MCP Pubmed

mcp出版

A. 模型上下文协议（MCP） 通过免费的NCBI电子实用程序API，让Claude（或任何MCP-兼容AI）直接访问PubMed和PubMed Central的服务器。

无需订阅。没有第三方服务。纯NCBI。

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特性

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需求

• python 3.11 或更高
• 点

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安装

1--克隆存储库

git clone https://github.com/benoitleq/mcp-pubmed.git
cd mcp-pubmed

2--创建虚拟环境

python -m venv .venv

激活它：

• Windows（PowerShell） : .venv\Scripts\Activate.ps1
• Windows（CMD） : .venv\Scripts\activate.bat
• macOS/Linux : source .venv/bin/activate

3--安装依赖项

pip install -r requirements.txt

4-（可选）设置NCBI API密钥

在没有密钥的情况下，NCBI API仅限于 3个请求/秒. 使用免费密钥，您可以获得 10个请求/秒.

把钥匙拿到 → 设置→ API密钥管理。

复制示例env文件并添加密钥：

cp .env.example .env
# then edit .env and uncomment the NCBI_API_KEY line

或者直接在shell中设置它：

export NCBI_API_KEY=your_key_here      # macOS / Linux
$env:NCBI_API_KEY = "your_key_here"   # Windows PowerShell

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配置Claude桌面

编辑 claude_desktop_config.json （位置取决于您的操作系统）：

在内部添加以下块 "mcpServers" 对象：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["C:/path/to/mcp-pubmed/main.py"],
      "env": {
        "NCBI_API_KEY": "your_key_here"
      }
    }
  }
}

Windows提示： 在路径中使用正斜杠或双反斜杠。 如果 python 如果不在PATH中，请使用虚拟环境的完整路径： "C:/path/to/mcp-pubmed/.venv/Scripts/python.exe"

重新启动克劳德桌面。您应该看到可用的5个PubMed工具。

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配置克劳德代码（VS代码/CLI）

从项目根目录运行此命令：

claude mcp add pubmed python main.py

或者手动将其添加到您的Claude Code设置中(.claude/settings.json):

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["main.py"],
      "env": {
        "NCBI_API_KEY": "your_key_here"
      }
    }
  }
}

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用法示例

连接后，自然地问克劳德：

Search for recent meta-analyses on SGLT2 inhibitors and heart failure.

Find the 5 latest meta-analyses on metformin and cancer.

Find all articles published by Topol EJ since 2020.

Get the abstract for PMID 33982811.

Is the full text of PMID 34591945 available?

Find articles related to PMID 31475795.

PubMed查询语法

这 search_pubmed 该工具接受标准PubMed查询语法：

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费率限制

服务器处理 429个速率限制错误 和 5xx服务器错误 自动执行，最多可重试3次，并呈指数级回退。

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项目结构

mcp-pubmed/
├── main.py            # MCP server — all tools defined here
├── requirements.txt   # Python dependencies
├── pyproject.toml     # Package metadata
├── .env.example       # Environment variable template
└── README.md

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运作原理

Claude ──MCP── main.py ──HTTPS── NCBI E-utilities API
                                 ├── esearch.fcgi  (search)
                                 ├── efetch.fcgi   (fetch records / full text)
                                 └── elink.fcgi    (related articles)

1. 克劳德称之为工具（例如。 search_pubmed).
2. main.py 向相应的NCBI端点构建请求。
3. XML/JSON响应被解析并格式化为纯文本。
4. 克劳德收到结果并将其呈现给您。

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MCP与技能——选择哪种方法？

有两种方法可以让克劳德访问PubMed：

1. 这个项目 --MCP服务器（Python进程、显式工具）
2. 技能 -Markdown提示文件，指示Claude通过内置的NCBI API直接调用 web_fetch 能力（参见例如。 耻骨技能)

比较

何时选择MCP

• 你需要 有保证的、可重复的行为 每次通话
• 您正在为 团队或应用程序 （不仅仅是个人使用）
• 你需要 复杂逻辑：分页、缓存、结构化输出、身份验证
• 你想让PubMed暴露给 非克劳德客户 通过MCP标准

何时选择技能

• 个人使用 在Claude Desktop或Claude Code中——你只是想让它工作
• 你想要 零摩擦：无需安装，无需配置，无需管理进程
• 该任务是偶然的，正确性变化是可以接受的

底线

对于单独使用，技能更简单，也足够好。 对于生产、团队或复杂的工作流程，MCP更为稳健。

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故障排除

“没有名为mcp的模块” → 确保您的虚拟环境已激活并运行 pip install -r requirements.txt.

“无法连接到NCBI” → 检查您的互联网连接。NCBI位于 eutils.ncbi.nlm.nih.gov.

速率限制错误（429） → 添加一个NCBI API密钥（请参见上文）。

克劳德没有看到工具 → 检查路径是否正确 claude_desktop_config.json 是绝对和正确的。 → 更改任何配置后重新启动Claude Desktop。

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许可证

麻省理工学院——个人和商业用途免费。

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致谢

建立在 NCBI电子实用程序API （免费，无需订阅）和 模型上下文协议 通过Anthropic。