PubTator MCP服务器
🔍 基于PubTator3的生物医学文献注释和关系挖掘服务器，通过MCP接口提供便捷的访问。
PubTator MCP Server通过模型上下文协议（MCP）为AI助手提供对PubTator3生物医学文献注释系统的访问。它允许人工智能模型以编程方式搜索科学文献，获取注释信息，并分析实体关系。
🤝 贡献•📝 报告问题
✨ 核心功能
- 🔎 文献注释导出：支持以多种格式导出PubTator注释结果✅
- 🚀 实体ID查找：通过自由文本查询生物概念的标准标识符✅
- 📊 关系挖掘：发现实体之间的生物医学关系✅
- 📄 文献检索：支持按关键字和实体ID检索文献✅
- 🧠 批处理：支持从搜索结果中批量导出注释信息✅
🚀 快速开始
需求
- Python 3.10+
- FastMCP库
安装
通过史密瑟里
使用 史密瑟里 要自动安装PubTator服务器：
克劳德
npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client claude --config "{}"光标
粘贴设置→ 光标设置→ MCP → 添加新服务器：
- Mac/Linux
npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client cursor --config "{}" 帆板运动
npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client windsurf --config "{}"渐变群
npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubtator-mcp-server --client cline --config "{}"手动安装
- 克隆存储库：
git clone https://github.com/JackKuo666/PubTator-MCP-Server.git
cd PubTator-MCP-Server- 安装依赖项：
pip install -r requirements.txt📊 用法
直接运行服务器
启动MCP服务器：
python pubtator_server.py服务器现在支持stdio和TCP传输。默认情况下，它使用TCP传输。您可以配置以下环境变量：
MCP_TRANSPORT：设置为tcp传输的“tcp”或stdio传输的“stdio”（默认为“tcp”）MCP_HOST：要绑定的主机（默认为“0.0.0.0”）MCP_PORT：要监听的端口（默认为8080）
使用自定义设置启动服务器的示例：
MCP_TRANSPORT=tcp MCP_HOST=127.0.0.1 MCP_PORT=8888 python pubtator_server.py服务器实现了延迟初始化和正确的错误处理。它将优雅地处理关机信号（SIGINT和SIGTERM），并记录启动或操作过程中发生的任何错误。
使用Docker
我们提供了一个Dockerfile以便于部署。要使用Docker容器：
- 构建Docker镜像：
docker build -t pubtator-mcp-server .- 运行Docker容器：
docker run -p 8080:8080 pubtator-mcp-server这将启动Docker容器内的PubTator MCP服务器，并将其暴露在端口8080上。
故障排除
如果在启动服务器时遇到任何问题：
- 检查控制台输出是否有错误消息。
- 确保安装了所有必需的依赖项（请参阅“要求”部分）。
- 验证环境变量是否设置正确。
- 如果服务器无法启动，请尝试以更详细的方式运行它：
python -v pubtator_server.py这将提供更详细的日志信息，以帮助识别任何问题的来源。
使用Docker时，您可以通过以下方式查看日志：
docker logs 配置
Claude桌面配置
增添 claude_desktop_config.json:
（Mac OS）
{
"mcpServers": {
"pubtator": {
"command": "python",
"args": ["-m", "pubtator-mcp-server"]
}
}
}（Windows）
{
"mcpServers": {
"pubtator": {
"command": "C:\\Users\\YOUR\\PATH\\miniconda3\\envs\\mcp_server\\python.exe",
"args": [
"D:\\code\\YOUR\\PATH\\PubTator-MCP-Server\\pubtator_server.py"
],
"env": {},
"disabled": false,
"autoApprove": []
}
}
}CL线路配置
{
"mcpServers": {
"pubtator": {
"command": "bash",
"args": [
"-c",
"source /home/YOUR/PATH/mcp-server-pubtator/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/pubtator_server.py"
],
"env": {
"MCP_TRANSPORT": "stdio"
},
"disabled": false,
"autoApprove": []
}
}
}要使用TCP传输，请按如下方式修改配置：
{
"mcpServers": {
"pubtator": {
"command": "bash",
"args": [
"-c",
"source /home/YOUR/PATH/mcp-server-pubtator/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/pubtator_server.py"
],
"env": {
"MCP_TRANSPORT": "tcp",
"MCP_HOST": "127.0.0.1",
"MCP_PORT": "8888"
},
"disabled": false,
"autoApprove": []
}
}
}🛠 API功能
PubTator MCP服务器提供以下核心功能：
1.出口出版物（Export_Publications）
导出指定PMID文献的PubTator注释结果：
result = await export_publications(
ids=["32133824", "34170578"],
id_type="pmid",
format="biocjson", # Supported: pubtator, biocxml, biocjson
full_text=False # Whether to include full text
)2.实体ID查找（find_Entity_ID）
通过自由文本查询生物概念的标准标识符：
result = await find_entity_id(
query="COVID-19",
concept="disease", # Optional: gene, disease, chemical, species, mutation
limit=5 # Optional: limit number of results
)3.关系查询（find_related_entitys）
查找与指定实体相关的其他实体：
result = await find_related_entities(
entity_id="@DISEASE_COVID_19",
relation_type="treat", # Optional: treat, cause, interact, etc.
target_entity_type="chemical", # Optional: gene, disease, chemical
max_results=5 # Optional: limit number of results
)4.文献检索（Search_pubtator）
搜索PubTator数据库：
results = await search_pubtator(
query="COVID-19",
max_pages=1 # Optional: maximum number of pages to retrieve
)5.批量导出（Batch_Export_from_search）
搜索和批量导出文献注释：
results = await batch_export_from_search(
query="COVID-19",
format="biocjson",
max_pages=1,
full_text=False,
batch_size=5
)注意：实际的函数调用可能因您的实现而异。这些示例基于我们最近的测试，可能需要进行调整以匹配您的确切API。
⚠️ 使用限制
- API请求速率限制：每秒最多3个请求
- 批量导出时，使用合理的batch_size以避免请求超时
- 对于关系查询，实体ID必须以“@”开头，例如“@DEVICE_COVID”
📄 许可证
该项目根据MIT许可证获得许可。
⚠️ 免责声明
此工具仅用于研究目的。请遵守PubTator的服务条款，负责任地使用此工具。