highfold3 MCP

HighFold3 MCP服务器

基于Docker的人工智能环肽结构预测

采用Cyclization Switch和CyclcPOEM技术的MCP（模型上下文协议）服务器，用于HighFold3结构预测。核心能力：

• 预测线性、环状和二硫键合肽的结构
• 预测肽-蛋白质复合物（内置蛋白质靶标或自定义序列）
• 解析复杂肽拓扑结构的HELM表示法
• 用于虚拟筛选的批处理肽库
• 监控长时间运行的预测作业

Docker 快速入门

方法1：从GitHub中提取预构建映像

最快的开始方式。每次发布时，预构建的Docker镜像都会自动发布到GitHub容器注册表。

# Pull the latest image
docker pull ghcr.io/macromnex/highfold3_mcp:latest

# Register with Claude Code (runs as current user to avoid permission issues)
claude mcp add highfold3 -- docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` --gpus all --ipc=host -v `pwd`:`pwd` ghcr.io/macromnex/highfold3_mcp:latest

注： 从项目目录运行。 ` pwd ` 展开到当前工作目录。

要求：

• 支持GPU的Docker(nvidia-docker 或带有NVIDIA运行时的Docker）
• 已安装克劳德代码

就是这样！HighFold3 MCP服务器现在可以在Claude Code中使用。

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方法2：在本地构建Docker镜像

自己构建映像并将其安装到Claude Code中。适用于自定义或离线环境。

# Clone the repository
git clone https://github.com/MacromNex/highfold3_mcp.git
cd highfold3_mcp

# Build the Docker image
docker build -t highfold3_mcp:latest .

# Register with Claude Code (runs as current user to avoid permission issues)
claude mcp add highfold3 -- docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` --gpus all --ipc=host -v `pwd`:`pwd` highfold3_mcp:latest

注： 从项目目录运行。 ` pwd ` 展开到当前工作目录。

要求：

• 支持GPU的Docker
• 已安装克劳德代码
• Git（克隆存储库）

关于Docker标志：

• -i --Claude Code的交互模式
• --rm --退出后自动移除容器
• ` --user id -u:id -g ` --以当前用户身份运行容器，因此输出文件归您所有（不是root）
• --gpus all --授予对所有可用GPU的访问权限
• --ipc=host --使用主机IPC命名空间以获得更好的性能
• -v --装载您的项目目录，以便容器可以访问您的数据

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验证安装

添加MCP服务器后，您可以验证它是否正常工作：

# List registered MCP servers
claude mcp list

# You should see 'highfold3' in the output

在Claude Code中，您现在可以使用HighFold3工具：

结构预测：

• submit_linear_peptide_prediction
• submit_cyclic_peptide_prediction
• submit_disulfide_cyclic_peptide_prediction
• submit_cyclic_peptide_protein_complex_prediction
• submit_helm_peptide_protein_complex_prediction
• submit_batch_peptide_prediction

作业管理：

• get_job_status / get_job_result / get_job_log
• list_jobs / cancel_job / cleanup_old_jobs

公用设施：

• validate_peptide_sequence
• validate_helm_notation
• get_server_info

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后续步骤

• 详细文件：参见 detail.md 有关以下内容的全面指南：

- 可用的MCP工具和参数 - 本地Python环境设置（Docker的替代方案） - 无MCP的基于脚本的使用 - 示例工作流和用例 - 配置文件格式

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用法示例

注册后，您可以直接在Claude Code中使用HighFold3工具。以下是一些常见的工作流程：

实施例1：环肽结构预测

Submit a cyclic peptide structure prediction for sequence "CFWKYKYK" with job name "RGD_analog".
Monitor the job and show me the results when complete.

实施例2：二硫键合环肽

Predict the structure of disulfide cyclic peptide CWKDGKYKWC with a disulfide bond between positions 1 and 10.

实施例3：肽蛋白复合物

Predict the structure of cyclic peptide CFWKYKYK bound to a PDZ domain protein.

示例4:HELM符号管道

I have a cyclic peptide in HELM notation: PEPTIDE1{C.F.W.K.Y.K.Y.K}$PEPTIDE1,PEPTIDE1,1:R1-8:R1$$$V2.0
Predict its structure in complex with protein sequence MKLIVQPGET...

示例5：批量虚拟筛选

Submit batch predictions for these cyclic peptides:
- CFWKYKYK (RGD analog)
- CWKDGKYKWC (disulfide variant)
- RGDRGD (integrin binder)

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故障排除

找不到Docker？

docker --version  # Install Docker if missing

GPU无法访问？

• 确保安装了NVIDIA Docker运行时
• 与核对 docker run --gpus all ubuntu nvidia-smi

未找到克劳德代码？

# Install Claude Code
npm install -g @anthropic-ai/claude-code

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许可证

CC-BY-NC-SA 4.0（谷歌深度思维）

积分

基于 高Fold3 --利用环化开关和CyclePOEM技术进行环肽结构预测的高级AI模型。