Chimerax MCP

ChimeraX MCP服务器

用自然语言与蛋白质交谈。 此MCP服务器将AI编码工具（Claude Code、Cursor、VS Code等）连接到 加州大学旧金山分校ChimeraX，允许您通过对话加载、编辑、可视化和分析蛋白质结构，无需手动ChimeraX命令。

直说吧 *“打开6VXX，将A:501突变为Lys，通过疏水性着色，并截图”* 并观看ChimeraX实时操作。

该项目处于早期开发阶段，正在积极寻找贡献者。非常欢迎Bug报告、功能请求和pull请求——查看 问题页面 或者打开一个PR！

德莫斯

加载和可视化

*“加载3LJ5，仅显示链A，使其具有彩虹色和透明表面的出版物准备就绪”*

突变残留物

*“打开6VXX，放大到残基A:501，突出显示它，将Thr突变为Lys，显示附近的残基”*

静电和疏水表面

*“加载1AKI，通过静电势显示表面和颜色，然后切换到疏水性”*

特性

• 39工具 涵盖结构加载、编辑、可视化、测量、选择和视频录制
• Auto推出ChimeraX --无需手动设置，只需安装即可
• 适用于任何MCP客户端 --克劳德代码、光标、风帆、VS代码副本、Cline、OpenCode、Continue、克劳德桌面
• 内置代理说明 --AI代理自动学习ChimeraX规范语法和常见工作流
• 加强安保 --命令注入预防、危险命令阻止、脚本路径验证
• 接受灵活的输入 --两者皆有 A:48 和 /A:48 规范格式，包括1个字母和3个字母的氨基酸代码
• 视频录制 --将会话捕获为MP4，记录转盘旋转
• 运行自定义脚本 --执行 .cxc 和 .py 带有路径验证的脚本

先决条件

• 加州大学旧金山分校ChimeraX 已安装(下载)
• Python 3.10+

ChimeraX将 自动启动 当调用第一个工具时。不需要手动启动它或自己启用REST API。

Manual setup (if auto-launch doesn't work)

打开ChimeraX并在其命令行中运行：

remotecontrol rest start port 8765

要使用自定义ChimeraX安装位置，请设置 CHIMERAX_BIN 环境变量：

export CHIMERAX_BIN="/path/to/ChimeraX"

安装

pip install chimerax-mcp

Other install methods

来自GitHub（最新开发）：

pip install git+https://github.com/mahynotch/chimerax-mcp.git

来源（开发）：

git clone https://github.com/mahynotch/chimerax-mcp.git
cd chimerax-mcp
pip install -e .

MCP配置

安装后，将服务器添加到您的AI编码工具中：

Claude Code

claude mcp add -s user chimerax -- chimerax-mcp

Claude Desktop

编辑配置文件：

• macOS： ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
• 窗户： %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
• Linux： ~/.config/Claude/claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "chimerax": {
      "command": "chimerax-mcp",
      "args": []
    }
  }
}

Cursor

添加 ~/.cursor/mcp.json （全球）或 .cursor/mcp.json （项目）：

{
  "mcpServers": {
    "chimerax": {
      "command": "chimerax-mcp",
      "args": []
    }
  }
}

Windsurf

添加 ~/.codeium/windsurf/mcp_config.json:

{
  "mcpServers": {
    "chimerax": {
      "command": "chimerax-mcp",
      "args": []
    }
  }
}

VS Code (Copilot)

添加 .vscode/mcp.json:

{
  "servers": {
    "chimerax": {
      "type": "stdio",
      "command": "chimerax-mcp"
    }
  }
}

Cline

使用Cline面板中的“编辑MCP设置”按钮，或直接编辑：

• macOS： ~/Library/Application Support/Code/User/globalStorage/saoudrizwan.claude-dev/settings/cline_mcp_settings.json
• 窗户： %APPDATA%\Code\User\globalStorage\saoudrizwan.claude-dev\settings\cline_mcp_settings.json

{
  "mcpServers": {
    "chimerax": {
      "command": "chimerax-mcp",
      "args": [],
      "disabled": false
    }
  }
}

OpenCode

添加 ~/.config/opencode/opencode.json 或项目 opencode.json:

{
  "mcp": {
    "chimerax": {
      "type": "local",
      "command": ["chimerax-mcp"],
      "enabled": true
    }
  }
}

Continue

添加 .continue/config.yaml:

mcpServers:
  - name: chimerax
    type: stdio
    command: chimerax-mcp

快速开始

配置后，只需自然对话：

打开6VXX，按链着色，显示表面，缩放到A:501残差

AI将按顺序调用MCP工具，ChimeraX实时呈现每个步骤：

1. open_structure("6VXX") --从RCSB获取结构
2. color_structure("#1", "chain") --每条链的颜色不同
3. show_surface("#1") --显示分子表面
4. zoom_to("/A:501") --将视图集中在链A的残基501上

可用工具（39）

结构（6）

编辑（4）

可视化（18）

测量（6）

选择（5）

安全

命令在发送到ChimeraX之前会进行消毒：

• 命令注入被阻止 -- ; 换行符被拒绝（ChimeraX将其用作命令分隔符）
• 危险命令被阻止 -- exec, shell, system 被拒绝
• 脚本执行已验证 -- run_script 仅接受现有 .cxc/.py 具有路径验证的文件
• 仅限本地 --REST API侦听 127.0.0.1 仅，不暴露于网络

测试

对实时ChimeraX实例运行完整的测试套件（53个测试）：

pip install pytest
python -m pytest tests/test_live.py -v

安全测试在没有ChimeraX的情况下运行。如果ChimeraX不可用，实时测试会自动跳过。

对于AI代理：自动安装

如果用户要求您安装此MCP服务器，请按照以下步骤操作：

1. 安装软件包：

pip install chimerax-mcp

1. 注册MCP服务器（检测用户的工具并运行相应的命令）：

对于Cursor/VS Code/others，使用以下命令创建或更新配置文件：

{
  "mcpServers": {
    "chimerax": {
      "command": "chimerax-mcp"
    }
  }
}

1. 重新启动AI工具以加载新的MCP服务器。
2. 通过测试调用进行验证： open_structure("1aki")

重要提示： 在继续之前，请与用户确认他们的计算机上安装了UCSF ChimeraX。如果没有，请指示他们https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/download.html--服务器自动启动ChimeraX，但无法安装。

免责声明

该项目不隶属于加州大学旧金山分校或RBVI团队，也不受其认可或赞助。“ChimeraX”是加州大学的商标。该服务器通过其公共REST API与ChimeraX通信，不包含ChimeraX源代码。

用户有责任遵守 ChimeraX的许可条款.ChemeraX免费用于学术和非商业用途；商业用途需要加州大学旧金山分校的单独许可证。

许可证

麻省理工学院——见 许可证