CEDAR MCP服务器
用于与CEDAR（扩展数据注释和检索中心）元数据存储库交互的模型上下文协议（MCP）服务器。
🚀 快速启动（推荐）
使用 UVX 一键启动
uvx bach-cedar-mcp在 Cursor/Cherry Studio 中配置
{
"mcpServers": {
"cedar-mcp": {
"command": "uvx",
"args": ["bach-cedar-mcp"],
"env": {
"CEDAR_API_KEY": "",
"BIOPORTAL_API_KEY": ""
}
}
}
}PyPI 包地址: https://pypi.org/project/bach-cedar-mcp/
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先决条件
在使用此MCP服务器之前，您需要来自以下位置的API密钥：
CEDAR API密钥
- 首选 雪松.元数据中心.org
- 创建帐户或登录
- 导航到：配置文件→ API密钥
- 复制API密钥
BioPortal API密钥
- 首选 bioportal.bioontology.org 生物门户网站
- 创建帐户或登录
- 导航到：帐户设置→ API密钥
- 复制API密钥
运行CEDAR MCP服务器
选项1：使用PyPI中的UVX（推荐）
使用直接运行，无需安装 uvx:
uvx bach-cedar-mcp \
--cedar-api-key "your-cedar-key" \
--bioportal-api-key "your-bioportal-key"选项2：从PyPI安装
使用pip安装并运行：
# Install from PyPI
pip install bach-cedar-mcp
# Run the server
bach-cedar-mcp \
--cedar-api-key "your-cedar-key" \
--bioportal-api-key "your-bioportal-key"选项3：使用环境变量
设置环境变量而不是命令行参数：
# Set environment variables
export CEDAR_API_KEY="your-cedar-key"
export BIOPORTAL_API_KEY="your-bioportal-key"
# Run with uvx
uvx bach-cedar-mcp
# Or if installed with pip
bach-cedar-mcp方案4：地方发展
克隆并从源运行：
# Clone the repository
git clone https://github.com/BACH-AI-Tools/cedar-mcp.git
cd cedar-mcp
# Install dependencies and run
uv run python -m cedar_mcp.server \
--cedar-api-key "your-cedar-key" \
--bioportal-api-key "your-bioportal-key"使用Claude代码
将CEDAR MCP服务器添加到克劳德代码中：
# Add using uvx (from PyPI)
claude mcp add cedar-mcp --uvx bach-cedar-mcp \
--cedar-api-key "your-cedar-key" \
--bioportal-api-key "your-bioportal-key"与Claude Desktop一起使用
要与Claude Desktop应用程序一起使用：
- 安装MCP服务器 使用上述方法之一
- 添加到Claude桌面配置 在你的
claude_desktop_config.json:
{
"mcpServers": {
"cedar-mcp": {
"command": "uvx",
"args": ["bach-cedar-mcp"],
"env": {
"CEDAR_API_KEY": "your-cedar-key",
"BIOPORTAL_API_KEY": "your-bioportal-key"
}
}
}
}或者，如果你用pip安装了它：
{
"mcpServers": {
"cedar-mcp": {
"command": "bach-cedar-mcp",
"env": {
"CEDAR_API_KEY": "your-cedar-key",
"BIOPORTAL_API_KEY": "your-bioportal-key"
}
}
}
}可用工具
以下是CEDAR工具列表，并附有简短说明
get_template：从CEDAR存储库获取模板。get_instances_based_on_template：获取属于支持分页的特定模板的模板实例。
发展
安装开发依赖项
pip install -r requirements-dev.txt运行测试
该项目包括全面的集成测试，验证API与CEDAR和BioPortal API的真实交互。
有关详细的测试信息，请参阅 test/README.md.
贡献
欢迎投稿！请确保在提交Pull Request之前通过所有测试：
python run_tests.py --integration