Bvbrc MCP Server

BV-BRC MCP服务器

模型上下文协议（MCP）服务器 细菌病毒生物信息学资源中心（BV-BRC）:

• 数据工具：查询BV-BRC Solr收集的基因组、特征和其他生物数据
• 维修工具：提交和管理BV-BRC分析作业（组装、注释、BLAST等）
• 工作区工具：管理BV-BRC工作区文件、文件夹和组

注： 该存储库历史上也包含了README内容 BV-BRC顶盖API （单独的Node/Express服务）。该文件保存在下面 “BV-BRC Copilot API（参考）”.

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Features

数据工具

• query_collection：通过灵活的筛选查询任何BV-BRC Solr集合
• solr_collection_parameters：获取集合的架构信息
• solr_query_instructions：获取查询语法帮助
• solr_collections：列出所有可用收藏

维修工具

• list_service_apps：列出所有可用的BV-BRC分析服务
• get_job_details：查询已提交作业的状态
• 提交作业以进行各种分析：

- 基因组组装 - 基因组注释 - 全面基因组分析 - 爆破 - 引物 - 变异分析 - TnSeq - 系统发育树（细菌基因组树、基因树） - SNP分析（全基因组，MSA） - 宏基因组学（分类、Binning、Read Mapping） - 测序 - 病毒服务（严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型分析、序列提交） - 还有更多。..

工作区工具

• workspace_browse_tool：统一的浏览/搜索工具（递归搜索或检查路径作为文件夹列表/文件元数据）
• get_file_metadata：获取工作区文件或本地会话文件的规范化元数据
• workspace_download_file_tool：下载工作区文件
• workspace_upload：将文件上载到工作区
• create_genome_group：创建基因组组
• create_feature_group：创建要素组
• get_genome_group_ids：从组中获取基因组ID
• get_feature_group_ids：从组中获取功能ID

Connecting the Remote BV-BRC MCP Server to ChatGPT

步骤1：启用开发人员模式

1. 点击 加 在“问我任何问题”旁边
2. 点击 “添加源”
3. 现在，您应该在聊天框下方看到“来源”和“添加”
4. 点击 下箭头 “添加”旁边
5. 点击 “连接更多”
6. 向下滚动至 高级设置
7. 单击旁边的切换 开发者模式 （必须为“on”）
8. 点击 **\

Connecting the Remote BV-BRC MCP Server to Claude

1. 点击 账户 在左下角，然后转到 设置
2. 点击 '连接器'
3. 点击 '添加自定义连接器'
4. 填写以下内容：

- 名字：BV-BRC MCP - 远程MCP服务器URL: https://dev-7.bv-brc.org/mcp

1. 点击 '添加'
2. 然后单击 '连接'
3. 登录BV-BRC
4. 现在可以在新聊天中使用它

Installing as a Claude Extension

打开终端

1. 克隆Github仓库

   git clone https://github.com/cucinellclark/bvbrc-mcp-server
   cd bvbrc-mcp-server