BioContextAI Knowledgebase MCP

BioContextAI-知识库MCP

 ](https://pypi.org/project/biocontext_kb/)     ](https://github.com/biocontext-ai/knowledgebase-mcp/actions/workflows/ci.yaml) 

用于生物医学研究的模型上下文协议（MCP）服务器，在人工智能系统和生物医学资源之间提供标准化的连接层。文档和使用指南可在以下网址获得：https://biocontext.ai

概述

BioContextAI知识库MCP 是通用生物医学资源的MCP服务器实现，使代理大型语言模型（LLM）能够检索经过验证的信息并执行特定领域的任务。与之前需要为每个资源进行自定义集成的方法不同，BioContextAI KB MCP通过模型上下文协议提供了一个统一的访问层，实现了AI系统和特定领域数据源之间的互操作性。

知识库MCP可通过以下两种方式获得：

• 用于本地托管的开源软件包（请参阅 安装) - 为Claude Desktop、IDE或您自己的代理系统选择此选项
• 远程服务器，用于在https://biocontext-kb.fastmcp.app/mcp（仅用于测试目的，以合理使用为准）

\[！警告\] 如果可能，我们建议您在本地运行BioContextAI知识库MCP，以避免速率限制，并确保该服务可用于依赖远程托管的应用程序。

知识库MCP是更广泛的 BioContextAI项目The BioContextAI注册表 对公开生物医学数据库和分析工具的社区服务器进行编目，为社区提供工具发现和分发的资源。注册表索引可以在以下位置找到：https://biocontext.ai/registry.

已实施的工具

BioContextAI知识库MCP公开了许多外部生物医学API。您可以将BioContextAI视为LLM的浏览器，使其能够在这些知识库中查找相关信息。使用BioContextAI知识库MCP时，请确保遵守相应服务的使用限制（例如费率限制）。 如果您在研究中使用这些服务的数据，请务必引用BioContextAI以及相应的数据源/工具。

\[！警告\] 通过这些API访问的数据不受BioContextAI知识库MCP许可证的保护。您有责任确保您对数据的使用符合允许的做法。

工具

• 抗体登记 -基因id转换
• 生物Rxiv/medRxiv -最近的预印本搜索和元数据访问
• Ensembl -基因id转换
• 欧洲PMC -文献检索和全文检索
• 谷歌学术 -学术出版物和作者搜索（由于费率限制，仅供本地使用）
• InterPro -蛋白质家族、结构域和功能位点分类
• KEGG -途径、基因和药物相互作用数据库（由于许可限制，仅可供当地使用）
• 公开目标 -目标疾病关联
• 壮丽 -单细胞RNA测序细胞类型标记
• 骄傲 -用于质谱数据的蛋白质组学数据库
• 蛋白质图谱 -蛋白质表达数据
• 反应组 -路径数据库
• 字符串 -蛋白质相互作用网络
• AlphaFold数据库 -蛋白质三级结构预测

OpenAPI MCP服务器

FastMCP 允许将遵循OpenAPI规范的REST端点轻松转换为MCP服务器。我们添加了代码，根据配置文件提供的模式自动创建此类服务器，以便部署自己版本的BioContextAI的用户可以轻松扩展可用工具的列表。配置文件位于 src/biocontext_kb/openapi/config.yaml默认情况下，不包括OpenAPI服务器，但您可以编辑配置文件以添加服务。

安装

1. 使用Claude Desktop进行本地设置:

编辑您的 claude_desktop_config.json 文件。要找到它，请单击您的姓名，然后单击“设置”。接下来，点击“开发人员”查看“本地MCP服务器”，然后点击“编辑配置”。

{
  "mcpServers": {
    "biocontext_kb": {
      "command": "uvx", // On Mac, use "brew install uv"
      "args": [
        "biocontext_kb@latest"
      ],
      "env": {
        "UV_PYTHON": "3.12"
      }
    }
  }
}

\[！警告\] 不要忘记重新启动Claude以应用更改。

1. 本地设置 uv

使用流式HTTP和uvicorn运行服务器：

export MCP_ENVIRONMENT=PRODUCTION && export PORT=8000 && uvx biocontext_kb

使用stdio传输运行服务器：

export MCP_ENVIRONMENT=DEVELOPMENT && uvx biocontext_kb

1. 使用IDE进行本地设置

更改编码代理的配置文件，例如VS Code(.vscode/mcp.json)，光标(.cursor/mcp.json)，或WindSurf(.codeium/windsurf/mcp_config.json):

