FastaHandler的MCP服务器
A. 模型上下文协议（MCP） 暴露所有26个数据的服务器 更快， 模块作为自然语言–可供LLM客户端访问的工具，如Claude Desktop和Cursor。
更快， 是一个轻量级的、基于Python的工具包，用于基因组和泛基因组研究中的FASTA文件操作。\ 主存储库：
需求
附加依赖项
pip install fastmcp设置
这 server.py 必须放置在 同一目录 作为 fastahandler.py 和那个 scripts 文件夹：
FastaHandler/
├── scripts/
├── example_data/
├── fastahandler.py
├── server.py ← place here
└── README.md配置（克劳德桌面）
编辑您的 claude_desktop_config.json:
- macOS：
~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json - 窗户：
%APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
{
"mcpServers": {
"filesystem": {
"command": "npx",
"args": [
"-y",
"@modelcontextprotocol/server-filesystem",
"/path/to/your/data"
]
},
"fastahandler": {
"command": "python",
"args": [
"/path/to/FastaHandler/server.py"
]
}
}
}提示： 同时注册filesystem和fastahandlerMCP服务器同时运行，因此LLM可以访问您的本地文件并在同一会话中执行模块。
MCP工具功能
MCP服务器将所有26个模块打包成6组工具功能：
| MCP工具功能 | FastaHandler模块 |
|---|---|
assembly_stats | all_fa_stats, each_fa_stats, asm_stats_unlimit |
concat_and_edit | concatenate_fa, rename_id, prefix_pattern_replace, prefix_rename, prefix_select_rename |
extract_and_translate | chr_pansn_extract, extract_pattern, id_extract_multi_location, translate_dna |
remove_and_subset | subset_fa, remove_duplicate, find_anchor_trim, overlap_split |
filter_and_sort | find_count_duplicate, id_extract, id_extract_location, size_pattern_search, find_merge_fa |
reformat | multi2single, gfa2fa, reverse_complement, pangenome_id_rename, multi2each |
每个工具都接受一个 mode 参数（模块名称）、输入/输出路径和可选 key=value 解析为CLI命令并通过子进程执行的参数。
用法示例
配置后，只需用自然语言描述您想要的内容：
"Generate assembly statistics for /path/to/asm.fa/"
→ Executes: all_fa_stats
"Rename the FASTA headers of /path/to/file.fa/ using my mapping file /path/to/rename_map.txt/"
→ Executes: prefix_rename
"Filter sequences shorter than 100 bp from /path/to/geneme.fa/, then calculate assembly statistics"
→ subset_fa → all_fa_stats (automated two-step pipeline)大文件注意事项
处理大型基因组数据集可能会超过MCP客户端的默认超时阈值。在处理大规模输入时调整客户端超时设置（例如。， asm_stats_unlimit, size_pattern_search).