CEDAR MCP Server

CEDAR MCP服务器

用于与CEDAR（扩展数据注释和检索中心）元数据存储库交互的模型上下文协议（MCP）服务器。

🚀 快速启动（推荐）

使用 UVX 一键启动

uvx bach-cedar-mcp

在 Cursor/Cherry Studio 中配置

{
  "mcpServers": {
    "cedar-mcp": {
      "command": "uvx",
      "args": ["bach-cedar-mcp"],
      "env": {
        "CEDAR_API_KEY": "",
        "BIOPORTAL_API_KEY": ""
      }
    }
  }
}

PyPI 包地址: https://pypi.org/project/bach-cedar-mcp/

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先决条件

在使用此MCP服务器之前，您需要来自以下位置的API密钥：

CEDAR API密钥

• 首选 雪松.元数据中心.org
• 创建帐户或登录
• 导航到：配置文件→ API密钥
• 复制API密钥

BioPortal API密钥

• 首选 bioportal.bioontology.org 生物门户网站
• 创建帐户或登录
• 导航到：帐户设置→ API密钥
• 复制API密钥

运行CEDAR MCP服务器

选项1：使用PyPI中的UVX（推荐）

使用直接运行，无需安装 uvx:

uvx bach-cedar-mcp \
  --cedar-api-key "your-cedar-key" \
  --bioportal-api-key "your-bioportal-key"

选项2：从PyPI安装

使用pip安装并运行：

# Install from PyPI
pip install bach-cedar-mcp

# Run the server
bach-cedar-mcp \
  --cedar-api-key "your-cedar-key" \
  --bioportal-api-key "your-bioportal-key"

选项3：使用环境变量

设置环境变量而不是命令行参数：

# Set environment variables
export CEDAR_API_KEY="your-cedar-key"
export BIOPORTAL_API_KEY="your-bioportal-key"

# Run with uvx
uvx bach-cedar-mcp

# Or if installed with pip
bach-cedar-mcp

方案4：地方发展

克隆并从源运行：

# Clone the repository
git clone https://github.com/BACH-AI-Tools/cedar-mcp.git
cd cedar-mcp

# Install dependencies and run
uv run python -m cedar_mcp.server \
  --cedar-api-key "your-cedar-key" \
  --bioportal-api-key "your-bioportal-key"

使用Claude代码

将CEDAR MCP服务器添加到克劳德代码中：

# Add using uvx (from PyPI)
claude mcp add cedar-mcp --uvx bach-cedar-mcp \
  --cedar-api-key "your-cedar-key" \
  --bioportal-api-key "your-bioportal-key"

与Claude Desktop一起使用

要与Claude Desktop应用程序一起使用：

1. 安装MCP服务器 使用上述方法之一
2. 添加到Claude桌面配置 在你的 claude_desktop_config.json:

{
  "mcpServers": {
    "cedar-mcp": {
      "command": "uvx",
      "args": ["bach-cedar-mcp"],
      "env": {
        "CEDAR_API_KEY": "your-cedar-key",
        "BIOPORTAL_API_KEY": "your-bioportal-key"
      }
    }
  }
}

或者，如果你用pip安装了它：

{
  "mcpServers": {
    "cedar-mcp": {
      "command": "bach-cedar-mcp",
      "env": {
        "CEDAR_API_KEY": "your-cedar-key", 
        "BIOPORTAL_API_KEY": "your-bioportal-key"
      }
    }
  }
}

可用工具

以下是CEDAR工具列表，并附有简短说明

• get_template：从CEDAR存储库获取模板。
• get_instances_based_on_template：获取属于支持分页的特定模板的模板实例。

发展

安装开发依赖项

pip install -r requirements-dev.txt

运行测试

该项目包括全面的集成测试，验证API与CEDAR和BioPortal API的真实交互。

有关详细的测试信息，请参阅 test/README.md.

贡献

欢迎投稿！请确保在提交Pull Request之前通过所有测试：

python run_tests.py --integration