服务器的示例：

MCP_TRANSPORT=tcp MCP_HOST=127.0.0.1 MCP_PORT=8888 python pubtator_server.py

服务器实现了延迟初始化和正确的错误处理。它将优雅地处理关机信号（SIGINT和SIGTERM），并记录启动或操作过程中发生的任何错误。

使用Docker

我们提供了一个Dockerfile以便于部署。要使用Docker容器：

1. 构建Docker镜像：

   docker build -t pubtator-mcp-server .

1. 运行Docker容器：

   docker run -p 8080:8080 pubtator-mcp-server

这将启动Docker容器内的PubTator MCP服务器，并将其暴露在端口8080上。

故障排除

如果在启动服务器时遇到任何问题：

1. 检查控制台输出是否有错误消息。
2. 确保安装了所有必需的依赖项（请参阅“要求”部分）。
3. 验证环境变量是否设置正确。
4. 如果服务器无法启动，请尝试以更详细的方式运行它：

python -v pubtator_server.py

这将提供更详细的日志信息，以帮助识别任何问题的来源。

使用Docker时，您可以通过以下方式查看日志：

docker logs 

配置

Claude桌面配置

增添 claude_desktop_config.json:

（Mac OS）

{
  "mcpServers": {
    "pubtator": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "pubtator-mcp-server"]
      }
  }
}

（Windows）

{
  "mcpServers": {
    "pubtator": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR\\PATH\\miniconda3\\envs\\mcp_server\\python.exe",
      "args": [
        "D:\\code\\YOUR\\PATH\\PubTator-MCP-Server\\pubtator_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

CL线路配置

{
  "mcpServers": {
    "pubtator": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-pubtator/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/pubtator_server.py"
      ],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT": "stdio"
      },
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

要使用TCP传输，请按如下方式修改配置：

{
  "mcpServers": {
    "pubtator": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-pubtator/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/pubtator_server.py"
      ],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT": "tcp",
        "MCP_HOST": "127.0.0.1",
        "MCP_PORT": "8888"
      },
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

🛠 API功能

PubTator MCP服务器提供以下核心功能：

1.出口出版物（Export_Publications）

导出指定PMID文献的PubTator注释结果：

result = await export_publications(
    ids=["32133824", "34170578"],
    id_type="pmid",
    format="biocjson",  # Supported: pubtator, biocxml, biocjson
    full_text=False     # Whether to include full text
)

2.实体ID查找（find_Entity_ID）

通过自由文本查询生物概念的标准标识符：

result = await find_entity_id(
    query="COVID-19",
    concept="disease",  # Optional: gene, disease, chemical, species, mutation
    limit=5             # Optional: limit number of results
)

3.关系查询（find_related_entitys）

查找与指定实体相关的其他实体：

result = await find_related_entities(
    entity_id="@DISEASE_COVID_19",
    relation_type="treat",    # Optional: treat, cause, interact, etc.
    target_entity_type="chemical",  # Optional: gene, disease, chemical
    max_results=5       # Optional: limit number of results
)

4.文献检索（Search_pubtator）

搜索PubTator数据库：

results = await search_pubtator(
    query="COVID-19",
    max_pages=1     # Optional: maximum number of pages to retrieve
)

5.批量导出（Batch_Export_from_search）

搜索和批量导出文献注释：

results = await batch_export_from_search(
    query="COVID-19",
    format="biocjson",
    max_pages=1,
    full_text=False,
    batch_size=5
)

注意：实际的函数调用可能因您的实现而异。这些示例基于我们最近的测试，可能需要进行调整以匹配您的确切API。

⚠️ 使用限制

• API请求速率限制：每秒最多3个请求
• 批量导出时，使用合理的batch_size以避免请求超时
• 对于关系查询，实体ID必须以“@”开头，例如“@DEVICE_COVID”

📄 许可证

该项目根据MIT许可证获得许可。

⚠️ 免责声明

此工具仅用于研究目的。请遵守PubTator的服务条款，负责任地使用此工具。