MolTransService
MolTransService 是用于分子连接传输工作流程的MCP服务。它公开了一小部分工具，让Codex等代理：
- 将自然语言研究问题转化为结构化的MST传输报告，
- 构建L2扩展分子（EM）结构，
- 建造L3全连接结构，
- 然后执行下游shell工作流，如果
MolSimTransport并且安装了所需的外部二进制文件。
该服务是为分子运输工作而构建的，而不是作为一个通用的化学工具包。
推荐环境
如果可能的话，使用Linux或WSL2。
这个项目在Linux/WSL中更容易运行，因为：
MolSimTransport工作流的外壳很重，DFTB+集成主要与Linux风格的环境相关，- 当Codex、MCP服务器和MST命令都在同一环境中运行时，路径处理更简单，
- SSH、Python和CLI自动化通常比Windows/WSL混合设置更不脆弱。
工作流的某些部分可以使用纯Windows，但建议使用Linux或WSL。
此MCP暴露了什么
MCP服务器公开了三个工具：
initialize_transport_workflow
返回运输辅助系统提示和参考文档路径。先叫这个。
report_generator
解析研究查询，从本地报告数据库中检索类似的报告，并生成传输计算报告。
structure_builder
根据用户提供的分子文件和参数构建L1/L2/L3输入结构。
服务器在以下位置作为可流式传输的HTTP MCP端点运行：
http://127.0.0.1:9000/mcp外部先决条件
在使用完整工作流程之前，请自行安装以下外部软件。
1.MolSimTransport
安装 MolSimTransport 首先，如果你想执行生成的工作流，而不仅仅是生成报告。
有关安装详细信息，请直接参考官方存储库：
https://github.com/yuxi-TJU/MolSimTransport如果你只想使用 report_generator，MST不是必需的。
2.DFTB+
安装 DFTB+ 如果您计划运行L3工作流。
DFTB+ 是MST手册中描述的L3工作流使用的外部电子结构后端。在实践中：
- L1和L2报告生成/结构构建不需要
DFTB+, - L3执行确实需要
DFTB+, - 如果你想从Codex进行端到端执行，安装它是最安全的
DFTB+在最前面（突出）位置的
确保 dftb+ 可以从shell调用：
dftb+ --version3.OpenAI-兼容LLM API访问
报告生成管道调用与OpenAI兼容的聊天完成端点。您需要：
- API密钥，
- API URL，
- 以及此存储库的模型注册表支持的模型名称。
Python设置
1.创建和激活环境
示例 venv:
python -m venv .venv
source .venv/bin/activate2.安装Python依赖项
pip install -r requirements.txt如果 rdkit 无法从安装 pip 在您的系统上，使用首选的包管理器单独安装它，然后重新运行其余的依赖项。
LLM配置
此存储库从名为的本地文件加载报告生成设置 .env_for_gen_report.
通过复制模板创建它：
cp .env.example .env_for_gen_report然后编辑 .env_for_gen_report 并且至少设置：
LLM_API_KEY=your-real-api-key
LLM_API_URL=https://api.openai.com/v1/chat/completions
PARSE_MODEL=gpt5-nano
GEN_MODEL=gpt5-nano笔记：
.env_for_gen_report旨在保持本地化，不应承诺。- 代码加载
.env_for_gen_report自动。 LLM_API_URL可以指向任何与OpenAI兼容的端点。
启动MCP服务器
从存储库根目录：
python mcp_server.py默认情况下，这将在以下位置启动可流式传输的HTTP MCP服务器：
127.0.0.1:9000/mcp在Codex使用该服务时，保持此进程运行。
配置Codex
在Codex中注册此MCP服务器的最简单方法是通过 codex mcp add 命令。
1.添加服务器
codex mcp add mol_trans_service --url http://127.0.0.1:9000/mcp2.验证食品法典委员会是否可以看到它
codex mcp list如果需要，请检查注册条目：
codex mcp get mol_trans_service如果稍后更改服务器URL，请删除并重新添加：
codex mcp remove mol_trans_service
codex mcp add mol_trans_service --url http://127.0.0.1:9000/mcp重要建议
运行Codex和 mcp_server.py 尽可能在相同的Linux/WSL环境中。
这避免了：
- Windows与WSL路径不匹配，
- shell命令差异，
- SSH凭证混淆，
- 以及localhost/网络转发问题。
食品法典的基本使用模式
注册MCP服务器后，典型的会话是：
- 开始
mcp_server.py. - 在同一项目/工作区中打开Codex。
- 请Codex致电
initialize_transport_workflow第一。 - 请食品法典委员会为您的运输问题生成一份报告。
- 提供分子
.xyz如果需要L2/L3结构建筑，则可以使用文件和锚索引。 - 让Codex打电话
structure_builder. - 如果MST和
DFTB+安装后，让Codex从生成的报告中执行shell工作流。
示例提示：
Call initialize_transport_workflow first, then generate a transport report for a pyridine-anchored molecular junction on Au electrodes.Use structure_builder at L2. My molecule file is /absolute/path/molecule.xyz, anchors are [1, 12], and workdir is /absolute/path/run_dir.重要输入规则
structure_builder 需要绝对路径
通话时 structure_builder:
workdir必须是绝对路径，- 输入分子路径也应该是绝对的，
- L2/L3的锚是面向用户的API中基于1的原子索引。
报告生成和执行是两个独立的问题
存储库可以做几件不同的事情：
- 仅报告生成，
- 仅结构建筑，
- 或完整的端到端执行。
您不需要MST或 DFTB+ 只是为了生成一份报告。 如果您希望Codex自己运行计算工作流，则确实需要外部可执行文件。
无需食品法典委员会的直接本地检测
您可以直接从命令行测试报告生成：
python -m mol_trans_service.report_generator.gen_report_cli \
--query "Study the conductance trend of pyridine-anchored molecular junctions on Au electrodes" \
--reports-dir mol_trans_service/report_generator/report_database \
--output-dir ./generated_outputs您还可以启动MCP服务器，并将另一个兼容的MCP客户端连接到：
http://127.0.0.1:9000/mcp存储库注释
- MCP的主要入口点是 mcp_server.py.
- 工具编排层是 mol_transervice/main.py.
- 报告生成的核心在于 mol_transervice/report_generator/.
- 建筑工人住在 mol_transervice/structure_builder/.
- 发电机使用的MST参考手册是 mol_trans_service/report_generator/手动/MST_manual.md.
常见陷阱
- 忘记创造
.env_for_gen_report - 在Windows上运行Codex，同时MCP服务器和文件位于WSL中
- 尝试执行L3工作流，而无需
DFTB+ - 提供相对路径
structure_builder - 期望安装此存储库
MolSimTransport为你
摘要
如果你想要最短的工作路径：
- 使用Linux或WSL2。
- 安装
MolSimTransport. - 安装
DFTB+如果您要运行L3或完成端到端工作流。 - 使用安装Python依赖项
pip install -r requirements.txt. - 创建
.env_for_gen_report从.env.example. - 使用启动服务器
python mcp_server.py. - 在Codex中注册：
codex mcp add mol_trans_service --url http://127.0.0.1:9000/mcp- 在Codex中，请致电
initialize_transport_workflow第一。