bioRxiv MCP服务器
🔍 使AI助手能够通过简单的MCP界面搜索和访问bioRxiv论文。
bioRxiv MCP服务器通过模型上下文协议（MCP）在AI助手和bioRxiv的预印本存储库之间提供桥梁。它允许人工智能模型搜索生物学预印本，并以程序化的方式访问其元数据。
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✨ 核心功能
- 🔎 论文搜索：使用关键字或高级搜索查询bioRxiv论文✅
- 🚀 高效检索：快速访问纸质元数据✅
- 📊 元数据访问：检索特定论文的详细元数据✅
- 📊 研究支持：促进生物科学研究和分析✅
- 📄 论文访问：下载并阅读论文内容📝
- 📋 论文列表：查看所有下载的论文📝
- 🗃️ 本地存储：纸张保存在本地，以便更快地访问📝
- 📝 研究提示：一组专门用于论文分析的提示📝
🚀 快速开始
先决条件
- Python 3.10+
- FastMCP库
安装
- 克隆存储库：
git clone https://github.com/JackKuo666/bioRxiv-MCP-Server.git
cd bioRxiv-MCP-Server- 安装所需的依赖项：
pip install -r requirements.txt通过Smithery安装
通过以下方式自动安装克劳德桌面版bioRxiv服务器 史密瑟里:
克劳德
npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client claude --config "{}"光标
将以下内容粘贴到设置中→ 光标设置→ MCP → 添加新服务器：
- Mac/Linux
npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cursor --config "{}" 帆板运动
npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client windsurf --config "{}"渐变群
npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cline --config "{}"使用Claude Desktop
将此配置添加到您的 claude_desktop_config.json:
（Mac OS）
{
"mcpServers": {
"biorxiv": {
"command": "python",
"args": ["-m", "biorxiv-mcp-server"]
}
}
}（Windows版本）：
{
"mcpServers": {
"biorxiv": {
"command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
"args": [
"-m",
"biorxiv-mcp-server"
]
}
}
}与Cline一起使用
{
"mcpServers": {
"biorxiv": {
"command": "bash",
"args": [
"-c",
"source /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/biorxiv_server.py"
],
"env": {},
"disabled": false,
"autoApprove": []
}
}
}📊 用法
启动MCP服务器：
python biorxiv_server.py🛠 MCP工具
bioRxiv MCP服务器提供以下工具：
search_biorxiv_key_words：使用关键字搜索bioRxiv上的文章。search_biorxiv_advanced：使用多个参数对bioRxiv上的文章进行高级搜索。get_biorxiv_metadata：使用DOI获取bioRxiv文章的元数据。
搜索论文
你可以让AI助手使用以下查询来搜索论文：
Can you search bioRxiv for recent papers about genomics?获取纸张详细信息
一旦你有了DOI，你可以询问更多细节：
Can you show me the metadata for the paper with DOI 10.1101/123456?📁 项目结构
biorxiv_server.py：使用FastMCP的主MCP服务器实现biorxiv_web_search.py：包含用于搜索bioRxiv的网络抓取逻辑
🔧 依赖项
- Python 3.10+
- FastMCP
- 异步IO
- 日志记录
🤝 贡献
欢迎投稿！请随时提交拉取请求。
📄 许可证
该项目根据MIT许可证获得许可。
⚠️ 免责声明
此工具仅用于研究目的。请尊重bioRxiv的服务条款，并负责任地使用此工具。