nf-core MCP Server

nf-core MCP服务器

用于管理和导航nf-core管道存储库的MCP服务器。

特性

• 列出本地nf核心存储库（rnaseq、sarek、模块、工具）
• 访问管道配置和工作流
• 搜索管道文件
• 探索管道模块

安装

NPM版本

cd nf-core_mcp
npm install

# Build TypeScript
npm run build

# Start the server
npm start

Docker版本

# Build the Docker image
cd nf-core_mcp
docker build -t nf-core-mcp .
# Run the container
docker run -i --rm \
  -v "/path/to/your/workspace:/app/workspace" \
  nf-core-mcp

添加nf核心存储库

要将新的nf-core管道存储库添加到工作区，请执行以下操作：

1. 克隆存储库:

   # Navigate to your workspace directory (example for Windows)
   cd /path/to/your/workspace

   # Clone desired nf-core repositories
   git clone https://github.com/nf-core/rnaseq.git
   git clone https://github.com/nf-core/sarek.git
   git clone https://github.com/nf-core/modules.git
   # Add any other nf-core pipeline you want to manage

1. 目录结构:

您的工作区应该如下所示：

   workspace/
   ├── rnaseq/
   ├── sarek/
   ├── modules/
   └── your-new-pipeline/

1. 验证安装:

启动MCP服务器后，使用 list-pipelines 命令以验证是否检测到新管道：

   list-pipelines

注意：MCP服务器将自动检测和管理工作区目录中的任何nf-core管道存储库。

可用工具

1. list-pipelines

- 列出工作区中的所有nf核心管道 - 显示配置文件状态 - 无需参数

1. get-pipeline-modules

- 从管道获取模块信息 - 参数： - pipeline：管道名称（rnaseq、sarek或模块）

1. search-pipelines

- 在管道文件中搜索 - 参数： - query：搜索查询 - pipeline （可选）：要搜索的特定管道

可用资源

1. pipeline-config

- 获取管道配置 - URI格式： pipeline://{name}/config - 参数： - name：管道名称（rnaseq、sarek或模块）

1. pipeline-workflow

- 获取管道工作流 - URI格式： pipeline://{name}/workflow - 参数： - name：管道名称（rnaseq、sarek或模块）

使用Cursor IDE

使用NPX（推荐）

将以下内容添加到您的 mcp.json:

{
  "mcpServers": {
    "nf-core": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "nf-core-mcp"]
    }
  }
}

使用Docker

将以下内容添加到您的 mcp.json:

{
  "mcpServers": {
    "nf-core": {
      "command": "docker",
      "args": [
        "run",
        "-i",
        "--rm",
        "-v",
        "/path/to/your/workspace:/app/workspace",
        "nf-core-mcp"
      ]
    }
  }
}

示例用法

在Cursor中使用MCP服务器：

# List available pipelines
list-pipelines

# Get modules from rnaseq pipeline
get-pipeline-modules pipeline=rnaseq

# Search in all pipelines
search-pipelines query="fastqc"

# Search in specific pipeline
search-pipelines query="fastqc" pipeline=rnaseq

# Access pipeline configuration
pipeline://rnaseq/config

# Access workflow
pipeline://rnaseq/workflow

运行服务器

使用NPM

# If installed globally
nf-core-mcp

# If installed locally
npx nf-core-mcp

# Using npx without installation
npx -y nf-core-mcp

使用Docker

docker run -it --rm \
  -v /path/to/your/workspace:/app/workspace \
  nf-core-mcp

发展

# Install dependencies
npm install

# Build TypeScript
npm run build

# Run in development mode
npm run dev

# Run tests
npm test

# Run linter
npm run lint

许可证

麻省理工学院