Oakvar MCP

OakVar MCP服务器

A. 模型上下文协议（MCP） 暴露的服务器 OakVar 的的基因组变异分析功能提供给人工智能助手。

支持的MCP客户端： Claude Desktop、ChatGPT Desktop和其他MCP兼容客户端。

快速开始

# 1. Install OakVar and the MCP server
pip install oakvar oakvar-mcp

# 2. Setup OakVar (first time only)
ov system setup

# 3. Configure your MCP client (see SETUP.md)

📖 完整的设置说明：参见 设置.md

这是什么？

此MCP服务器允许您通过Claude或ChatGPT等AI助手控制OakVar。您可以简单地问：

• *“安装了哪些OakVar模块？”*
• *“安装ClinVar注释器”*
• *“在带有gnomAD注释的VCF文件上运行OakVar”*
• *“显示结果中的致病性变体”*

特性

建筑

┌─────────────────┐     MCP Protocol     ┌──────────────────┐
│   Claude /      │◄────────────────────►│  OakVar MCP      │
│   ChatGPT       │    (stdin/stdout)    │     Server       │
└─────────────────┘                      └────────┬─────────┘
                                                  │
                                                  │ Python API
                                                  ▼
                                         ┌──────────────────┐
                                         │     OakVar       │
                                         │ Variant Analysis │
                                         └──────────────────┘

安装

注意：OakVar和此MCP服务器必须安装在同一Python环境中。如果使用虚拟环境，请将MCP客户端配置为使用该环境的完整路径 oakvar-mcp 可执行。

来源

git clone https://github.com/zaroganos/oakvar-mcp.git
cd oakvar-mcp
pip install -e .

配置

克劳德桌面

增添 claude_desktop_config.json:

{
  "mcpServers": {
    "oakvar": {
      "command": "oakvar-mcp"
    }
  }
}

ChatGPT桌面

增添 chatgpt_mcp_config.json:

{
  "mcpServers": {
    "oakvar": {
      "command": "oakvar-mcp"
    }
  }
}

📖 配置文件位置和故障排除：参见 设置.md

可用工具（19）

发展

# Clone and install in dev mode
git clone https://github.com/zaroganos/oakvar-mcp.git
cd oakvar-mcp
pip install -e ".[dev]"

# Run tests
pytest tests/ -v

项目结构

oakvar-mcp/
├── oakvar_mcp/
│   ├── __init__.py
│   ├── __main__.py
│   └── server.py
├── tests/
│   └── test_server.py
├── pyproject.toml
├── README.md
├── SETUP.md
├── claude_desktop_config.example.json
└── chatgpt_mcp_config.example.json

许可证

MIT许可证

链接

• OakVar文档
• 模型上下文协议