{
  // VS Code: Use "servers" instead of "mcpServers"
  "mcpServers": {
    "biocontext_kb": {
      // if it doesn't work, replace with the `which uvx` path (installation via Homebrew recommended on macOS)
      "command": "uvx",
      "args": [
        "biocontext_kb@latest"
      ],
    }
  }
}

使用Windows和WSL2时，上述配置需要进行如下调整：

{
  // VS Code: "servers"
  "mcpServers": {
    "biocontext_kb": {
      "command": "wsl",
      "args": [
        "~/.local/bin/uvx", // set to the path to your `uvx`
        "biocontext_kb"
      ]
    }
  }
}

1. 码头工人

克隆此存储库的最新版本：

git clone https://github.com/biocontext-ai/knowlegebase-mcp.git
cd knowlegebase-mcp

然后构建容器，与多名uvicorn工人一起运行gunicorn：

# Build the docker container
docker build -t biocontext_kb:latest .
docker run -p 127.0.0.1:8000:8000 biocontext_kb:latest

这将暴露您的MCP服务器：http://127.0.0.1:8000/mcp/

\[！警告\] 对于公共部署，您应该禁用不必要的端口，并通过反向代理（例如Nginx或Caddy）访问MCP服务器。您可能还希望将运行用户和目录配置为具有有限权限，在无根设置中使用Docker或podman，并采取其他安全措施，如Cloudflare的DDOS保护或fail2ban。

MCP客户端

要开发自己的使用MCP服务器的代理系统，您可能需要考虑以下一些选项：

• PydanticAI
• FastMCP
• Langchain MCP适配器
• mcp使用

出版物和文件

您可以在此处找到我们的自然生物技术通信： https://www.nature.com/articles/s41587-025-02900-9.

如果我们的工作对你的研究有用，请按如下方式引用。

@article{BioContext_AI_Kuehl_Schaub_2025,
  title={BioContextAI is a community hub for agentic biomedical systems},
  url={http://dx.doi.org/10.1038/s41587-025-02900-9},
  urldate = {2025-11-06},
  doi={10.1038/s41587-025-02900-9},
  year = {2025},
  month = nov,
  journal={Nature Biotechnology},
  publisher={Springer Science and Business Media LLC},
  author={Kuehl, Malte and Schaub, Darius P. and Carli, Francesco and Heumos, Lukas and Hellmig, Malte and Fernández-Zapata, Camila and Kaiser, Nico and Schaul, Jonathan and Kulaga, Anton and Usanov, Nikolay and Koutrouli, Mikaela and Ergen, Can and Palla, Giovanni and Krebs, Christian F. and Panzer, Ulf and Bonn, Stefan and Lobentanzer, Sebastian and Saez-Rodriguez, Julio and Puelles, Victor G.},
  year={2025},
  month=nov,
  language={en},
}

更多资源

• 项目文件：https://biocontext.ai
• API文件：https://docs.kb.biocontext.ai/
• BioContextAI注册表：https://github.com/biocontext-ai/registry
• 聊天界面：https://biocontext.ai/chat

许可证

此项目在Apache License 2.0下获得许可-有关详细信息，请参阅License文件。

\[！警告\] Apache 2.0许可证仅适用于此存储库中提供的代码。对于单独集成的API的使用限制和许可证，用户应直接参考相应的API提供商。我们在下面提供概述。

数据来源和许可

免责声明

用户在通过此MCP服务器访问数据时，全权负责确保遵守所有适用的许可条款和条件。 上面列出的许可证和条款可能会发生变化，其他引用要求可能适用于特定的数据集或出版物。在将任何数据用于商业目的、重新分发或发布之前，请直接从每个数据源查看当前的许可条款。一些数据源可能具有本摘要中未完全捕捉到的其他限制。

对于KEGG数据，请注意，虽然允许学术使用，但根据其专有许可条款，不允许使用KEGG数据提供商业服务或远程托管。