Encode Toolkit

ENCODE工具包——克劳德的基因组学研究基础设施

  ](CHANGELOG.md)     

     ](https://smithery.ai/server/encode-toolkit)

](https://pypi.org/project/encode-toolkit/) ](https://pypi.org/project/encode-toolkit/) ](https://www.npmjs.com/package/encode-toolkit) ](https://www.npmjs.com/package/encode-toolkit) ](https://github.com/ammawla/encode-toolkit)


搜索ENCODE，交叉引用14个数据库，运行7个分析管道，并生成可发布的方法——所有这些都来自Claude Code中的自然语言。

从ENCODE开始，但无处不在：在一次对话中发现组蛋白峰，与GWAS变体交叉引用，检查ClinVar致病性，提取GTEx表达，分析JASPAR中的TF结合基序，运行管道，并生成具有完整来源的可发表方法。

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引文注释

如果你使用 ENCODE工具包，请引用：

亚历克斯·M·莫拉。 (2026). *ENCODE Toolkit：用于ENCODE基因组数据访问和分析的MCP服务器、Claude插件和技能套件*泽诺多。https://doi.org/10.5281/zenodo.18917511

BibTeX

@software{mawla_2026_encode_toolkit,
  author  = {Mawla, Alex M.},
  title   = {ENCODE-Toolkit: an MCP server, Claude plugin, and skills suite for ENCODE genomic data access and analysis},
  year    = {2026},
  publisher = {Zenodo},
  doi     = {10.5281/zenodo.18917511},
  url     = {https://doi.org/10.5281/zenodo.18917511}
}

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快速开始

Claude代码插件（推荐）

启动新的Claude Code会话并输入：

/plugin marketplace add ammawla/encode-toolkit

/plugin install encode-toolkit

就是这样。所有20个工具、47个技能和MCP连接器现在都可用。

MCP-only install (tools only, no skills)

如果你只需要20个MCP工具，而不需要47个工作流程技能：

claude mcp add encode -- uvx encode-toolkit

Other editors and platforms

npx（Node.js）

npx encode-toolkit

或者在MCP客户端配置中： { "command": "npx", "args": ["encode-toolkit"] }

pip 安装

pip install encode-toolkit

然后使用 encode-toolkit 如任何MCP客户端配置中的命令：

{
  "mcpServers": {
    "encode": {
      "command": "encode-toolkit"
    }
  }
}

Claude Desktop (MCP only)

添加到您的 claude_desktop_config.json:

macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json 视窗: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "encode": {
      "command": "uvx",
      "args": ["encode-toolkit"]
    }
  }
}

使用时无需安装 uvx。只需添加配置并重新启动Claude。

VS Code / Copilot

添加 .vscode/mcp.json 在您的工作空间中：

{
  "mcp": {
    "servers": {
      "encode": {
        "command": "uvx",
        "args": ["encode-toolkit"]
      }
    }
  }
}

Cursor

添加 .cursor/mcp.json:

{
  "mcpServers": {
    "encode": {
      "command": "uvx",
      "args": ["encode-toolkit"]
    }
  }
}

Windsurf

添加 .windsurf/mcp.json:

{
  "mcpServers": {
    "encode": {
      "command": "uvx",
      "args": ["encode-toolkit"]
    }
  }
}

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已连接的数据库

ENCODE工具包通过实时API工具和指导技能集成了14个数据库。

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你可以问克劳德什么

搜索和探索

• *“查找人类胰腺组织的所有组蛋白ChIP-seq实验”*
• *“小鼠大脑有哪些可用的ATAC-seq数据？”*
• *“在GM12878细胞系上搜索RNA-seq”*
• *“哪些组蛋白标记有胰腺的ChIP-seq数据？”*

下载并跟踪

• *“从ENCSR133RZO下载所有BED文件到~/data/encode”*
• *“轨道实验ENCSR133RZO及其出版物”*
• *“将我跟踪的实验的引用导出为BibTeX”*

交叉引用数据库

• *“哪些GWAS变体与胰岛增强剂重叠？”*
• *“检查rs7903146的ClinVar致病性”*
• *“拉动组织中TCF7L2的GTEx表达”*
• *“查找HNF4A结合位点的JASPAR基序”*

运行管道

• *“为我的H3K27ac实验建立ChIP-seq管道”*
• *“使用ENCODE标准QC阈值运行ATAC-seq分析”*

生成方法和来源

• *“我使用bedtools从ENCSR133RZO创建的filtered_peaks.bed日志”*
• *“为我的分析生成一个带有引用的方法部分”*

More example prompts

实验细节

• *“向我展示实验ENCSR133RZO的全部细节”*
• *“ENCSR133RZO有哪些可用文件？”*
• *“仅列出ENCSR133RZO中的BED文件”*

批量下载

• *“将所有FASTQ从人类胰腺ChIP-seq下载到/data/FASTQs”*
• *“从这些实验中获取IDR阈值峰值”*
• *“下载GRCh38中H3K27me3的bigWig信号轨道”*

兼容性分析

• *“实验ENCSR133RZO和ENCSR000AKS是否兼容组合分析？”*
• *“比较这两个ChIP-seq实验”*

来源链

• *“显示我的衍生文件的来源链”*
• *“我从ENCSR133RZO导出了哪些文件？”*

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问题

如今使用基因组学数据库意味着：

1. 浏览门户网站，点击数十个过滤器
2. 在多个数据库中手动查找正确的实验和文件
3. 编写自定义脚本进行批量下载
4. 无法追踪哪些文件来自何处

使用ENCODE工具包，告诉克劳德你需要什么：

“查找人类胰腺组织的所有组蛋白ChIP-seq数据”

