非官方开放目标MCP服务器🧬
非官方模型上下文协议服务器，用于访问开放目标平台数据，用于基因药物疾病关联研究。
由开发 增强自然
✅ 已验证功能
使用实时开放目标API数据的所有6个工具：
- 🎯 目标搜索 -基因符号、名称、描述（BRCA1、TP53等）
- 🦠 疾病搜索 -名称、同义词、描述（癌症、糖尿病等）
- 🔗 目标疾病协会 -来自20多个数据库的证据评分
- 📊 疾病目标总结 -优先治疗目标
- 🧬 目标详细信息 -全面的基因/蛋白质信息
- 🎭 疾病详情 -用本体论完成疾病概况
🚀 快速开始
# Install and build
npm install
npm run build
# Run the server
node build/index.js📋 MCP客户端配置
克劳德桌面
{
"mcpServers": {
"opentargets-server": {
"command": "node",
"args": ["/path/to/opentargets-server/build/index.js"]
}
}
}其他MCP客户端
node /path/to/opentargets-server/build/index.js🛠️ 可用工具
🎯 search_targets
按基因符号、名称或描述搜索治疗靶点
{
"name": "search_targets",
"arguments": {
"query": "BRCA1", // Gene symbol, name, or description
"size": 10 // Optional: 1-500 results (default: 25)
}
}示例结果：
- Kick1 （ENSG00000012048）-BRCA1 DNA修复相关
- Kick2 （ENSG00000139618）-BRCA2 DNA修复相关
- BRIP1 （ENSG00000136492）-BRCA1相互作用DNA解旋酶1
🦠 search_diseases
按名称、同义词或描述搜索疾病
{
"name": "search_diseases",
"arguments": {
"query": "breast cancer", // Disease name, synonym, or description
"size": 10 // Optional: 1-500 results (default: 25)
}
}🔗 get_target_disease_associations
通过证据评分获取目标疾病关联
{
"name": "get_target_disease_associations",
"arguments": {
"targetId": "ENSG00000012048", // Target Ensembl ID
"size": 10 // Optional: 1-500 results
}
}或
{
"name": "get_target_disease_associations",
"arguments": {
"diseaseId": "EFO_0000305", // Disease EFO ID
"size": 10 // Optional: 1-500 results
}
}📊 get_disease_targets_summary
获得与疾病相关的优先目标
{
"name": "get_disease_targets_summary",
"arguments": {
"diseaseId": "EFO_0000305", // Disease EFO ID (required)
"size": 20 // Optional: 1-500 targets (default: 50)
}
}🧬 get_target_details
获取全面的目标信息
{
"name": "get_target_details",
"arguments": {
"id": "ENSG00000012048" // Target Ensembl gene ID
}
}🎭 get_disease_details
获取全面的疾病信息
{
"name": "get_disease_details",
"arguments": {
"id": "EFO_0000305" // Disease EFO ID
}
}📚 资源模板
通过标准化的URI访问开放目标数据：
opentargets://target/{ensemblId}-完整的目标信息opentargets://disease/{efoId}-完整的疾病信息opentargets://drug/{chemblId}-药品信息opentargets://association/{targetId}/{diseaseId}-关联证据opentargets://search/{query}-搜索结果
🧪 真实世界的例子
癌症研究工作流程
# 1. Search for cancer-related targets
{"name": "search_targets", "arguments": {"query": "oncogene", "size": 10}}
# 2. Get detailed info for specific target
{"name": "get_target_details", "arguments": {"id": "ENSG00000012048"}}
# 3. Find all diseases associated with BRCA1
{"name": "get_target_disease_associations", "arguments": {"targetId": "ENSG00000012048"}}
# 4. Get top targets for breast cancer
{"name": "get_disease_targets_summary", "arguments": {"diseaseId": "EFO_0000305", "size": 20}}药物研发管道
# 1. Search for Alzheimer's disease
{"name": "search_diseases", "arguments": {"query": "Alzheimer", "size": 5}}
# 2. Get disease details
{"name": "get_disease_details", "arguments": {"id": "EFO_0000249"}}
# 3. Find prioritized therapeutic targets
{"name": "get_disease_targets_summary", "arguments": {"diseaseId": "EFO_0000249", "size": 30}}🔬 数据来源和标准
Open Targets集成了20多个数据库：
- 中国 -药物和化合物数据
- 组合 -基因和蛋白质注释
- EFO -实验因素本体论
- 克林瓦尔 -临床变异数据
- GWAS 目录 -全基因组关联研究
- UniProt -蛋白质序列和功能
- 反应组 -生物途径
- 还有更多。..
标准化标识符：
- 目标：Ensembl基因ID（例如ENSG00000012048）
- 疾病EFO ID（例如 EFO_0000305）
- 药物：ChEMBL ID（例如CHEMBL1234）
🏗️ 建筑
- TypeScript 具有强大类型安全性的实施
- 图查询语言 高效数据检索的查询
- MCP协议 兼容JSON-RPC通信
- 错误处理 经过全面验证
- 生产就绪 具有30秒超时和适当的日志记录
📊 api信息
- 基本URL:
https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql - 版本：开放目标v25.0.1
- 速率限制：用于研究用途
- 认证：无需
- 格式：GraphQL查询，JSON响应
🤝 贡献
此服务器由开发和维护 增强自然。有关增强功能：
- 分叉存储库
- 进行更改
- 提交拉取请求
支持
对于以下问题：
- MCP服务器：检查服务器日志和错误输出
- 开放目标API：参观 platform.opentargets.org
- GraphQL查询：使用 打开目标GraphQL浏览器
引用
如果您在研究或出版物中使用此项目，请按如下方式引用：
author = {Moudather Chelbi},
title = {OpenTargets MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/OpenTargets-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}