plmcp
基于Docker的PLMC进化耦合模型训练
用于进化耦合分析的MCP（模型上下文协议）服务器，具有2个核心工具：
- 将A3M格式的蛋白质序列比对转换为A2M格式
- 从序列比对中训练PLMC进化耦合模型
Docker快速入门
方法1：从GitHub中提取预构建映像
最快的开始方式。每次发布时，预构建的Docker镜像都会自动发布到GitHub容器注册表。
# Pull the latest image
docker pull ghcr.io/macromnex/plmc_mcp:latest
# Register with Claude Code (runs as current user to avoid permission issues)
claude mcp add plmc -- docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` -v `pwd`:`pwd` ghcr.io/macromnex/plmc_mcp:latest注： 从项目目录运行。 ` pwd ` 展开到当前工作目录。
要求：
- 码头工人
- 已安装克劳德代码
就是这样！PLMC MCP服务器现在可以在Claude Code中使用。
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方法2：在本地构建Docker镜像
自己构建映像并将其安装到Claude Code中。适用于自定义或离线环境。
# Clone the repository
git clone https://github.com/MacromNex/plmc_mcp.git
cd plmc_mcp
# Build the Docker image
docker build -t plmc_mcp:latest .
# Register with Claude Code (runs as current user to avoid permission issues)
claude mcp add plmc -- docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` -v `pwd`:`pwd` plmc_mcp:latest注： 从项目目录运行。 ` pwd ` 展开到当前工作目录。
要求：
- 码头工人
- 已安装克劳德代码
- Git（克隆存储库）
关于Docker标志：
-i--Claude Code的交互模式--rm--退出后自动移除容器- `
--userid -u:id -g -v--装载您的项目目录，以便容器可以访问您的数据
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验证安装
添加MCP服务器后，您可以验证它是否正常工作：
# List registered MCP servers
claude mcp list
# You should see 'plmc' in the output在Claude Code中，您现在可以使用所有2个PLMC工具：
plmc_convert_a3m_to_a2mplmc_generate_model
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后续步骤
- 详细文件：参见 detail.md 有关以下内容的全面指南：
- 可用的MCP工具和参数 - 本地Python环境设置（Docker的替代方案） - 示例工作流和用例 - 故障排除
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使用示例
注册后，您可以直接在Claude Code中使用PLMC工具。以下是一些常见的工作流程：
示例1：构建进化耦合模型
I have created an A3M file for subtilisin BPN' at /path/to/subtilisin.a3m. Can you help build an EV model using the plmc MCP and create it in /path/to/plmc/ directory? The wild-type sequence is at /path/to/wt.fasta.示例2：将A3M转换为A2M格式
I have an A3M alignment file at /path/to/protein.a3m from MMseqs2. Can you convert it to A2M format and remove query gaps using plmc_convert_a3m_to_a2m, saving to /path/to/protein.a2m?示例3：完整的EV模型工作流
I have an MSA in A3M format at /path/to/protein.a3m and wild-type sequence at /path/to/wt.fasta.
1. First convert the A3M to A2M format using plmc_convert_a3m_to_a2m
2. Then train a PLMC model using plmc_generate_model, saving parameters to /path/to/plmc/______________________________________________________________________
故障排除
找不到Docker？
docker --version # Install Docker if missing未找到克劳德代码？
# Install Claude Code
npm install -g @anthropic-ai/claude-code模型训练失败？
- 确保A2M对齐文件的格式正确（无查询间隙）
- 验证野生型序列与比对焦点序列匹配
- 检查比对是否具有足够的序列多样性
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许可证
麻省理工学院——基于 PLMC 黛比·马克斯实验室。