Pubmed Remote

PubMed MCP服务器-远程版

用于PubMed数据库访问的综合模型上下文协议（MCP）服务器，针对render.com和其他云平台上的部署进行了优化。该服务器通过本地（stdio）和远程（SSE/HTTP）传输提供高级生物医学文献搜索、检索和分析功能。

🚀 特性

🔧 工具

• search_pubmed：使用全面的摘要和元数据搜索PubMed
• get_full_abstract：按PMID检索完整摘要
• get_full_text：从PMC开放获取文章中提取全文
• export_ris：以RIS格式为参考经理导出引文
• get_citation_counts：使用NCBI elink API分析引用指标
• optimize_search_query：使用MeSH术语将自然语言转换为优化的PubMed查询
• find_similar_articles：使用NCBI的相似性算法查找相似文章
• batch_process：通过多种操作高效处理多个PMID

🌐 部署模式

• 本地模式：Claude Desktop的传统stdio传输
• 远程模式：用于云部署的SSE/HTTP传输（render.com等）

📋 先决条件

• Node.js v18.x或更高版本
• npm或yarn包管理器
• （可选）云部署的render.com帐户

🎯 安装与使用

选项1：部署到Render.com（建议用于远程访问）

1. 分叉或克隆此存储库

1. 连接到Render.com

- 注册地址： render.com - 点击“新建+”→ “Web服务” - 连接您的GitHub存储库

1. 配置环境变量 在渲染仪表板中：

   NODE_ENV=production
   MCP_TRANSPORT=sse
   PORT=8000
   HOST=0.0.0.0
   LOG_LEVEL=info
   NCBI_EMAIL=your-email@example.com

1. 部署

- 渲染将自动检测 render.yaml 并部署 - 您的服务URL将是： https://pubmed-mcp-server.onrender.com

1. 添加到克劳德桌面

添加到您的Claude Desktop配置中：

视窗: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-remote": {
      "url": "https://your-service-name.onrender.com/sse"
    }
  }
}

选项2：本地安装

1. 克隆并安装

git clone 
cd pubmed-mcp-remote
npm install
npm run build

1. 配置为本地模式

添加到Claude桌面配置：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/pubmed-mcp-remote/dist/index.js"],
      "env": {
        "NCBI_EMAIL": "your-email@example.com"
      }
    }
  }
}

选项3：开发模式

# Local stdio mode
npm run dev

# Remote SSE mode
MCP_TRANSPORT=sse npm run dev

⚙️ 配置

环境变量

运输方式

标准模式（本地）

• 本地Claude Desktop的传统MCP传输
• 默认情况下或当 MCP_TRANSPORT=stdio
• 通过stdin/stdout进行通信

SSE模式（远程）

• 用于远程部署的HTTP/SSE传输
• 激活时间 MCP_TRANSPORT=sse 或 --remote 旗帜
• 提供HTTP端点：

- /sse -SSE连接端点 - /health -健康检查端点 - /message -客户端到服务器的消息传递

🔍 示例用法

1.查询优化

Input: "covid vaccine effectiveness in elderly"
→ Output: Optimized PubMed query with MeSH terms

2.文献检索

Tool: search_pubmed
Query: "diabetes treatment 2023"
Max Results: 10
→ Returns: Detailed articles with abstracts and metadata

3.引文分析

Tool: get_citation_counts
PMIDs: ["36038128", "30105375"]
→ Returns: Citation counts and citing articles

4.批量处理

Tool: batch_process
PMIDs: ["36038128", "35105375", "34567890"]
Operations: ["abstract", "citations", "similar"]
→ Returns: Comprehensive analysis of all articles

📊 API限值

🛡️ 利率限制和最佳实践

1. NCBI指南合规性

- 始终在中提供有效的电子邮件地址 NCBI_EMAIL - 遵守API速率限制（每秒3次请求，无API密钥） - 使用请求之间的延迟（自动处理）

1. 错误处理

- 网络连接问题 - 无效的PMID或查询 - API超时 - 缺少全文内容

1. 性能优化

- 对多个物品使用批处理 - 尽可能缓存结果 - 使用查询优化以获得更好的搜索结果

🏗️ 项目结构

pubmed-mcp-remote/
├── src/
│   ├── index.ts           # Main server with dual transport support
│   └── pubmed-api.ts      # PubMed API integration
├── dist/                  # Compiled JavaScript output
├── render.yaml            # Render.com deployment config
├── package.json           # Dependencies and scripts
├── tsconfig.json          # TypeScript configuration
├── .gitignore            # Git ignore rules
└── README.md             # This file

🔧 发展

构建

npm run build

本地运行（stdio）

npm start

以远程服务器（SSE）运行

npm run start:remote
# or
MCP_TRANSPORT=sse npm start

清洁建筑

npm run clean

🚀 部署

Render.com

存储库包括 render.yaml 用于自动部署的文件：

1. 将代码推送到GitHub
2. 将存储库连接到Render
3. 渲染自动部署使用 render.yaml
4. 更新Render仪表板中的环境变量

其他平台

对于部署到其他平台（Heroku、AWS、DigitalOcean等）：

1. 集 MCP_TRANSPORT=sse 环境变量
2. 集 PORT 达到平台要求值
3. 跑 npm run build && npm run start:remote

📖 MeSH项优化

服务器包括广泛的医学术语映射：

• 新冠肺炎和疫苗：新冠肺炎，冠状病毒，疫苗接种
• 心血管：心脏病发作、心肌梗死
• 癌症：肿瘤、肿瘤学、癌
• 心理健康：抑郁、焦虑
• 学习类型：临床试验、荟萃分析、随机对照试验
• 治疗类型：治疗、手术、药物

🤝 贡献

1. 分叉存储库
2. 创建要素分支
3. 进行更改
4. 彻底测试（本地和远程模式）
5. 提交拉取请求

📝 版本历史

v1.0.2（当前）

• ✨ 增加了远程/SSE传输支持
• 🌐 Render.com部署配置
• 🔧 环境变量配置
• 📊 健康检查端点
• ⚡ 双模式支持（stdio/SSE）

v1.0.1

• 🆕 类似文章功能
• 📊 引文分析改进

v1.0.0

• 🚀 初始版本
• 📖 PubMed核心功能

📄 许可证

MIT许可证-有关详细信息，请参阅许可证文件

🙋‍♂️ 支持

对于问题或疑问：

1. 检查现有的GitHub问题
2. 创建具有详细描述的新问题
3. 包括错误消息和再现步骤

🔗 相关资源

• NCBI电子公用事业文件
• PubMed搜索提示
• 模型上下文协议
• Render.com文档
• Claude桌面版

🎯 快速入门检查表

• \[\]克隆存储库
• \[\]安装依赖项(npm install)
• \[\]构建项目(npm run build)
• \[\]设置 NCBI_EMAIL 环境变量
• \[\]选择部署模式（本地或远程）
• \[\]配置Claude桌面
• \[\]使用简单的搜索查询进行测试

⚡ 性能提示

1. 使用查询优化 为了获得更好的搜索结果
2. 批量处理 分析多篇文章时
3. 缓存结果 以避免重复的API调用
4. 监控速率限制 防止API节流
5. 使用特定的PMID 尽可能加快检索速度