OLS MCP Server

OLS MCP服务器

众所周知，大型语言模型不善于处理本体论，经常会产生术语或其标识符的幻觉。该服务器提供了一种可靠的方法来访问和查询本体，确保信息准确和最新。

Speaking ontologies

此存储库包含一个模型上下文协议（MCP）服务器，提供对 本体查找服务（OLS） API该服务器使AI助手能够从各种生物和医学本体中搜索和检索本体术语、概念和层次结构。

该服务器旨在与Claude Desktop等人工智能助手无缝协作，允许用户使用自然语言查询本体。它支持广泛的本体论，包括基因本体论（GO）、人类表型本体论（HP）和许多其他本体论。

The mcp server in action in Claude Desktop.

不使用（下图顶部）和使用mcp服务器（下图底部）：

With and without mcp server in claude desktop.

特性

OLS MCP服务器提供以下工具：

• 🔍 搜索词：通过灵活的过滤跨本体搜索术语
• 📚 搜索本体论：发现可用的本体及其元数据
• ℹ️ 获取本体信息：检索有关特定本体的详细信息
• 🎯 获取学期信息：获取有关特定条款的全面详细信息
• 🌳 获得定期子女：在本体层次结构中查找直接的子术语
• 👨‍👩‍👧‍👦 获取定期祖先：检索父术语和祖先
• 🤖 查找类似术语：使用LLM嵌入发现语义相似的术语

支持的本体论

服务器可以使用通过EBI本体查找服务提供的任何本体，包括：

• 去 （基因本体论）
• EFO （实验因素本体论）
• 惠普 （人类表型本体论）
• 盟多 （君主病本体论）
• 飞燕 （具有生物意义的化学实体）
• UBERON （优步解剖学本体论）
• 还有更多。..

安装

先决条件

• Python 3.12或更高版本
• 紫外线 包管理器

安装uv（如果尚未安装）

# macOS/Linux
curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh

# Windows
powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"

安装OLS MCP服务器

# Clone the repository
git clone https://github.com/seandavi/ols-mcp-server.git
cd ols-mcp-server

# Install dependencies
uv sync

# Install as a tool (optional)
uv tool install .

配置

Claude桌面配置

要将此服务器与Claude Desktop一起使用，请将以下配置添加到您的Claude Desktop配置文件中：

macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json 视窗: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "ols-mcp-server": {
      "command": "uv",
      "args": [
        "tool",
        "run",
        "ols-mcp-server"
      ],
      "env": {}
    }
  }
}

替代配置（如果作为工具安装）

如果您将服务器安装为uv工具，则可以使用以下更简单的配置：

{
  "mcpServers": {
    "ols-mcp-server": {
      "command": "ols-mcp-server",
      "args": [],
      "env": {}
    }
  }
}

使用示例

配置Claude Desktop后，您可以使用自然语言与OLS API进行交互：

搜索术语

“在人类表型本体中搜索与糖尿病相关的术语”

“在基因本体论中查找所有包含‘凋亡’的术语”

获取本体信息

“告诉我基因本体论”

“化合物有哪些本体论？”

探索术语层次结构

“给我看看GO中‘代谢过程’一词的孩子们”

“HP:0000118的祖先术语是什么？”

查找类似术语

“在基因本体论中找到类似于‘心脏发育’的术语”

开发设置

建立发展环境

1. 克隆存储库:

   git clone 
   cd ols-mcp-server

1. 安装依赖项:

   uv sync --extra dev

1. 激活虚拟环境:

   source .venv/bin/activate  # macOS/Linux
   # or
   .venv\Scripts\activate     # Windows

代码质量

# Format code
uv run ruff format

# Lint code
uv run ruff check

# Type checking
uv run mypy src/

添加新功能

1. 添加新工具 在……里面 src/ols_mcp_server/server.py 使用 @mcp.tool() 装饰器
2. 创建模型 在……里面 src/ols_mcp_server/models.py 用于结构化响应
3. 更新测试 涵盖新功能
4. 更新文档 根据需要

API文档

服务器与EBI本体查找服务API v2交互。关键端点：

• 搜索: https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/search
• 本体论: https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/v2/ontologies
• 条款: https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/terms
• 层次结构: https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/v2/ontologies/{ontology}/classes/{term}/children

故障排除

常见问题

1. 找不到服务器：确保Claude配置中指向服务器的路径正确
2. 权限错误：确保服务器脚本可执行
3. 网络错误：检查您的互联网连接和防火墙设置
4. Python版本确保你使用的是Python 3.12或更高版本

贡献

1. 分叉存储库
2. 创建要素分支： git checkout -b feature-name
3. 进行更改
4. 运行测试： uv run pytest
5. 格式代码： uv run ruff format
6. 提交拉取请求

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致谢

• EBI本体查找服务 用于提供API
• FastMCP 对于MCP框架
• 维护这些宝贵资源的本体论社区