Nextflow Developer Tools MCP

Nextflow开发工具MCP

为Nextflow开发和测试设计的模型上下文协议（MCP）服务器，使用FastMCP构建。

\[！警告\] 此MCP旨在开发Nextflow本身，而不是编写Nextflow管道。

概述

此MCP为Nextflow开发提供了一套工具，包括：

• 从源头构建Nextflow
• 运行测试（集成测试、特定测试、插件测试）
• 运行Nextflow的开发版本
• 管理Nextflow开发目录
• 访问Nextflow文档

安装

先决条件

• 克劳德桌面应用程序
• Python 3.8+带pip
• Nextflow的Git存储库（本地克隆）

安装FastMCP以在Claude Desktop中使用

1. 安装FastMCP CLI工具：

pip install fastmcp

1. 克隆此存储库：

git clone https://github.com/yourusername/nextflow-dev-mcp.git
cd nextflow-dev-mcp

1. 在Claude Desktop中安装MCP：

fastmcp install mcp-nextflow.py

这将使MCP在Claude Desktop应用程序中可用。

使用FastMCP安装以在Cursor中使用

1. 获取包含FastMCP CLI工具的虚拟环境路径。如果您正在使用 uv 这将在 .venv 目录。
2. 获取Nextflow克隆存储库的目录。
3. 将以下json添加到游标MCP服务器：

{
    "mcpServers": {
        "server-name": {
            "command": "/path/to/your/.venv/bin/python",
            "args": [
                "/path/to/your/mcp-nextflow/mcp-nextflow.py"
            ],
            "env": {
                "NEXTFLOW_DIR": "/path/to/your/nextflow"
            }
        }
    }
}

然后，您应该能够在Cursor中使用MCP。在代理模式下，让代理“测试nf amazon插件”，它应该会运行 make test module=plugins:nf-amazon.

设置环境变量

您可以在安装过程中指定Nextflow目录：

NEXTFLOW_DIR=/path/to/your/nextflow fastmcp install mcp-nextflow.py

与克劳德一起使用

安装后，您可以在Claude Desktop应用程序中访问MCP：

1. 打开克劳德桌面
2. 点击 工具 Claude界面中的菜单按钮
3. 选择 Nextflow开发工具 从已安装的MCP列表中

与光标一起使用

光标 是一个与Claude配合使用的AI驱动的代码编辑器。要将MCP与光标一起使用：

1. 确保您已按照上述说明安装了MCP
2. 在Cursor中打开Nextflow项目
3. 在Cursor中与Claude聊天时，您可以参考MCP：

   Using the Nextflow Developer Tools, run the integration tests for the nf-amazon plugin