PubMed+CiNii MCP服务器
______________________________________________________________________
日本语
PubMed（英语文献）和CiNii Research（日语文献）两者都能检索的合并MCP (Model Context Protocol) 服务器。
机能一覧
PubMed 工具（英文文献）
工具｜说明｜ |--------|------| | search | PubMed搜索（MeSH支持，1-200件） | fetch 单一PMID的抽象检索 | fetch_batch 多个PMID的抽象批量获取 | get_full_text | PMCID的全文取得 | count ｜检索结果件数的取得｜ | find_similar_articles 类似论文的检索 | export_to_ris | RIS格式导出 | get_citation_counts | iCite API中被引用数取得｜ | download_pdfs | PDF下载
CiNii 工具（日文文献）
工具｜说明｜ |--------|------| | search_japanese | CiNii Research搜索（包括摘录）｜ | export_to_ris_japanese 日语论文RIS格式导出
API 获取密钥的方法
NCBI API密钥（PubMed用）
- NCBI 帐户设置 访问
- NCBI 登录帐户（如果没有）
- 「API Key Management」在本节中，单击创建an API密钥
- 复制生成的密钥
.env设置为文件
※ API 没有键时为3req/s、如果有的话req/s 汇率限制
CiNii APP ID（日本語文献用）
- CiNii API 使用登记页 访问
- 「API使用注册“中新注册
- 输入必要事项，记载使用目的并申请
- 注册完成后，通过邮件发送应用程序ID 将显示
※以学术研究为目的的利用为前提
安装和启动
# リポジトリをクローン
git clone https://github.com/your-username/pubmed_cinii_mcp_server.git
cd pubmed_cinii_mcp_server
# 依存関係をインストール
pip install -r requirements.txt
# 環境変数を設定
cp .env.example .env
# .env ファイルを編集して API キーを設定
# サーバーを起動
python pubmed_mcp_server.pyKoyeb 部署到
- GitHub 打开存储库Koyeb 连接
- 设置以下环境变量：
- NCBI_API_KEY - NCBI_EMAIL - CINII_APP_ID - PORT=8000
- 构建命令：
pip install -r requirements.txt - 执行命令：
python pubmed_mcp_server.py
OpenAI/Claude 中的设置
服务器 https://your-app.koyeb.app 中描述的场景，使用以下步骤创建明细表，以便在概念设计中分析体量的体积
{
"mcpServers": {
"pubmed-cinii": {
"url": "https://your-app.koyeb.app/sse"
}
}
}使用例
# PubMed検索
「machine learning in medicine」で論文を検索して
# CiNii検索
「機械学習」に関する日本語論文を検索して
# 日本語論文のRISエクスポート
検索結果をRIS形式でエクスポートして______________________________________________________________________
英语
一个集成的MCP（模型上下文协议）服务器，可以搜索PubMed（英文文献）和CiNii Research（日文文献）。
特性
PubMed工具（英语文学）
| 工具 | 说明 |
|---|---|
search | 支持MeSH的PubMed搜索（1-200个结果） |
fetch | 检索单个PMID的摘要 |
fetch_batch | 批量检索多个PMID的摘要 |
get_full_text | 获取PMCID的全文 |
count | 获取搜索结果计数 |
find_similar_articles | 查找类似文章 |
export_to_ris | 导出为RIS格式 |
get_citation_counts | 通过iCite API获取引用计数 |
download_pdfs | 下载PDF文件 |
瓷瓷工具（日本文学）
| 工具 | 说明 |
|---|---|
search_japanese | 搜索CiNii研究（包括摘要） |
export_to_ris_japanese | 将日语论文导出为RIS格式 |
如何获取API密钥
NCBI API密钥（用于PubMed）
- 访问 NCBI帐户设置
- 使用您的NCBI帐户登录（必要时创建一个）
- 单击API密钥管理部分中的“创建API密钥”
- 将生成的密钥复制到您的
.env文件
※速率限制：无API密钥时为3 req/s，有API密钥时为10 req/s
CiNii APP ID（日本文学）
- 访问 CiNii API开发者注册
- Click "API利用登録“（API Registration）
- 填写所需信息并描述您的使用目的
- 注册后，您将通过电子邮件收到您的APP ID
※使用仅限于学术研究目的
安装和运行
# Clone repository
git clone https://github.com/your-username/pubmed_cinii_mcp_server.git
cd pubmed_cinii_mcp_server
# Install dependencies
pip install -r requirements.txt
# Configure environment variables
cp .env.example .env
# Edit .env file with your API keys
# Start server
python pubmed_mcp_server.py部署到Koyeb
- 将您的GitHub存储库连接到Koyeb
- 设置环境变量：
- NCBI_API_KEY - NCBI_EMAIL - CINII_APP_ID - PORT=8000
- 构建命令：
pip install -r requirements.txt - 运行命令：
python pubmed_mcp_server.py
OpenAI/Claude的配置
如果您的服务器正在运行 https://your-app.koyeb.app:
{
"mcpServers": {
"pubmed-cinii": {
"url": "https://your-app.koyeb.app/sse"
}
}
}使用示例
# PubMed search
Search for papers on "machine learning in medicine"
# CiNii search (Japanese)
Search for Japanese papers on "機械学習"
# Export to RIS
Export search results to RIS format______________________________________________________________________
许可证
麻省理工学院
鸣谢
- 由...驱动 PubMed / NCBI电子公用事业
- 由...驱动 CiNii研究