EnzymML MCP服务器
一个MCP（模型上下文协议）服务器，提供通过EnzymML Suite桌面应用程序与EnzymeML文档交互的全面工具。该服务器使AI助手和其他MCP兼容客户端能够读取、修改、搜索和可视化以EnzymML格式存储的生化数据。
概述
EnzymML是一种标准化的数据格式，用于表示计算生物学和生物化学中的酶反应和实验数据。此MCP服务器充当AI助手和EnzymML Suite桌面应用程序之间的桥梁，允许您以编程方式与EnzymMl文档交互，搜索外部数据库中的生化实体，并生成实验测量的可视化结果。
服务器与本地计算机上运行的EnzymML Suite应用程序通信，并为文档操作、数据库搜索和数据可视化提供了一套丰富的工具。所有数据都使用TOON（树面向对象表示法）格式进行交换，该格式提供了一种结构化和高效的方法来表示复杂的生化数据。
特性
文献阅读与探索
- 文件概述：生成EnzymML文档结构和关系的高级概述，这对于在执行编辑之前了解不同组件是如何连接的至关重要
- 完整文档阅读：阅读完整的EnzymML文档结构，不包括最佳性能的测量值
- 测量数据访问：具体获取详细的实验测量数据，包括时间序列、浓度和测量值
文档修改
- 智能文档扩展：通过自动验证和一致性检查将新数据合并到现有的EnzymML文档中。支持添加新项目和对ID标识的现有项目进行手术编辑
- 选择性元件移除：从文档中删除特定元素，包括完整的对象（容器、蛋白质、小分子、反应、参数、复合物）或反应中的部分删除（反应物、产物、改性剂）
外部数据库集成
- UniProt搜索：在UniProt知识库中搜索支持布尔运算符（AND、OR、NOT）和基于字段的过滤（登录、EC编号、生物体、蛋白质名称、序列等）的蛋白质
- PubChem搜索：使用布尔运算符和基于字段的过滤（名称、公式、InChI、InChIKey、SMILES、质量等）在PubChem数据库中搜索小分子。对于小分子搜索，首选ChEBI
- ChEBI搜索：当PubChem结果不足时，在ChEBI数据库中搜索小分子
可视化
- 测量绘图：从EnzymML文档生成SVG测量图。可以按测量ID绘制所有测量值或指定子集，以MultiImageResponse格式返回图像
先决条件
在使用此MCP服务器之前，请确保已安装以下内容：
- 锈Rust编程语言和Cargo包管理器（建议使用1.70或更高版本）。从以下位置安装 rustup.rs
- EnzymML套件：必须在本地计算机上安装并运行EnzymML Suite桌面应用程序。服务器与Suite应用程序通信以访问EnzymML文档
- MCP客户端：连接到此服务器的MCP兼容客户端应用程序（如Cursor、Claude Desktop或其他MCP实现）
构建服务器
要从源代码构建EnzymML MCP服务器，请执行以下步骤：
- 克隆仓库 （如果你还没有）：
git clone
cd enzymeml-mcp- 构建项目 使用货物：
cargo build --release这将编译服务器并在以下位置创建可执行文件 target/release/enzymeml-mcp.
- 用于开发构建 （编译速度更快，二进制文件更大）：
cargo build开发建筑位于 target/debug/enzymeml-mcp.
运行服务器
EnzymML MCP服务器使用stdio（标准输入/输出）传输与MCP客户端通信。该服务器设计为由MCP兼容客户端启动，并通过stdin/stdout上的JSON-RPC消息进行通信。
手动测试
要手动测试服务器，可以直接运行它：
cargo run --release但是，请注意，服务器需要stdin上的JSON-RPC消息，如果没有正确的MCP客户端连接，将不会产生有用的输出。
示例配置（光标）
对于Cursor，您可以在MCP设置文件中配置服务器：
{
"mcpServers": {
"enzymeml": {
"command": "/path/to/enzymeml-mcp/target/release/enzymeml-mcp",
"args": []
}
}
}示例配置（克劳德桌面）
对于Claude Desktop，添加到您的 claude_desktop_config.json:
{
"mcpServers": {
"enzymeml": {
"command": "/path/to/enzymeml-mcp/target/release/enzymeml-mcp",
"args": []
}
}
}重要：替换 /path/to/enzymeml-mcp 使用编译二进制文件的实际路径。
可用工具
服务器公开了以下用于与EnzymML文档交互的工具：
list_documents
列出Suite应用程序中可用的所有EnzymML文档，以TOON格式返回。在处理多个文档时，有助于发现哪些文档可用。
enzymeml_document_overview
以TOON格式生成EnzymML文档结构和关系的高级概述。在执行编辑之前或需要了解组件的连接方式时，了解文档结构至关重要。
read_enzymeml_document
从Suite桌面应用程序读取完整的EnzymML文档结构，不包括性能测量。以TOON格式返回数据。使用 read_measurements 如果你特别需要测量数据。
read_measurements
具体而言，从EnzymML文档中获取测量数据，包括时间序列、浓度和测量值。以TOON格式返回详细的实验数据。
extend_enzymeml_document
智能地将新数据合并到现有的EnzymML文档中。支持添加新项目和对现有项目（由ID标识）进行手术编辑。执行自动验证和一致性检查。在提交更改之前，始终要求确认。
remove_from_enzymeml_document
有选择地从EnzymML文档中删除元素。支持完全去除物体（血管、蛋白质、小分子、反应、参数、复合物）和部分去除反应中的物体（反应物、产物、改性剂）。需要了解来自的现有ID enzymeml_document_overview.
search_uniprot
在UniProt知识库中搜索蛋白质。支持布尔运算符（AND、OR、NOT）和基于字段的过滤。可过滤的字段包括登录号、EC号、生物体名称、蛋白质名称和序列。
search_pubchem
在PubChem数据库中搜索小分子。支持布尔运算符和基于字段的过滤（名称、公式、InChI、InChIKey、SMILES、质量等）。对于小分子搜索，首选ChEBI。
search_chebi
在ChEBI数据库中搜索小分子。支持布尔运算符和基于字段的过滤。当PubChem结果不足时使用。
plot_measurements
从EnzymML文档生成SVG测量图。可以按测量ID绘制所有测量值或指定子集。返回MultiImageResponse格式的图像列表。
使用工作流程
通过此MCP服务器处理EnzymeML文档时，请遵循以下推荐的工作流程：
- 从说明开始：呼叫
how_to_use_the_enzymeml_suite了解可用的工具及其使用模式 - 列出可用文件：使用
list_documents查看可用的文档（如果处理多个文档） - 获取文档概述：总是打电话
enzymeml_document_overview在执行任何修改以了解文档结构和发现现有ID之前 - 搜索外部数据库：在添加新的蛋白质或小分子之前，请搜索UniProt、PubChem或ChEBI，用标准化的元数据丰富您的数据
- 读取文档数据：使用
read_enzymeml_document或read_measurements根据需要访问特定数据 - 修改文档：使用
extend_enzymeml_document用于添加和编辑，或remove_from_enzymeml_document对于移除。修改前始终验证ID是否存在 - 可视化数据：使用
plot_measurements生成实验测量的可视化
依赖项
此项目依赖于以下关键依赖关系：
- rmcp：Rust的模型上下文协议实现
- 酵素：用于处理EnzymmeML文档的Rust库（来自EnzymeML组织）
- 东京：Rust的异步运行时
- 卡通格式：TOON格式编码和解码
- reqwest：用于外部数据库API调用的HTTP客户端
- 羽毛笔：用于生成SVG可视化的绘图库
看 Cargo.toml 查看完整的依赖关系列表及其版本。