Claude搜索ENCODE，返回一个包含66个实验的结构化表，其中包含目标、重复和文件计数。下载是通过MD5验证和完整来源跟踪的实验组织的。

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可用工具（20）

下面显示了五个核心工具。为了可读性，其余15个被折叠。

encode_search_experiments

使用20+个过滤器搜索ENCODE实验。

encode_get_experiment

获取单个实验的完整详细信息，包括所有文件、质量指标和审计信息。

encode_download_files

通过访问本地目录下载特定文件。

encode_batch_download

搜索+下载一步到位。默认情况下在预览模式下运行。

encode_track_experiment

使用其出版物、方法和管道信息在本地跟踪实验。

Search and discovery tools (4)

encode_list_files

列出使用格式/类型过滤器进行特定实验的文件。

encode_search_files

使用组合实验+文件过滤器在所有实验中搜索文件。

encode_get_metadata

列出任何参数的有效筛选值。

encode_get_facets

从ENCODE获取实时计数，显示给定过滤器的数据。

File and credential tools (2)

encode_get_file_info

获取单个文件的详细元数据。

encode_manage_credentials

存储、检查或清除受限制数据访问的ENCODE凭据。

Tracking and provenance tools (4)

encode_list_tracked

在本地跟踪器中列出所有实验，包括元数据、发布计数和派生文件计数。

encode_get_citations

获取跟踪实验的出版物。导出为BibTeX或RIS供参考经理使用。

encode_compare_experiments

分析两个实验是否兼容组合分析。

encode_summarize_collection

获取您跟踪的实验集合的分组统计数据。

Provenance and export tools (4)

encode_log_derived_file

记录您根据ENCODE数据创建的文件，以进行来源跟踪。

encode_get_provenance

查看从派生文件到源ENCODE数据的来源链。

encode_export_data

将跟踪的实验导出为Excel、R、pandas的表格（CSV、TSV或JSON）。

encode_link_reference

将外部参考文献（PubMed、bioRxiv、ClinicalTrials、GEO）链接到跟踪实验。

encode_get_references

获取链接到跨服务器工作流跟踪实验的外部参考。

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认证

大多数ENCODE数据是公开的，不需要身份验证。 只需安装和使用。

对于受限/未发布的数据，请咨询Claude： *“存储我的ENCODE凭据”*

凭据使用您的操作系统密钥环（macOS Keychain、Linux Secret Service、Windows凭据锁定器）加密，从不以明文存储。从您的 ENCODE配置文件.

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插件技能（47）

当作为Claude Code插件安装时，ENCODE Toolkit包含47个文献支持的工作流技能，指导Claude完成复杂的基因组学任务。每种分析技能都包括基于证据的质量阈值、特定于检测的指标和对主要文献的引用。

核心技能

Analysis skills (9)

Functional genomics skills (1)

Data aggregation skills (4)

Multi-omics and meta-analysis skills (2)

Workflow skills (7)

External database skills (9)

Pipeline execution skills (7)

每个管道都包括SKILL.md概述、5级参考文件（通过QC进行预处理）、完整的Nextflow DSL2管道、Dockerfile以及本地、SLURM、GCP和AWS的部署配置。

Reference files

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为什么选择ENCODE工具包

大多数基因组学工具给你一件事。ENCODE Toolkit为您提供完整的研究循环：

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支持的检测类型

50+ assay types across 7 categories

支持的文件格式: fastq bam bed bigWig bigBed tsv csv hic tagAlign bedpe pairs fasta vcf tar

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安全与隐私

• 100%本地执行 --没有遥测，没有分析，没有跟踪
• 静态加密凭据 通过带有Fernet回退功能的操作系统密钥环
• 已执行证书验证 --没有 verify=False
• 速率受限 遵守ENCODE的10请求/秒政策
• MD5验证 默认情况下，在所有下载中
• 没有数据离开您的机器 通过HTTPS对公共API的查询除外

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小插曲

逐步演练展示真实的Claude会话，包括实际的API输出和科学解释。

Individual skill vignettes

每种技能都有一个专门的小插曲 docs/skill-vignettes/ 一个完整的示例会话。亮点：

看 完整展示 15个详细示例。

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发展

git clone https://github.com/ammawla/encode-toolkit.git
cd encode-toolkit
python -m venv .venv
source .venv/bin/activate
pip install -e ".[dev]"

在本地运行服务器：

encode-toolkit

运行测试：

pytest

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故障排除

"Server not found" in Claude Desktop

• 确保在添加配置后重新启动了Claude Desktop
• 验证 uvx 已安装： pip install uv 或 curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh

"Connection refused" or timeout errors

• 检查你的网络连接
• ENCODE API速率限制为10个请求/秒-服务器自动处理

Downloads fail with 403

• 该文件可能需要身份验证。问克劳德： *“存储我的ENCODE凭据”*
• 或者检查encodeproject.org上的文件状态是否为“已发布”

No results for a search

• 尝试更宽的过滤器（删除biosample_type或organ）
• 使用 encode_get_facets 查看过滤器实际存在的数据
• 使用 encode_get_metadata 检查有效的筛选值

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作者

Alex M.Mawla博士

许可证

AGPL-3.0。看 许可证 完整条款。

商业许可查询：ammawla@ucdavis.edu